生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2007年第04期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

基于APOBEC-1底物基因三区一位的结构筛选新的底物基因145-147

摘要：使用生物信息学软件从APOBEC-1编辑底物编码基因序列中筛选出B—Raf基因，在生物信息数据库中获得了B—Raf的一级结构、模体、三维结构信息，分析B—Raf蛋白功能。

哈茨木霉超氧化物歧化酶基因克隆与特性分析148-150

摘要：构建了哈茨木霉菌丝的cDNA文库，并获得了3298条ESTs序列，对哈茨木霉（Trichoderma harzianum）ESTs序列本地数据库进行tBlastn检索，获得了哈茨木霉超氧化物歧化酶cDNA序列。cDNA序列全长751bp，开放阅读框4656p，编码154个氨基酸组成的多肽，蛋白分子量为15．7kD。BlastP同源性分析表明该基因与麦角真菌（Claviceps purpurea）相似性最高为86％；与解脂耶氏酵母菌（Yarrowia lipolytioa）相似性最低为72％。三级结构预测表明，其活性中心可能与His47，His49，His64，His72，His81，His121，D84位点有关，并构成其活性中心骨架。

枯草杆菌基因组中的回文结构151-154

摘要：统计了枯草杆菌全序列中中间间隔S从0到29、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构，以及这些回文结构在编码区和非编码区的分布。通过分析不同S、L的回文结构的频数以及AT含量，发现枯草杆菌基因组中长的回文结构是过表达的、AT含量高并且对非编码区有偏好。

生物信息学杂志技术与方法

基于GCG的生物信息学WEB系统的构建155-156

摘要：利用APACHE服务器、PHP脚本，从生物学研究人员使用角度出发，开发了一套通过web界面来使用GCG软件包的系统。该系统的成功开发，提供给局域网内用户方便、安全、稳定的GCG的在线分析服务，大大降低了生物学研究人员使用GCG的难度。

基于PC／Linux的致敏性评估网站的构建及其应用157-159

摘要：利用数据挖掘技术，根据WHO—IUIS变应原列表，从Swiss-prot和NCB!，以及国际上现存的变应原数据库、科学文献等，收集、建立了完整的变应原数据库。基于PC机和Linux操作系统，利用相关软件，搭建了致敏性评估网站。利用FastA算法，通过将未知蛋白与数据库中的已知蛋白进行比对，从而判断其致敏陛。结果表明构建的网络平台能够加速数据的分析过程。

UPGMA树的不惟一性问题及其解决方法160-162

摘要：对于一组给定的DNA或蛋白质序列，UPGMA算法构建的二叉进化树可能是不惟一的，其具体拓扑结构与序列输入顺序相关，这一现象通常被称为“tied trees”。提出了UPGMA的一种改进算法——不加权算术平均组群方法（UMGMA），用以解决UPGMA树的不惟一问题。在UPGMA树惟一时，该方法产生的进化树与UPGMA树相同；而在UPGMA树不惟一时，该方法可以产生一棵惟一的、与序列输入顺序无关的多叉进化树，而且该算法还具有一个可调的容差参数，来控制生成进化树的主要分枝结构，这对于突出大规模进化树的总体脉络具有重要意义。

人类和模式生物标准转录数据库Web服务系统“StdTransDb”的技术实现163-166

摘要：以RefSeq数据库和已测序基因组序列为模板，通过大规模计算得到代表转录各层次信息的“标准转录数据库”，并利用通用网关接口技术，建立了人类和模式生物标准转录数据集Web服务系统。用户提交RefSeq记录号或自由注释词，可检索获得序列的全部信息，实现对基因结构解析的在线计算。目前系统覆盖了人、拟南芥、水稻、大鼠、小鼠、斑马鱼等6个物种，拥有数据记录18万余条。为深入研究人类及其他物种转录组提供了重要工具，并为进一步分析真核基因的可变剪接方式提供了坚实的数据基础。

基于蚁群遗传算法的DNA序列比对方法167-170

摘要：蚁群遗传算法是在蚁群算法的基础上用遗传算法对其参数进行优化而产生的一种改进算法。把蚁群遗传算法应用于DNA序列比对上，结果表明这种新的序列比对算法是非常有效的。

大数量序列的PCR保守引物设计实践171-173

摘要：引物设计前的序列的全面检索，未注释序列的归类，经多序列比对求带有模糊碱基代码标识（IUPAC ambiguity codes）的共有序列，对设计高质量的引物至关重要，是引物设计过程的难点。目前，综合性核酸序列分析软件，单功能应用软件，在解决上述问题时均显不足。应用互联网提供的在线生物应用程序实践了一种多程序组合使用设计大数量序列的保守引物的方法，探讨了实现大数量序列的保守引物设计的一般流程。

生物信息学杂志专论与综述

PCR—DGGE技术在土壤微生物多样性研究中的应用174-175

摘要：DGGE是一种有效的微生物多样性研究技术。本文简要介绍了DGGE（denaturing gradient gel eleetrophoresis）基本原理，及其在研究土壤微生物类群多样性中的应用，并对该技术自身存在的缺陷进行了评价。

硒的生物学功能及其补充剂的研究现状176-178

摘要：硒是人体必需的、只能外源性补充的微量元素之一，人体缺硒可以导致癌症和多种疾病。本文阐述了硒的抗肿瘤、防衰老、抗氧化和增强机体免疫力等多种生物学功能，并概述了硒补充剂的研究现状，进而对硒补充剂的开发进行了展望。

蛋白质折叠机理的理论研究179-181

摘要：简要综述了近年来蛋白质折叠机理的理论研究。首先回顾了蛋白质折叠理论的发展历程，然后对折叠中间体的研究现状作了较详细的介绍。同时，对折叠机理理论研究中的几种理论模型和模拟算法作了细致评述，分析了其现状和存在的问题。最后，总结和讨论了折叠机理理论研究的现存问题及研究热点，并展望了该领域研究的发展趋势。

蛋白质结构研究现状与展望182-184

摘要：本文综述了近年来蛋白质结构的确定、预测、比较、分类和功能五个问题的研究概况，并分析了解决每个问题的方法，最后指出蛋白质结构研究的发展前景。

蛋白质结构预测方法探析185-186

摘要：首先介绍了蛋白质结构预测中的三种理论方法，然后对同源蛋白质结构预测中侧链构造和环区构建中涉及到的主要方法进行了探讨。对非同源蛋白质结构预测中空间构象搜寻涉及到的主要算法进行了分析比较。

苯丙氨酸代谢途径关键酶：PAL、C4H、4CL研究新进展187-189

摘要：主要阐述了苯丙氨酸代谢途径中三种关键酶：苯丙氨酸解氨酶（PAL）、肉桂酸4-羟基化酶（C4H）、4-香豆酸辅酶A连接酶（4CL）的研究进展，希望能为研究植物次生代谢途径的研究工作者提供一些帮助。

MyoG基因结构与功能研究进展190-192

摘要：肌细胞生成素（myogenin，MyoG）是生肌调节因子iREs（MyoD、MyoG、Myf5和MRF4）家族的一员，它的表达具有控制成肌细胞融合的起始，促使成肌细胞的增殖作用，使单核成肌细胞转变成为多核的肌纤维。因此被认为在MyoD家族中具有中心地位。本文就MyoG基因的结构、定位、作用机制、多态性及其与生产性能的关系等作以下综述。

《生物信息学》2007年总目次F0003-F0003