MYB转录因子基因MIXTA及其同源基因功能的研究进展
摘要：被子植物表皮细胞的形态学建成是目前研究工作中较为流行的生物学现象,其大致包括：表皮细胞形状的改变、表皮细胞附属衍生物的形成、根毛和毛状体的分化等方面,根据大量的试验结果总结发现MIXTA及其同源基因的生物学功能与该现象密切相关。MIXTA是编码一个具有R2R3 MYB结构域的转录因子,自从1994年首次报道在金鱼草中被克隆以来,已经受到广泛的关注并在不同种属试验材料中被更深入地研究和讨论。MIXTA最早被证实的调节功能是促进金鱼草花瓣表皮细胞发生锥形化,使花瓣内表皮具有天鹅绒状质感,野生型金鱼草花瓣表面的锥形细胞在MIXTA突变时形状发生显著扁平化,花瓣内表皮的天鹅绒状质感消失,异位表达的MIXTA同时调控锥形细胞和多细胞腺体毛状体在不同组织部位的生长。近几年的研究发现,除金鱼草外,许多物种中都存在一些类似于MIXTA的基因,统称为MIXTA-like,如唐松草、猴面花、番茄、拟南芥等,特别是在拟南芥中,发现了很多与MIXTA具有高度相似性的基因,这些基因的功能与金鱼草中MIXTA的功能大同小异,并且对其下游基因的调节通路研究的较为透彻。同时,MIXTA作为MYB类转录因子可通过与b HLH转录因子及WD40转录因子结合发生互作,以复合物的形式间接地调控花青素的合成。MIXTA的存在可以影响花瓣表面的温度、气味、颜色、湿度、质感、光学特性等一系列生物学特征,并且通过改变植物花瓣的表型间接影响植物的授粉方式,建立自身的防御保护系统,由此体现MIXTA的生物学功能广泛,对其进行研究的生物学意义可见一斑。文章中首先简要介绍了MIXTA的基本结构,利用氨基酸序列比对及系统发生树等生物信息学技术比较分析MIXTA及其同源蛋白的亲源关系以及它们共同具有的R2R3 MYB结构域,然后从表皮细胞形状的改变（主要指表皮细胞锥形化）、棉花精氨琥珀酸合成酶基因GhASS1的克隆及表达分析
摘要：【目的】克隆棉花精氨琥珀酸合成酶基因Gh ASS1的c DNA序列,并利用原核表达系统高效表达融合蛋白,检测融合蛋白的精氨琥珀酸合成酶活性及其表达对工程菌生长、耐盐能力及与游离L-瓜氨酸（L-Cit）和L-精氨酸（L-Arg）含量的影响,为解析该基因的功能及作用机制奠定基础。【方法】以拟南芥推断的精氨琥珀酸合成酶c DNA序列作为探针,利用电子克隆和RT-PCR技术,从棉花幼叶中获得c DN段,T/A克隆测序后得其序列信息,利用生物信息学软件分析其DNA结构、蛋白质结构、功能域和同源性,并构建系统进化树。利用q RT-PCR检测其在盐胁迫下的表达模式;将Gh ASS1的开放阅读框连接到原核表达载体p Cold-TF上,构建融合表达载体p Cold-Gh ASS1,转化到大肠杆菌Rosetta（DE3）plys S中进行IPTG诱导表达,利用SDS-PAGE法测定表达产物分子量,焦磷酸荧光法测定酶活性和比活力,HPLC法测定工程菌中L-Cit和L-Arg的含量,对比不同温度和不同Na Cl浓度下工程菌与对照菌的生长速度及其体内L-Cit、L-Arg含量及L-Arg/L-Cit。【结果】棉花Gh ASS1存在于D基因组的第1染色体上,由10个外显子和9个内含子构成,其c DNA全长序列共1 584 bp,其中5′非翻译区22 bp,开放阅读框1 485 bp,3′端非翻译区77 bp,编码产物由494个氨基酸组成,推断分子量为54 k D,等电点6.74;序列比对分析表明Gh ASS1与大肠杆菌、酵母和拟南芥中同源蛋白序列一致性分别为21.81%、41.1%和78.5%,且具有典型的精氨琥珀酸合成酶结构模序;系统进化分析显示Gh ASS1与番茄、马铃薯和烟草中同源蛋白亲缘关系最近,而与云杉、卷柏中同源蛋白亲缘关系最远;盐胁迫可上调叶片中Gh ASS1的表达,1 d时达到峰值,随后逐渐下降,推测Gh ASS1参与棉花对盐胁迫的早期响应。表达载体p Cold-Gh ASS1在工程菌中表达的融合蛋白分子量约108 k D,与预期相符,在体外具有精氨琥珀酸合成�不同水旱轮作体系秸秆还田与氮肥运筹对作物产量及养分吸收利用的影响
