摘要：高通量测序技术的发展以及成本的降低使得细菌基因组测序成为研究细菌的标准流程。但细菌基因组变异度大,近缘基因组修正以及基因组从头拼接各有利弊,如何准确获得更多的有效功能基因尚无系统性的研究。本研究对真实环境中分离的一株短小芽孢杆菌（Bacillus pumilus）进行基因组测序,使用近缘基因组修正、基因组从头拼接、修正完剩下的reads再拼接（修正＋拼接）这3种策略进行对比拼接,评价各策略的效能：近缘基因组修正获得原有标准基因组中已有的基因更准确;基因组从头拼接能获得大部分有效基因,但会引入大量的假阳性;修正＋拼接策略可兼顾二者,但引入的假阳性也是最多的。分析还发现,注释到门以下的拼接结果可靠性高,有效减少拼接引入的假阳性。本研究为环境微生物研究提供策略指导,将促进环境微生物功能基因组的研究。