生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2008年第02期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

根据基因功能表达谱研究抑郁症模型及安佳欣胶囊的抗抑郁症机制49-51

摘要：由基因芯片检测正常大鼠、模型大鼠和服用安佳欣胶囊进行治疗后的大鼠各8例的基因表达谱，在正常组和模型组之间，筛选得到207个差异表达基因和25个差异表达基因功能模块，在模型组和给药组之间，筛选得到860个差异表达基因和24个差异表达基因功能模块。比较两次结果，得到信号传导通路、蛋白质转运等价相同的功能模块，预测此功能模块可能为安佳欣胶囊发挥抗抑郁作用的一部分靶点。在这9个模块中寻找在模型组出现差异表达而在给药组表达趋于正常水平的基因，从基因水平分析药物的治疗机制。

SLA—DQB和DRB的生物信息学分析52-54

摘要：对Genbank中猪的白细胞抗原（SLA）Ⅱ类抗原基因DQB及DRB序列进行了SNP及氨基酸序列多态性分析，并对SLA—DQB及DRB分子进行了蛋白质序列模式分析（Prostie motif search）。结果表明：β1功能区存在较大的变异，特别是位于抗原肽结合槽的氨基酸位点中，其变异程度更大。SLA—DQB及DRB蛋白质序列中，主要存在8种类型的蛋白质序列模式位点，其中3种类型的磷酸化位点存在蛋白模序的改变，都位于β1功能区（前94个氨基酸），且多数位点突变频率较高。

一株氯氰菊酯降解菌16SrDNA，gyrB和GyrB的系统发育分析55-58

摘要：从农药厂污水处理池中分离得到一株氯氰菊酯降解菌，在30℃，pH7．0的条件下，无机盐培养基中100mg／L的氯氰菊酯，经过7．5天，能够降解大约52．3％，外加碳源能够明显提高其降解性能。生理生化实验结合16SrDNA，册诏和GyrB的系统发育分析，将其归为Gordonia菌属。在16SrDNA水平上，其与G．amicalis DSM44461和G．hydrophobica DSM44015^T的相似值最高，为98．1％；而在gyrB和GyrB水平上，其与G.hydrophobica JCM10086的相似值最高，分别为86．8％和91，1％。通过对所构建的系统发育树进行评估，表明16SrDNA序列适用于将分离菌株鉴定到属的水平上，而gyrB和GyrB更适用于在属内种的水平上进行系统发育的分析。

牦牛SRY和TRO基因部分序列克隆与测序分析59-61

摘要：对牦牛SRY和TRO的部分基因克隆和序列分析，以期为进一步开展该基因与其性别相关分析，进行性染色体的基因定位、以及分子标记辅助选择等研究提供了理论依据。用特定引物对牦牛和西门塔尔牛的SRY、TRO基因部分序列进行扩增并进行TA克隆和测序。通过测序结果与普通牛的比对分析表明，这两个基因区域在牛种中有极高的保守性。牦牛与普通牛SRY和TRO基因这两个区域的核酸同源性分别达到了99．08％和99．39％。根据对这两个基因序列的研究为精子或者胚胎的性别鉴定提供有力的理论基础。

杉木CCoAOMT蛋白的生物信息学分析与同源模建62-64

摘要：利用生物信息学方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水／亲水区、二级结构等蛋白质性质，并同欧洲云杉、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比，并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟，同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测。结果表明：该蛋白共有255个氨基酸，等电点为5．56，二级结构中α螺旋占37．65％，β折叠片占19．61％，无规卷曲占42．75％。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则。

参数序列比对算法研究65-67

摘要：序列比对是生物信息学中的一项重要任务，通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。序列比对结果的生物学意义与所选择的匹配、不匹配、插入和删除以及空隙的罚分函数密切相关。现介绍一种参数序列比对方法，该方法把最佳比对作为权值和罚分的函数，可以系统地得到参数的选择对最佳比对结果的影响。然后将其应用于RNA序列比对，分析不同的参数选择对序列比对结果的影响。最后指出参数序列比对算法的应用以及未来的发展方向。