摘要：【目的】通过研究不同水旱轮作方式下秸秆还田与氮肥运筹对作物产量、氮素吸收及氮肥偏生产力的影响,以期为秸秆还田条件下氮肥的合理施用提供理论依据。【方法】2013—2014年在湖北省孝南、松滋、应城等14个县（市、区）开展水稻-油菜和水稻-小麦2种轮作条件下秸秆还田与氮肥运筹田间试验。试验共设置5个处理,分别为氮肥习惯3次施用、氮肥习惯3次施用配合秸秆还田、高量氮肥3次施用配合秸秆还田、氮肥2次施用（后肥前移）、氮肥2次施用（后肥前移）配合秸秆还田。分析秸秆还田条件下不同氮肥运筹对水稻、油菜及小麦产量、生物量、氮素吸收量及氮肥偏生产力的影响。【结果】对比秸秆还田下的2种轮作模式,增施氮肥对稻油轮作系统作物产量、地上部生物量及氮素吸收量无显著影响,而其对稻麦轮作系统的各指标均有显著提高的作用。稻麦轮作下,高量氮肥3次施用配合秸秆还田相比较氮肥习惯3次施用水稻和小麦平均增产量为0.632和0.564t·hm^-2,增产率分别达6.85%和10.67%;地上部生物量分别增加1.50和1.07 t·hm^-2,增幅分别达8.11%和9.06%。地上部氮素吸收量分别增加11.54和23.57 kg·hm^-2,增幅分别达7.88%和21.28%,稻麦周年氮素吸收总量增加35.11kg·hm^-2,增幅达13.65%。氮肥2次施用配合秸秆还田处理产量和氮素吸收量可以达到或优于氮肥习惯3次施用处理的水平,且以稻麦轮作下效果更为明显,其中水稻和小麦季平均增产量分别为0.439和0.385 t·hm^-2,增产率分别达5.12%和7.63%;地上部氮素吸收量分别增加11.09和21.06 kg·hm^-2,增幅分别达8.26%和20.82%,稻麦周年氮素吸收总量平均增加32.14 kg·hm^-2,增幅达13.66%。就氮肥利用率而言均表现出氮肥的常量投入即可获得较高的氮肥偏生产力（水稻季均值范围52.03—59.29 kg·kg^-1,油菜季10.62—11.12 kg·kg^-1,小麦季33.63—36.20 kg·植物生长调节剂S3307和DTA-6对大豆荚的生理代谢及GmAC的影响
摘要：【目的】荚是为大豆籽粒发育过程中提供同化物的暂存源器官。大豆荚脱落率高是制约大豆生产的重要因素之一,为进一步探讨化学控制技术提高大豆产量的内在机制,通过研究叶面喷施2种调节剂对大豆荚生理代谢及离区脱落纤维素酶基因（Gm AC）表达的影响,为大豆高产、优质、高效栽培提供理论依据。【方法】以大豆品种抗线6号（Glycine max）为材料,在R1期叶面喷施60 mg·L^-1促进型调节剂2-N,N-二乙氨基乙基己酸酯（DTA-6）和50 mg·L^-1延缓型调节剂烯效唑（S3307）,以喷施清水为空白对照,于喷药后35、42、49和56 d选取处理和对照中的大豆豆荚,测定荚中可溶性糖、蔗糖、淀粉、丙二醛（MDA）、过氧化物酶（POD）、脱落纤维素酶（AC）等生理指标。喷药后第5天用剪刀剥取同一处理大豆荚基部与茎相连离层区组织,采用RT-PCR方法测定脱落纤维素酶基因（Gm AC）的表达量。【结果】除喷DTA-6后35 d处理的可溶性糖含量高于对照外,其余取样时期DTA-6和S3307处理均显著降低了荚中可溶性糖含量。在喷药后35—49 d,DTA-6和S3307处理荚皮中蔗糖含量低于对照,而在喷药后56 d高于对照。除喷S3307后42 d处理的淀粉含量低于对照外,其余时期DTA-6和S3307处理均增加了荚皮中淀粉含量。在喷药后35、49和56 d DTA-6和S3307处理降低了荚皮中MDA含量。在喷药后35、42和56 d DTA-6和S3307处理提高了荚皮中POD活性。S3307处理在喷药后35、49和56 d降低了荚皮中AC活性,DTA-6处理在喷药后42—49 d降低了荚皮中AC活性。DTA-6处理下调了大豆离区Gm AC的表达量,而S3307处理大豆离区Gm AC的表达量上调。DTA-6和S3307处理均有效地改善了大豆单株荚数、荚粒数、百粒重等产量性状,2012年和2013年产量分别比对照高6.23%、1.41%和4.83%、5.30%。【结论】DTA-6和S3307处理有利于大豆荚皮中同化物的转运和积累,提高保护酶活性苹果中4种常用农药残留及其膳食暴露评估
