生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2007年第03期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

米根霉富马酸酶三维结构的同源建模与分析97-101

摘要：利用Modeller7v7软件对米根霉（Rhizopus oryzoe）富马酸酶（fumarase）进行了三级结构的同源建模并对结果的空间和能量上的合理性进行了验证，进一步对酶的结构域和催化活性位点进行了研究。结果表明：富马酸酶由三个结构域组成，中心区域为一个由五个几乎平行的α螺旋组成的独特的束型结构，其催化活性位点是由三个亚基上的氨基酸相互靠近共同组成的。为以后有针对性的进行富马酸酶的定点突变提高富马酸产量提供分子水平上的理论指导。

节肢动物线粒体基因组碱基组成特征分析102-105

摘要：利用93个节肢动物线粒体基因组数据，分析了线粒体基因组的碱基组成，及对氨基酸组成的影响。研究表明：（1）节肢动物线粒体基因组GC含量较低，分布范围较窄（13．28％-39．64％）。基因组GC含量与密码子第三位置的GC含量间的相关性（r=0．9432，P〈0．01）比密码子第一、二位置上的相关性强。（2）在密码子的三个不同位置上均可以观察到C〈-〉T和A〈-〉G相互取代的现象。（3）AKNC．004529和NC．003979两个序列的对比研究中可以发现碱基组成变化会引起氨基酸组成的变化，这种变化不仅体现在不同的物种之间，而且也体现在同一基因组内部的不同基因之间，这些影响可能是相互的。表明节肢动物线粒体基因组中的碱基变化是受多种因素共同作用的结果。

二级结构组件与蛋白质耐热性的关系研究106-108

摘要：挑选了NCBICOG数据库中具有全基因组的单细胞微生物，选择其中三维结构已知的蛋白质作为研究对象，研究了不同类型的二级结构含量和长度对古细菌和细菌类蛋白质耐热性的影响作用。结果表明：耐热的古细菌类蛋白质中含有相当数量的短的310螺旋，而耐热的细菌蛋白质中含有较短的loop环。这不仅说明二级结构对蛋白质耐热性有重要的影响，还表明二级结构对古细菌和细菌类蛋白质耐热性的影响作用是不同的。

第二届“世界农业科学前沿论坛”通知108-108

生物信息学杂志技术与方法

依赖辅酶B12的甘油脱水酶生物信息学分析109-112

摘要：用生物信息学的方法对依赖辅酶B12型甘油脱水酶的各个亚基结构进行了分析，并对其功能进行了探讨。通过对底物未结合时与底物结合后的酶分子构象变化进行分析，探讨了底物的结合对各个亚基的影响.

基于聚类系数的DNA序列性质的复杂网络研究113-116

摘要：利用一种新的基于图论理论的DNA序列（片段）分析的方法，即通过复杂网络研究生物体的拓扑结构，主要通过测量聚类系数（集团系数）构建网络的拓扑结构。依据DNA序列的前缀、后缀关联性质构造了所选取DNA序列（片段）的相关网络，发现该网络分布满足幂率特征，有较大的聚类系数。结果表明构建得到的网络同时满足小世界网络和无尺度网络的特征，证明DNA序列不全是随机的序列，而是有随机扰动的确定结构的序列。

大肠杆菌E．coliK-12转录因子结合位点的理论预测117-120

摘要：基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列，分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性，提出了预测转录因子结合住点的位置权重矩阵打分函数算法（PWMSA）。利用self—consistency和cross—validation两种检验方法对此算法进行检验，self—consistency检验总的预测成功率达到87．59％，cross-validation检验成功率达到85．48％。对基因间序列进行搜索，获得了多个可能的转录因子结合位点。

一种新的基于两序列比对的ncRNA基因识别模型121-124

摘要：利用上下文相关隐Markov模型建立neRNA基因基本二级结构模型，从两序列比对结果中提取序列相似性信息，并把该信息引入基本的上下文相关Markov模型中，从而构建出新的neRNA基因识别模型。

生物信息学杂志专论与综述

重建基因调控网络125-128

摘要：分子生物学的主要挑战是如何更好的理解基因问的调控机理。重建基因网络有助于探索生命系统的本质问题。这里对研究基因调控网络的起源、发展动向、目的和方法及目前所面临的挑战进行了综述。

系统生物学（SystemsBiology）的几大重要问题129-136

摘要：近几年来，系统生物学从正式提出到受到普遍关注和研究，对生物学的研究发展起了革命性的变化。主要从系统生物学的发展及其内容进行分析，讨论了生物数据整合，模型建立和模拟分析等几点关键性的问题，并展望了系统生物学的研究。

生物信息学中的数据库技术137-139

摘要：生物信息学是近年来发展最快的学科之一，各类生物信息数据库不断的涌现。随着生物分子数据量的迅速膨胀，数据结构日趋复杂，生物信息学对数据库技术提出了更高的要求。本文讨论了目前生物信息学中数据库技术的发展现状、面临的问题和未来趋势，主要包括数据库管理、数据库分析、数据库集成等。

EST—SSRs的开发及应用研究进展140-142

摘要：综述了EST—SSR标记的开发方法及其在构建遗传学图谱，筛选与定位目的基因，遗传多样性的研究，比较基因组学的研究和品种鉴别等方面的应用。

生物信息学课程教学的初步探讨143-144

摘要：结合教学实践，对在生物学专业开设生物信息学课程的必要性及具体的教学实施作初步探讨，为生物信息学课程教学提供参考。