α-葡萄糖苷酶与米格列醇相互作用及其进化关系
摘要：用生物信息学的方法分析不同物种的α-葡糖糖苷酶的亲缘关系,分析降血糖药物米格列醇与甜菜（ Beta vulgaris）的α-葡糖糖苷酶相互作用位点在其他亲缘关系较近的物种中相应的氨基酸变化特点,结果表明米格列醇位于一个凹向酶分子内部的狭窄的结合口袋中,其间的相互作用主要以静电相互作用、氢键和范德华力为主. 由于米格列醇的强水溶性和多羟基的特点,与酸性的天冬氨酸之间形成多个O-H氢键,对甜菜（ Beta vulgaris）的α-葡萄糖苷酶具有较好的抑制作用. 通过TM-HMM预测甜菜（ Beta vulgaris）的α-葡萄糖苷酶的序列,结果未发现跨膜区. 通过多序列比对发现,在米格列醇与甜菜（ Beta vulgaris）的α-葡萄糖苷酶相互作用位点处的氨基酸中,在与其亲缘关系较近的5个物种茶（ Camellia sinensis） ,黄瓜（ Cucumis sativus）,木本棉（Gossypium arboretum）,甘庶属割手密（Spontaneum）和蒺藜状苜蓿（Medicago truncatula）中有81.82%的氨基酸都是保守的,且主要是极性的氨基酸,如色氨酸和天冬氨酸. 这为进一步研究降血糖药物在其他物种中的表现及相互作用提供了重要的科学依据.受赤霉素调节的拟南芥F-box基因筛选分析
摘要：赤霉素（Gibberellins,GAs）作为一种植物激素,对植物的生长发育具有重要调控作用,但其作用机制有待进一步完善. F-box蛋白是SCF复合体的一个亚基,通过特异性识别底物来调控植物的生长发育. 本研究采用生物信息学方法,通过分析拟南芥基因芯片数据库提供的数据筛选到38个受GA调节的候选F-box基因,并对其中6个基因进行了实时荧光定量PCR验证. PlantCARE分析显示,其中30个基因的启动子区具有GA响应元件、以及IAA、ABA、光、温度干旱胁迫、或生物钟相关的顺式作用元件. 通过分析BioGrid数据库提供的相互作用对象,发现其中18个候选F-box蛋白与GA2ox1, GA3ox1和GA3ox3具有相互作用关系. 基因表达谱分析表明,这些候选F-box基因在拟南芥各个组织器官中都有不同程度的表达,对IAA、ABA、光、温度干旱等胁迫或不同光周期都具有一定的响应. 为深入研究GA调控植物生长发育的分子机制提供了重要线索.葡萄BRX基因家族生物信息学分析
摘要：BRX基因家族是一类植物特有的转录因子家族,在拟南芥中参与调节根细胞的增殖与伸长. 利用生物信息学方法对葡萄基因组中存在的BRX 基因家族进行了电子克隆,并对其进行了基因组的定位、蛋白质的结构、理化性质、二级结构及亚细胞定位的预测与分析,并对其与其它植物进化的亲缘关系进行了研究. 基因组定位结果发现：葡萄基因组中6个BRX基因集中分布在3条染色体上,其中VvBRX1和VvBRX2分布在第2条染色体上,VvBRX3和VvBRX4分布在第9条染色体上,VvBRX5和VvBRX6分布在第11条染色体上;编码蛋白的氨基酸数目为360~560个,VvBRX5 的相对分子量（61 884.4）和理论等电点（9.38）均最大,而VvBRX1 的相对分子量（40 239.1）和理论等电点（6.23）均最小. 研究显示,不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间存在一定的差异,但都为疏水性蛋白;α-螺旋和无规则卷曲为6个BRX氨基酸序列的主要组成部分;均不存在跨膜域及信号肽. 基因结构分析表明,6个BRX基因都含有外显子和内含子结构. 亚细胞定位分析表明：6个VvBRX基因均定位于细胞核. 系统进化分析结果表明,VvBRX1、VvBRX2基因与胡杨的亲缘关系最近,相似性达96%;VvBRX3、VvBRX4与蓖麻、麻疯树、柑橘、可可、大豆聚为一类,说明其进化关系较近;VvBRX5与其它VvBRX基因明显分开;VvBRX6基因与莲的亲缘关系最近. 试验结果为葡萄BRX 基因家族的克隆和功能分析奠定了一定的研究基础.杨树蛋白质磷酸化位点预测
摘要：以小黑杨磷酸化蛋白质组为研究对象,用人工神经网络表达丝氨酸、苏氨酸等残基位点的磷酸化与氨基酸序列的结构特征之间的非线性关系,建立了BP 人工神经网络模型,并用磷酸化数据对所建模型进行训练和分析,得适宜的结构为21×16 ： 8 ： 4,拟合准确度为90%,Acc、Sn、Sp、MCC分别为78%、89%、67%、0.57,对比分析结果表明,所建模型具有较强的预测能力.癌症DNA甲基化调控位点的识别