摘要：【目的】对国产苹果中多菌灵、甲基硫菌灵、吡虫啉和灭幼脲4种常用农药残留及其膳食暴露进行评估,明确并量化中国居民食用苹果途径的上述4种常用农药膳食摄入风险水平,为苹果安全生产、消费及质量安全监管提供依据。【方法】基于渤海湾（辽宁、山东、河北）和西北黄土高原（陕西、山西、河南）两大苹果优势主产区采集的282份苹果样品,运用专业风险评估软件@Risk,尝试构建非参数概率评估模型,对中国居民食用苹果途径的农药膳食摄入（暴露）风险进行概率评估。首先对282份苹果样品中上述4种农药残留检测值进行分布拟合,拟合度运用Chi-Squared、Anderson-Darling、Kolmogorov-Smirnov 3种统计方法进行检验,综合考虑3种评估拟合结果,确定最佳拟合分布。STMR、HR取最佳分布拟合值,%ADI和%ARf D分别表示慢性膳食摄入风险和急性膳食摄入风险。【结果】参试的282份苹果样品,255份（占90.4%）苹果样品中检出了农药残留。在检出的4种常用农药中,多菌灵的检出率最高,达到81.9%;其次为甲基硫菌灵和吡虫啉,分别为52.1%和39.0%;灭幼脲的检出率最低,仅为31.2%。绝大多数苹果样品中农药残留量处于较低水平,最大检出浓度为0.9251 mg·Kg^-1（多菌灵）,但仍远低于最大残留限量值3.0 mg·Kg^-1。样品中4种常用农药残留量均值依次为多菌灵（0.1042 mg·Kg^-1）〉灭幼脲（0.0182 mg·Kg^-1）〉甲基硫菌灵（0.0082 mg·Kg^-1）〉吡虫啉（0.0050 mg·Kg^-1）。样品中4种常用农药残留量离散程度有异,变异系数分别达到232.8%（甲基硫菌灵）、214.8%（吡虫啉）、174.1%（灭幼脲）和136.4%（多菌灵）。282份苹果样品农药残留量分布规律较明显,随着农药残留浓度的升高,样品所占的比例均呈逐渐降低的趋势。27份（占9.6%）苹果样品中未检出上述4种常用农药,198份（占70.2%）苹果样品中检出2种及以上�银川盆地净初级生产力估算和趋势分析
摘要：【目的】基于2000—2010年间的遥感数据、气象数据,利用净初级生产力（NPP）估算模型模拟银川盆地NPP,分别从逐月、逐年对其时空变化过程进行分析,并进行预测分析,阐述11年期间银川盆地植被NPP的时空格局与变化特征,探讨NPP与植被健康指数（VHI）之间的耦合关系。【方法】选取2000—2010年间的SPOT VEGETATION数据、归一化植被指数（NDVI）、遥感数据、考虑了研究地区内及其周边气象站点数据等,利用CASA模型,一元线性回归、奇异值分解等方法对银川盆地NPP空间分布进行估算与分析。【结果】2000—2010年,银川盆地逐月NPP平均值呈现小幅度增长,月均增加0.51 g C·m^-2,以7月、10月NPP值增长最为显著;2000—2010年,银川盆地逐年NPP平均值也呈小幅度增长,年均增加0.24 g C·m^-2,NPP年平均值总体呈波动趋势,以2007、2009年NPP增长最为显著,降水直接导致了2005、2006年的NPP值出现低值;2000—2010年,从银川盆地NPP空间变化来看,行政区域年平均NPP物质量大小依次为：大武口区〉永宁县〉灵武市〉西夏区〉青铜峡市〉利通区〉平罗县〉贺兰县〉惠农区〉兴庆区〉金凤区。