生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2008年第04期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

根据蛋白质互作网络预测前列腺癌相关蛋白质的细致功能145-147

摘要：对于功能部分已知的前列腺癌相关蛋白质，提出了一种基于Gent Ontology的功能特异的子网构建方法来细化其功能注释。结果显示该方法能够以很高的精确率为前列腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究前列腺癌的分子机制具有重要的价值。

蛋白质序列混沌特性的研究148-151

摘要：为了研究蛋白质序列的特性，首先采用非线性预测方法，得到蛋白质序列的总体误差平均值图。并通过与随机序列，混沌序列的总体误差平均值图相比较，发现蛋白质序列有别于随机序列，和混沌序列很相似，则猜测蛋白质序列具有混沌特性。为了验证该猜测，将蛋白质序列通过混沌随机游走描述方法转化为时间序列，并计算其最大Lyapunov指数。在选取的时间延迟和嵌入维数下，每类蛋白质序列的最大Lyapunov指数都大于零，从而得出蛋白质序列具有混沌特性的结论。

基于同源搜索的甜菜miRNAs计算识别152-155

摘要：microRNAs（miRNAs）是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA，在调节生物功能方面起着重要的作用，采用基于同源搜索的计算方法预测未知miRNAs是当前发现和鉴定miRNAs的有效策略之一，甜菜是一种重要的制糖工业原料，其miRNAs的识别尚未见报道，本文根据公共数据库中的甜菜EST和GSS信息，采用Blastn同源搜索技术，预测了甜菜（Beta vulgaris）中的候选miRNAs。通过分析候选miRNAs的序列特征，包括碱基错配、二级结构、（A＋U）含量、能量水平等，从中获得了54个miPRNAs，其中，3个miRNAs与miRBase中已知的其他物种高度相似的序列，其余可能为新miRNAs。

打分矩阵方法在β-发夹模体识别中的应用156-158

摘要：用打分矩阵的五种算法，从蛋白质的氨基酸序列出发，以氨基酸为参数，分别对3088个同源性小于40％的蛋白质和2878个同源性小于33％的蛋白质的β-发夹模体片断进行了识别。利用self—consistency和10—fold cross—validation两种方法对五种算法进行检验，结果表明，Claverie（1996）算法相对较好，对3088个蛋白质的平均识别精度达到了77．7％和76．1％。

Eisenia fetida中蚯蚓纤溶酶P-Ⅲ组分序列多态性159-163

摘要：为了探讨蚯蚓纤溶酶P—Ⅲ组分序列多态性及其与蚓种关系。从Eisenia fetida中提取总RNA，利用P-Ⅲ组分序列两端的保守性设计引物，通过RT—PCR获得P—Ⅲ组分基因，并构建该组分质粒（pUC18）文库，经PCR筛选后进行序列测定及分析。在原已获得的Efp-Ⅲ-1和Efp-Ⅲ-3的基础上，利用中间引物从文库中筛选到Efp-Ⅲ-2基因。序列分析表明，该基因编码序列为720bp，编码239个氨基酸，与GenBank报道的点Efp-Ⅲ-2五条序列整体相似性高达99．02％。通过序列比对，发现Efb-Ⅲ-1、2和3具有完全相同的结构域，差异位点零星分布在序列中间；Lumbricus rubellus的六条序列同样具有Eisenia fetida这个特点，并无明显差异。序列比对证明它们是蚯蚓体内P-Ⅲ组分基因多态性的表现，而且在Lumbricidae科中与蚓种无关。

丙酮醛诱导细胞凋亡相关基因COX—VA的生物信息学分析164-167

摘要：在用基因芯片技术检测丙酮醛诱导人牙周膜成纤维细胞凋亡的基因表达研究中，发现一个未知基因表现为显著下调，其名称是COX—VA，并推测该基因与细胞凋亡密切相关。因此利用生物信息学方法对COX—VA基因及其蛋白产物进行各种分析，发现COX—VA基因与细胞色素C氧化酶具有较高的相似性。COX—VA在细胞中低表达与丙酮醛造成线粒体DNA损伤所引发的细胞凋亡相关。

