摘要：科技金融生态系统是一个不同'物种'间通过资源互补和互利合作实现协同创新的价值创造过程,而协同创新的利益如何在各创新主体间合理分配是科技金融生态系统保持创新动机的重要因素。本文在阐述相关理论的基础上,提出了一种基于委托理论的科技金融生态系统协同创新及一次利益分配机制,以及基于改进Shapely值法的科技型企业二次利益分配机制。研究发现,科技金融生态系统的协同创新绩效与科技成果转化效率、创新过程的不确定性、企业种群的风险规避能力以及讨价还价能力相关;一次利益分配体现了高收益高分配、低收益低分配的公平原则;二次利益分配则实现了公平与效率兼顾,同时考虑了结果与过程。最后给出了提升科技金融系统创新绩效及利益分配有效性的对策建议。