银川盆地NPP平均值表现出＂南北高中间低、东高西低＂的空间格局,其中NPP低值集中在西夏区、兴庆区、金凤区等区域;NPP趋势的好坏与村镇点数量大小、人口数量呈异步变化关系;银川盆地的VHI变高（低）时,NPP随之变低（高）,第一模态左右场的相关系数为-0.69,呈现异步耦合关系。【结论】采用光能利用模型对银川盆地的NPP进行估算模拟和实测验证,发现其模拟结果与实测数据接近,该模型测算银川盆地的NPP较为合理;银川盆地NPP总体趋于良好,但局部区域出现恶化情况;银川盆地NPP波动明显,主要受土壤湿度的影响,因此NPP对干旱具有一定的指示作用。不同品种小麦下土壤微生物量和可溶性有机物对不同施氮量的响应
摘要：【目的】辽春10号和辽春18号小麦是常见的两个小麦品种,但是关于这两个小麦品种在不同施氮量下对维持土壤肥力的差异性方面还未知,因此探讨土壤中活性有机库（微生物量碳氮和土壤可溶性有机碳氮）在各生育期的动态变化,以此来评价土壤活性有机库对不同施氮量的响应以及转化。【方法】以不同品种盆栽小麦为研究对象,在不同施氮量（N0：0 kg·hm^-2、N1：45 kg·hm^-2、N2：90 kg·hm^-2、N3：135 kg·hm^-2、N4：180 kg·hm^-2、N5：225kg·hm^-2）的设定下,探究土壤活性有机库在小麦生育期内的动态变化及相互关系。【结果】小麦生育期以及氮水平对土壤微生物量碳氮和可溶性有机碳氮的含量有显著影响（P〈0.01）;除可溶性有机碳和有机碳外（P〉0.05）,小麦品种对土壤微生物量碳氮和可溶性有机氮均有显著影响（P〈0.01）。施用氮肥能够显著提高土壤微生物量碳氮和可溶性有机碳氮的含量（P〈0.05）,并且随施氮量的增加,土壤微生物量碳氮和可溶性有机碳氮在N3处理达到最大,然后随施氮量的增加而降低,特别是在N5处理下,土壤可溶性有机碳氮的含量均低于不施氮肥处理（N0）;与微生物量氮和可溶性有机碳相比,施用氮肥对土壤微生物量碳和土壤可溶性有机氮含量的增幅更大;土壤微生物量碳/土壤微生物量氮在N5处理下最大（平均值分别为13.28和11.45）,而在N3处理下最低（平均值分别为7.94和7.83）。在小麦整个生育期内,土壤微生物量碳氮和可溶性有机碳氮含量均在开花期最大,其次为收获期、拔节期和分蘖期,苗期最小,总的来说,在各个时期土壤可溶性有机碳与微生物量碳以及土壤可溶性有机氮与微生物量氮之间均有着显著的正相关关系（P〈0.01）;两个不同品种小麦之间,其地上生物量均没有显著差异（P〉0.05）,但随施氮量的增加,呈先增加后降低的趋势,�温州蜜柑果实贮藏寿命生物标记的筛选
摘要：【目的】对温州蜜柑果实贮藏期所处生理状态进行分析,挖掘能反映柑橘果实采后贮藏期所处不同生理阶段的生物标记。【方法】通过对温州蜜柑采后贮藏0—50 d的基因芯片数据和初生代谢物数据分析,结合聚类、主成分分析、偏最小二乘法判别分析和支持向量机等机器学习的方法挖掘能够预测温州蜜柑果实贮藏寿命的生物标记,并采用qRT-PCR对标记的可靠性进行验证。【结果】基于多元差异比较分析筛选出了5 232个差异基因;并将采后温州蜜柑分为贮藏初期、中期和后期3个生理阶段。Mapman功能富集分析发现氨基酸代谢和细胞壁代谢与采后温州蜜柑所处的生理状态密切相关;基因本体富集分析表明核小体组装、蛋白酶解等生物过程也发生了明显变化。qRT-PCR验证结果显示,谷胱甘肽S-转移酶（Cit.15371.1.S1_at）实时定量值具有明显的阶段性特征,可作为预测温州蜜柑采后贮藏寿命的基因标记。与芯片数据对应的初生代谢物数据同样可将温州蜜柑采后贮藏期划分为3个生理阶段,且筛选出甘氨酸（Glycine）、3-氨基-6-甲氧基吡啶甲酸（3-Amino-6-methoxypicolinicacid）、丁烯二酸（2-Butenedioic acid）、Cyclohexanone,2-[（dimethylamino）methyl]4个候选代谢物标记。【结论】筛选了5个生物标记物,包括谷胱甘肽S-转移酶、甘氨酸（Glycine）、3-氨基-6-甲氧基吡啶甲酸（3-Amino-6-methoxypicolinicacid）、丁烯二酸（2-Butenedioic acid）、Cyclohexanone,2-[（dimethylamino）methyl],可以用来预测温州蜜柑果实贮藏寿命。蛋白质磷酸化调控羊肉肌原纤维蛋白的功能