生物信息学杂志技术与方法

从microarray时序表达数据识别周期表达基因68-70

摘要：根据周期表达基因的周期性和峰值特点，提出了一种将microarray时序表达数据划分为若干个基因表达周期，并对周期内的峰值特点进行评估以识别周期表达基因的方法，能有效减小microarray实验时的噪声干扰。选取了三组广泛使用的时序表达数据和一组可靠的周期表达基因集合对该方法的效果进行了测试，并与三种典型的周期表达基因识别方法的效果进行了比较。该方法能有效地从各种microarray时序表达数据中识别周期表达基因。

细胞信号转导网络的计算机网络模型构建初探71-74

摘要：根据细胞信号转导的特点，利用计算机通信技术，提出了一个类似Internet的细胞信号转导计算机网络模型，对该模型的信息编码提出了自己的规则。并利用此模型对Grill等提出的ABA对气孔运动调节的信号转导模型进行实例化。利用wpa—Pack软件包，用VC＋＋6．0开发了封装、发送数据包的程序。仿真结果表明：细胞信号可以根据所定义的规则编码、封装后在构建的网络上进行数据传输。

基因网络中基因关系图谱的构建及其应用75-79

摘要：尽快破解基因组所包含基因的功能是一项费力但又很重要的工作。一个基因功能的实现依赖于该基因与其它基因间的相互作用。基因网络是一组基因的集合体，这些基因通过相互协作来控制生物体重要的生命过程。通过基因敲除、RNA干扰或其它方法改变基因网络中某个基因的表达水平，将会引起该网络中其它基因表达水平的变化。而这种变化可以方便地通过基因表达差异显示技术检测相应mRNA含量变化来反映。因此，将这两类方法组合在一起，可以在基因组水平上有效地检测出基因网络中的基因关系。这种策略对基因功能研究方法是一个重要补充。

基于Z曲线的核酸序列可视化分析平台研究80-81

摘要：随着Z曲线的提出，用几何学的方法研究DNA序列得到了发展。利用z曲线的思想对核酸序列的可视化分析平台的构建进行了研究，提出了基于包围盒的多精度抽稀算法，实现了从DNA序列到三维空间点和曲线的直接转换。

改进的K—mean聚类算法在基因系统发育谱分析中的应用82-84

摘要：简要介绍了系统发育谱法的原理，着重阐述了K—mean聚类算法在对基因系统发育谱分析中的改进，并与传统的K—mean聚类算法进行比较。实验结果表明，改进的K—mean聚类算法在运用系统发育谱法进行基因功能注释上是快而有效的，可以快速收敛到近似最优解。

生物信息学杂志专论与综述

乳酸菌基因组学研究进展85-89

摘要：乳酸菌广泛应用于食品发酵工业中，其中有些菌种是重要的益生菌。目前，对乳酸菌的研究已从最初的形态学研究进入到了分子水平的研究。乳酸菌全基因组测序研究已在全球展开。乳酸菌基因组研究有助于揭示乳酸菌的遗传和代谢机制，加速重要益生功能基因的挖掘，同时为乳酸菌的应用提供众多可能性。本文就乳酸菌基因组研究的概况、重要乳酸菌基因组、乳酸菌的功能基因组以及比较基因组进行了综述。

面向代谢组学的模式识别技术应用与展望90-92

摘要：代谢组学是后基因时代新兴的一门研究生物体内所有小分子代谢物的组学学科，是系统生物学的有机组成部分。由于代谢组学是基于数据驱动的学科，因此如何有效利用数据预处理、模式识别等信息处理技术从代谢组学复杂的高维样本中挖掘深层次的“知识”是代谢组学乃至整个系统生物学的关键问题。对模式识别技术在代谢组学中的应用作了全面的综述。总结代谢组学数据特性及其对模式识别技术的特殊要求，揭示面向代谢组学的模式识别技术所遇到的困难并在此基础上提出相应的解决办法。

量子化学在生物分子领域的研究进展93-96

摘要：量子化学的方法对生物分子研究的发展提供了全新的思路和方法。本文介绍了量子化学的基本计算方法，并综述了近两年来量子化学方法在生物分子领域的研究进展。

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