摘要：DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,在基因的转录调控方面具有重要的作用. 异常的DNA甲基化可以导致癌症等复杂疾病发生,癌基因相关的DNA甲基化调控位点的识别对于解析癌症的发生发展机制及识别新的癌症标记具有重要意义. 本研究通过整合The Cancer Genome Atlas（ TCGA）的泛癌症基因组的高通量甲基化谱和基因表达谱,识别癌基因相关的DNA甲基化调控位点. 对于每种癌症分批次计算CpG位点甲基化与相关基因表达之间的相关性,并筛选调控下游基因的CpG位点（包括强调控位点、弱调控位点和不调控位点） ,结果表明仅有一半的CpG位点对下游基因具有调控作用;对癌症间共享的调控位点的分析发现不同癌症间共享的调控位点不尽相同,表明癌症特异的甲基化调控位点的存在. 进一步地,对差异甲基化和差异表达基因的功能富集分析揭示了受甲基化调控的基因确实参与了癌症发生发展相关的功能. 本研究的结果是对当前甲基化调控位点集的重要补充,也是识别癌症新型分子标记特征的重要资源.血清白蛋白序列中的相似氨基酸突变特点分析
摘要：血清白蛋白是必不可少的生命物质,在生命运动和发展延续中起着重要的作用. 它不仅能维持正常的血浆渗透压,最重要的是能够储存和运输众多的内源性和外源性物质. 本文利用生物信息学的方法分析了几种不同物种的血清白蛋白的结构信息和疏水性特点,研究表明人、牛、猴、兔、狼、猫的血清白蛋白序列均属于亲水性蛋白质,在100 bp以内的疏水性值差别比较明显. 通过对血清白蛋白进行多序列比对分析,发现兔血清白蛋白的氨基酸突变的数目是最多的. 在这几种血清白蛋白序列中,氨基酸突变更容易发生在结构相似、极性相似和能量比较接近的氨基酸之间,如D和L、E和D. 对于人血清白蛋白来说,从疏水性的丙氨酸A到酸性的谷氨酸E的突变比较多,使得人血清白蛋白在进化过程中的亲水性增强,是个很好的储存和运输小分子的载体. 这些基于生物信息学方面的血清白蛋白的突变及其进化关系的研究,为进一步研究药物与血清白蛋白的相互作用在其他物种中表现和特点提供了良好的基础.新一代测序的拷贝数变异检测算法研究与设计
摘要：基于不同的测序技术,基因拷贝数变异的检测方法有多种,但时间复杂度较高,而新一代测序技术的发展为基因拷贝数变异检测的研究开辟了新领域. 通过仿真实验、置换检验设计出一种新的基于新一代测序的拷贝数变异检测算法. 不同于其它算法,本算法无需参考样本,通过直接研究比对后的序列以及reads与拷贝数的关系,来研究检测拷贝数变异,实验结果表明在时间复杂度上能提高50%以上的运算速度,这对今后拷贝数与疾病的研究具有重要意义.血清microRNA-152和microRNA-602检测在肝癌诊断及手术疗效评估中的应用
摘要：为探讨microRNA-152和microRNA-602检测在肝癌诊断及手术疗效评估中的应用价值. 采用实时荧光定量PCR检测佳木斯市中心医院2012年3月~2015年3月的19例肝癌血清标本中microRNA-152和microRNA-602的表达水平,分析microRNA-152和microRNA-602在乙型肝炎病毒（ HBV）阳性组、HBV阴性组和健康对照组血清样本中的表达差异. 结果发现HBV阳性血清样本中microRNA-152的表达水平（0.65±0.29）明显低于健康组（1.21±0.32）,microRNA-602 在HBV阳性血清样本中的表达（0.63±0.31）明显高于健康组（0.44±0.15）,且水平表达的差异具有统计学意义（p〈0.05）. 可见血清样本中的microRNA-152和microRNA-602可以用于HBV阳性肝癌诊断的血清标记物,microRNA-152可以用于HBV阳性肝癌术后效果评价的血清标记物.基于高频系数小波分析的高维蛋白质波谱数据特征提取
摘要：高维蛋白质波谱数据分析过程中,对于数据的特征提取一直是许多学者专注解决的问题. 本文提出了一种基于高频系数的小波分析和主成份分析技术（ Principal component analysis,PCA）的特征提取方法,首先采用小波分析技术对数据进行降噪,提取高频系数作为特征,之后用主成份分析技术进行降维. 实验显示：本论文中提出的方法在8-7-02、4/3/02数据集上的实验识别率分别可以达到100%和99.45%,可以有效提高分类识别率.