摘要：【目的】通过激活蛋白激酶的活性提高羊肉肌原纤维蛋白的磷酸化水平,分析磷酸化水平的提高对羊肉肌原纤维蛋白降解程度、收缩功能的影响,进一步揭示蛋白质磷酸化对羊肉肌肉嫩化的作用机理。【方法】通过添加蛋白激酶A激活剂Forskolin、蛋白激酶C激活剂佛波酯（PMA）,提高蛋白激酶的活性,改变羊肉肌原纤维蛋白的磷酸化水平。比较激活剂处理组与空白对照组肌原纤维小片化指数（MFI）、条带降解程度、肌节长度等指标的差异,确定蛋白质磷酸化水平对羊肉肌肉收缩和肌肉降解的影响。【结果】将羊肉样品在蛋白激酶溶液中培养24 h,在培养结束后1、2和4 h,PMA处理组（PKC激活组）的蛋白激酶活性显著高于空白对照组（P〈0.05）,而在培养后1和4 h,Forskolin处理组（PKA激活组）的蛋白激酶活性显著高于空白对照组（P〈0.05）。PMA处理组和Forskolin处理组的最高蛋白激酶活性出现在培养后1 h。Forskolin和PMA通过提高激酶活性显著提高肌联蛋白（Titin）、肌球蛋白结合蛋白C（Myosin binding protein C）、原肌球蛋白（Tropomyosin）、肌球蛋白轻链2（Myosin light chain 2）等蛋白质的磷酸化水平,肌球蛋白重链、肌动蛋白质的磷酸化水平没有显著变化,Forskolin组和PMA组的蛋白质降解程度及肌节长度均低于对照组。【结论】肌原纤维蛋白磷酸化水平提高不利于羊肉肌原纤维蛋白的降解。另一方面,磷酸化水平可能通过对肌球蛋白轻链2的作用增强羊肉肌肉的收缩作用力,通过促进相邻原肌球蛋白的相互作用促进肌细丝收缩,影响肉的僵直进程和嫩化进程。淮稻5号的真菌多样性及其储藏过程中可培养的优势真菌
摘要：【目的】从传统形态学和分子生物学两方面对2013年的淮稻5号中分离的真菌进行鉴定,并研究淮稻5号在不同储藏条件下优势菌株的演变规律,为该品种稻谷储藏过程中的真菌种属研究及霉变防控提供参考。【方法】淮稻5号中的可培养真菌通过采用孟加拉红和马铃薯葡萄糖琼脂（PDA）两种培养基,按照国标GB4789.15—2010的操作获得。将采自4个不同地区的淮稻5号混匀,分别调节其水分含量为14.5%和18.5%后放入25℃人工气候箱内模拟储藏,逐月取出模拟储藏的稻谷样品进行传统培养以确定可培养的优势真菌。真菌的种属分别通过菌落、菌丝及孢子的形态学观察,对照《中国真菌志》等参考文献确定;同时通过PCR分别扩增相应真菌的内转录间隔区（ITS）和28S rDNA的部分序列,连接T载体后测序,通过构建系统发育树进而确定真菌的种属。【结果】从4个地区的2013年淮稻5号稻谷中共分离得到33株真菌,主要为青霉（Penicillium）、曲霉（Aspergillus）和镰刀菌（Fusarium）等菌属,其中青霉属与曲霉属最多,分别为16株和15株,分别占分离所得菌株的48.5%和45.5%,表明青霉和曲霉是2013年淮稻5号稻谷中可培养真菌的优势菌属。而镰刀菌属的真菌仅2株,仅占分离所得菌株的6%。模拟储藏的结果表明,水分含量为14.5%的淮稻5号在25℃条件下储藏6个月时出现优势菌株,为橘灰青霉（Penicillium aurantiogriseum）,并且该优势菌在模拟储藏的第7、8个月持续存在。水分含量为18.5%的淮稻5号在25℃条件下储藏7个月时出现优势菌株,为酵母菌,且该优势菌在模拟储藏8个月时依然存在。【结论】2013年淮稻5号中分离获得33株真菌,主要包括16株青霉、15株曲霉以及2株镰刀菌,表明青霉和曲霉是2013年淮稻5号稻谷中的优势菌属。不同水分含量的稻谷在储藏过程中可能出现不同的优势菌株。两种饲养方式下仔猪生产性能、行为和唾液皮质醇水平的对比分析
