生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2007年第02期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

基于氨基酸和二肽组成的蛋白质四级结构分类研究49-52

摘要：基于最近邻居算法，从蛋白质一级序列出发，利用蛋白质序列氨基酸组成、二肽组成以及混合组成方法对蛋白质单聚体、二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体和八聚体进行分类研究。结果表明：采用二肽组成编码方法的预测效果最好，Jackknife检验和独立测试集检验的总体预测精度分别达到90．83％和95．48％，比相同数据集上基于伪氨基酸组成和组分耦合预测的方法提高了12和15个百分点；特别是对于五聚体蛋白，预测精度分别提高了90和50个百分点；说明二肽组成对于蛋白质四级结构分类研究是一种非常有效的特征提取方法。

大鼠尿激酶SYBR Green Ⅰ real time RT—PCR引物的设计53-57

摘要：设计用于SYBR Green Ⅰ法实时定量逆转录多聚酶链反应（QRT—PCR）检测大鼠尿激酶型纤溶酶原激活因子（uPA）mRNA的引物。从基因库获取靶基因及相关序列，充分收集和分析相关生物信息学数据，应用Oligo 6．22设计出一对长度为21bp的引物，其GC含量为52．4％；上下游引物3’最稳定二聚体和及发夹结构的能量分别为-1．5、-0．40kcal／mol和-3．5、-0．90kcal／mol，引物间最稳定二聚体为-3．1kcal／mol。5’端和中间AG值较高，高于3’端AG；引发效率分别455和403。实验证明，该引物能够高效、特异地实现对靶序列的检测，适用于SYBR GreenⅠ法实时定量检测（uPA）mRNA。

家蚕浓核病毒中国（镇江）株结构蛋白的生物信息学比较分析58-61

摘要：运用生物信息学方法将家蚕浓核病毒中国（镇江）株的结构蛋白与其它类型家蚕浓核病毒的结构蛋白在理化特性、结构、功能等方面进行了比较分析。结果表明：家蚕浓核病毒结构蛋白是-类稳定的亲水性蛋白，BmDNV-ZJ与BmDNV-2的结构蛋白性质可能比较类似，而BmDNV-ZJ和BmDNV-1结构蛋白序列的理化性参数、序列内部重复片断以及折叠区域差异较大，表明这两种浓核病毒结构蛋白在性状、结构、功能上有较大差异。而BmDNV-ZJ和BmDNV-1结构蛋白序列中有3个不同的LCR功能区域。分子进化聚类分析可得到四大类浓核病毒结构蛋白。

生物信息学杂志技术与方法

一种基于关键路径法的DNA计算用寡核苷酸序列设计算法62-66

摘要：在原有的生物大分子序列比对算法的基础上，结合图论中的关键路径法，提出了一种新的计算两寡核苷酸序列间最大配对程度的算法。采用此算法结合生成并测试的方法，能够寻找给定长度的一组适用于DNA计算的寡核苷酸序列。同时采用DNA芯片杂交方法验证了用该算法设计的一组序列的杂交特异性。

红籽瓜数量性状分析软件的设计与实现67-69

摘要：主要介绍了如何使用面向对象技术对红籽瓜数量性状分析软件的设计，阐述了软件的设计过程，代码的编写，实现了对红籽瓜数量性状的分析。

分子模拟在门冬酰胺酶Ⅱ表面呈现多肽技术中的应用70-73

摘要：简要地介绍了表面呈现技术和组合酶技术的应用以及发展前景，描述了一种应用分子建模系统辅助进行抗动脉粥样硬化的嵌合酶疫苗的构建过程。门冬酰胺酶活力测定结果证明，嵌合酶的空间结构和活性位点均能够依照设计要求保留。提供了一种生物信息学手段在组合生物合成领域中的应用方法。

基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用74-77

摘要：利用Phred/Phrap/Consed,cross.match.RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序，基于Linux操作系统，构建了林木EST序列分析系统，完成了从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘。并通过使用Perl语言结合bioped模块写的脚本程序使分析过程自动化，从而可以快速地对大批林木EST数据进行分析，为林木的功能基因组学研究提供有用的信息。

一种个人DNA数据隐私保护算法的改进78-81

摘要：DNALA一种个人DNA数据隐私保护的方法。该方法能有效的实现对个人DNA数据的隐私保护，但前期数据预处理复杂，而且后期处理精度不高。本文针对DNALA的这些缺点进行改进，形成了Savior算法。Savior算法在数据预处理阶段用双序列比对代替了DNALA中的多序列比对，在随后的处理中用随机爬山法代替了DNALA中的贪心策略，从而克服了原算法的缺点。对比实验说明：在达到同样的保护强度时，Savior对数据的改动小于DNALA，数据预处理耗费的时间小于DNALA。

生物信息学杂志专论与综述

蛋白质亚细胞定位预测中的序列编码技术82-85

摘要：蛋白质序列的编码是亚细胞定位预测问题中的关键技术之一。该文较为详细地介绍了目前已有的蛋白质序列编码算法；并指出了序列编码中存在的一些问题及可能的发展方向。

宏基因组克隆技术86-89

摘要：环境中约99．8％的微生物不能用常规的微生物学方法培养，这样就使得绝大部分微生物资源的开发利用受到制约，而宏基因组克隆技术的产生则克服了对不可培养微生物研究的困难。到目前为止，通过宏基因组克隆技术已经获得了许多新的抗生素和酶的基因，而且随着该技术的不断完善将会加大有用分子发现的几率和对复杂微生物群落功能的了解。

虚拟细胞模型研究进展90-93

摘要：虚拟细胞是20世纪末在国外兴起的一种利用现代信息技术和计算机模拟进行细胞研究的全新手段。主要是通过计算机建立人工细胞模型，模拟细胞内外环境，进行生物学的研究和探索。综述了国外主要的虚拟细胞模型的研究概况。

基因组水平的基因挖掘与功能分析方法的探讨94-96

摘要：为了实现基因组中特定基因功能的注释，研究者提出一种新的思路，即利用对目的基因启动子上游的顺式元件的功能的分析，进一步来推断目的基因的功能。在此主要对基因组水平的基因挖掘与功能分析方法及其研究进展进行了探讨。

“遗传学进步与人口健康高峰论坛”征文通知F0002-F0002

《生物信息学》编委会F0004-F0004

《生物信息学》编辑部F0004-F0004