生物信息学杂志专论与综述

基于DNA分子标记数据构建系统进化树的新策略168-170

摘要：结合DPS软件和MEGA软件优点，进行DNA分子标记数据处理和系统发育树构建的新策略：首先使用DPS软件进行0，1数据系统聚类方法获得遗传距离矩阵，然后将此矩阵输入MEGA3，利用NJ或者UPGMA进行系统进化树的构建和树的优化。该方法操作简单，得到的树形美观。

基于XML的物种属性构建系统171-172

摘要：用PowerBuilder9．0开发了一个基于XML的物种及其属性构建系统，利用该系统可以方便的构建一个物种属性，并可以对该物种属性进行解析翻译。利用该系统以物种毛白杨作为实例进行构建，结果表示：该系统操作简便、构建灵活、能解析、方便读取、实用有效，对物种及其属性能够很好的描述，方便物种属性的管理。

基于高性能服务器及网格技术的生物科研服务平台研究173-175

摘要：为了解决生物科学方面的研究人员在使用生物研究软件工具中存在的“不知道、选不出、难学习和用不起”等问题，同时也为了能为生物类院校的师生提供教学辅助，利用网格技术在高性能服务器上，建立了一款服务于生物研究和教学的网上生物科研服务平台（Biological study service platform，BSP）。该平台包含“工具大全、工具论坛和web工作台”等三部分，拟分别从“找，学，用”三个方面彻底解决生物研究人员在使用生物研究软件工具中存在的问题，同时也为生物类的教师和学生提供了教与学平台。访问地址如下：http：//218．57．145．30：9999／biosp／。此外，该研究小组还将不断地更新和改进该平台，开发更多的自主应用软件，更好地服务生物科研工作。

基于统计建模的系统发育谱方法研究176-177

摘要：系统发育谱算法作为一种有效的大规模基因组功能注释方法，已经被成功的应用到原核生物基因组的功能注释中去。通过对系统发育谱方法中的一个关键环节——相似谱的聚类进行分析，提出了一种基于统计建模的方法来对相似的系统发育谱进行聚类。实验表明，该方法在保证较高的覆盖率的同时，还有效的提高了算法的整体速度，且当参与建模的系统发育谱的数目越大时，算法的精确度越高。

用Perl实现在Windows下本地化运行BLAST178-179

摘要：通过编写Perl脚本实现BLAST的本地化运行，使不懂编程的人也能在windows下进行自己的BLAST。

信号处理技术在生物分子序列分析中的应用180-182

摘要：信号处理技术在生物分子序列分析中的应用主要包括周期分析、基因预测、相似和重复序列分析、蛋白质分子结构预测等。涉及的技术方法有：Fourier变换、小波变换、相关分析、分形技术、非线性信号处理技术等。本文将全面回顾这些应用。

用网络方法识别生物序列motif183-186

摘要：生物序列motif的识别是后基因组时代的一个核心问题。本文首先回顾了识别motif的几种主要算法，然后根据motif的重要性和随机性介绍了利用网络识别motif的两种具有代表性的方法：一种是建立一个随机网络混合模型，利用EM算法识别其中随机的网络motif；另一种用修正的参数流算法过滤出其中的最大密度予图，即为生物序列motif，并指出这两种方法的优劣，最后还对今后研究方向给出了讨论。

基因非编码区与转录调控元件的识别研究187-189

摘要：随着后基因组时代的到来，非编码区的研究已经成为科学家面临的挑战，对基因非编码区的一个主要研究方向就是对调控元件的研究。识别转录调控元件是理解基因转录机制和表达模式的关键。较全面地介绍了基因非编码区以及调控元件，包括功能和作用，常用识别算法，并对常用数据库进行介绍，提出可能的研究方法和发展方向。

文法推断RNA二级结构的研究进展190-192

摘要：生物序列可看成是一种语言，通过计算语言学的方法理解生物序列的内涵是近年来研究的热点，本文综述了文法推断RNA二级结构的基本原理，研究历史和现状，阐述了文法推断RNA二级结构的理论模型和算法，列举了一些有代表性的预测方法，总结了存在的问题并展望了研究的趋势。

2008年总目次M0002-M0002