摘要：【目的】在两种不同饲养方式下,对断奶仔猪生产性能、行为特征和唾液皮质醇激素水平作对比分析,以期说明发酵床饲养可提高仔猪动物福利。【方法】按照密度一致原则（0.67 m^2/头）,将88头体重相近（10.42±0.36 kg）的35日龄断奶苏钟仔猪（公母各半）随机分为两组,即漏缝地板饲养组（slatted-floor house,SFH）和发酵床饲养组（deep-litter house,DLH）。每组设4个重复,SFH和DLH组中每个重复分别为6和16头。适应14 d后,进入试验期,试验期为21 d。自由采食和饮水。试验期间记录仔猪日采食量,分别于仔猪49日龄和70日龄时进行个体称重,按重复计算仔猪的日增重和料肉比;于仔猪68日龄时,进行24 h录像采集,每个重复随机挑选3头仔猪用于行为学观察,观察时间为07：00-17：00;于69日龄上午9：00-10：00,每个重复选择3头仔猪用于唾液采集,测定其皮质醇激素含量。【结果】①SFH和DLH组仔猪末重、日均采食量、日增重和料肉比均无显著差异（P〉0.05）。②与SFH组相比,DLH组仔猪站立和犬坐行为时间比例显著增加（P〈0.05）,躺卧行为显著降低（P〈0.05）;仔猪主要活动时间为08：00-10：00和12：00-15：00;DLH组中仔猪运动和探究行为（特别是翻拱垫料行为）时间比例显著高于SFH组（P〈0.05）,操纵圈舍行为和攻击行为显著低于SFH组（P〈0.05）;与SFH组相比,DLH显著提高了仔猪饮水时间比例（P〈0.05）,但对排泄（排尿和排便）行为无显著影响（P〉0.05）;DLH组仔猪总采食时间显著低于SFH组（P〈0.05）,但因采食次数的显著增加（P〈0.05）,使DLH组仔猪每次采食持续时间显著高于SFH组（P〈0.05）。③DLH组仔猪唾液中皮质醇激素含量显著高于SFH组（P〈0.05）。【结论】发酵床饲养能够增加断奶仔猪的探究行为、运动行为以及每次采食持续时间,降低其攻击和操纵圈舍行为,提高了仔猪动物福利。乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联
摘要：【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS（22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58;GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ^2适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）。rs02位点处于低度多态（PIC〈0.25）,新现猪Delta冠状病毒RT-PCR检测方法的建立及其应用
摘要：【目的】猪Delta冠状病毒（Porcine Deltacoronavirus,PDCoV）是近年来新发现的可引起猪只,特别是新生仔猪腹泻的冠状病毒,其引发的腹泻具有较高的发病率和死亡率,是造成新生仔猪死亡的重要原因之一。试验拟建立新现PDCoV RT-PCR检测方法,并调查当前江西腹泻猪群中PDCoV的感染情况。【方法】通过对Gen Bank数据库中PDCoV全基因组序列的比对分析,找出保守序列,用Primer 3.0在线软件设计1对扩增PDCoV核衣壳（N）蛋白基因片段的特异性引物,基于该引物建立PDCoV RT-PCR检测方法;用建立的方法检测腹泻猪粪便及肠道样品,挑选阳性扩增产物进行克隆、测序;用本试验获得的PDCoV序列与其他国家或地区的PDCoV序列以及猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）共同构建进化树,分析PDCoV各毒株及其与PEDV和TGEV之间的进化关系;以PEDV、TGEV、猪库布病毒（PKoV）、猪星状病毒（PAstV）、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）及猪瘟病毒（CSFV）RNA为模板验证引物的特异性;构建PDCoV核衣壳蛋白基因片段重组质粒,并以系列稀释的重组质粒为模板确定所建立的PDCoV RT-PCR方法的敏感性;应用建立的RT-PCR方法调查249份2012—2015年江西省猪群腹泻样品中PDCoV的存在情况,随机抽取一定数量的RT-PCR阳性扩增产物进行克隆、测序进一步验证反应的特异性。【结果】①以腹泻猪粪便样品RNA为模板,应用所设计的特异性引物扩增出了329 bp的单一条带,与预期目的片段大小一致,扩增产物经克隆后测序,将获得的序列与NCBI Gen Bank数据库序列进行比对,比对结果表明试验所获得的序列与数据库中PDCoV序列的同源性高达99.1%,证明所扩增的序列属于PDCoV;②将8条本试验获得的PDCoV N基因片段序列与18株其他国家或地区的PDCoV毒株以及PEDV、TGEV的相应N基因片段序列构建进化树,结果表明26条PDCo V序列属于同一�苹果磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶基因（PEPCKs）的克隆与表达分析
摘要：【目的】克隆苹果（Malus×domestica Borkh.）多个代谢途径中的关键酶磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶（phosphoenolpyruvate carboxykinase,PEPCK）基因MdPCKs,研究其在不同组织器官及不同胁迫处理条件下的表达特性,为解析该基因在多个代谢途径中的功能奠定基础。【方法】利用同源比对和RT-PCR技术,克隆获得MdPCK1和MdPCK2全长cDNA序列并进行生物信息学分析;克隆MdPCKs的启动子序列,利用PlantCARE软件在线分析启动子上的顺式作用元件;采用实时荧光定量PCR（q RT-PCR）检测MdPCKs在不同组织中的表达以及在水杨酸（SA）、茉莉酸（JA）、脱落酸（ABA）、模拟干旱（PEG）、高温（40℃）和低温（8℃）处理条件下的表达特性。【结果】获得2个苹果磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶基因（Md PCK1和MdPCK2;GenBank登录号分别为KT454964和KT454965）,其开放阅读框（open reading frame,ORF）分别为2 001 bp和2 028 bp,分别编码666和675个氨基酸残基;基因结构和进化分析表明,Md PCK1和Md PCK2均由12个外显子组成,且序列结构进化高度保守;氨基酸序列和结构分析显示,二者均含有保守的PEPCK ATP domain区域;启动子分析显示,MdPCK1和MdPCK2启动子区域含有多个顺式作用元件,包括光响应元件、昼夜节律相关顺式作用元件、JA响应元件、SA响应元件、ABA响应元件、防御及逆境响应元件、低温响应元件和热激响应元件等;qRT-PCR结果显示,MdPCKs在被检测的组织中均有表达。在‘泰山嘎啦’苹果果实不同发育阶段,MdPCK1和MdPCK2具有相似的表达模式。在多种非生物胁迫处理下,MdPCK1受到100μmol·L^-1 ABA和100 g·L^-1 PEG胁迫诱导;MdPCK2受到150μmol·L^-1 SA、100μmol·L^-1 ABA、100 g·L^-1 PEG和低温胁迫诱导。【结论】MdPCK1和MdPCK2属于植物PEPCK家族,非生物逆境胁迫可诱导MdPCK1和MdPCK2表达。
