基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2017年第04期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志分子医学与临床应用

基于基因表达谱分析的乙肝阳性转移性肝细胞癌的分子机制分析1272-1279

摘要：本研究旨在筛选与乙肝阳性转移性肝细胞癌相关的基因并揭示其潜在的分子机制。利用GEO数据库中GSE364数据集,筛选在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因,DAVID对差异表达基因进行GO与信号通路富集分析,并用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络,随后用mi Rwalk 2.0筛选可能参与肝细胞癌转移的mi RNAs,构建mi RNA-枢纽基因调控网络。之后使用Smoami R DB 2.0和c Bio Portal分析枢纽基因突变与circ RNA和肝细胞癌预后的关系。我们获得在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因701个,富集分析发现这些基因主要涉及血管生成和血管内皮生长因子信号转导等信号通路。从构建的蛋白互作网络中获得参与蛋白互作模式1的15个枢纽基因,GO分析发现其主要参与RNA加工、代谢、剪接等生物过程。构建的mi RNA-枢纽基因调控网络中有4个mi RNA参与两个枢纽基因的调控,此外肝细胞癌中SRSF1基因有突变并可转录为hsa_circ_0044757,SNRNP200基因突变与患者预后相关。本研究发现的差异表达基因和枢纽基因,有助于我们认识乙肝相关性肝细胞癌转移的分子机制,并可作为新的用于诊断和预后判断的分子标志物。

Cover Picture Introduction1279-1279

摘要：淡色库蚊（Culex pipiens pallens），为蚊科库蚊属的一种，体形中等，整体为淡褐色，喙与足呈深褐色，无白环，中胸背板无白色条纹，腹背各节基部有灰色横带，带的后缘平直。主要孳生于人居附近污染的积水中，幼虫可以在受污染的积水中生长，但不能在室内干净的贮水中孳生。

基于RNA-seq研究胶质母细胞瘤中差异表达基因及蛋白相互作用网络1280-1287

摘要：本研究基于RNA-seq数据分析了胶质母细胞瘤中的差异表达基因,并对差异表达基因进行了功能（GO term）和通路（KEGG）富集分析。进一步通过蛋白相互作用网络挖掘了胶质母细胞瘤的调控机理。结果表明,405个基因在肿瘤组织中差异表达（p-value≤0.05,｜log FC｜≥1.5）,其中216个（53.3%）基因上调,189个（46.6%）基因下调。基因本体（gene ontology,GO）富集结果表明,这些差异表达基因参与了离子转运,神经冲动传递,细胞信号转导和细胞粘附等。此外,KEGG通路富集结果表明,差异基因参与了许多重要的生物学通路,包括ECM受体相互作用、黏着和钙信号等通路。进一步的蛋白相互作用网络分析鉴定了5个关键的hub基因,包括PTK2B、CDK1、FN1、CCND1和FOS。这5个关键基因对于胶质母细胞瘤的发生和发展可能起到了关键作用,可以作为潜在的调控位点和筛选的标志物。

干扰MDR1基因表达提高急性早幼粒白血病HT9细胞对紫杉醇的敏感性1288-1293

摘要：以人类急性早幼粒白血病HT9细胞为实验对象,利用RNA干扰（RNA interference,RNAi）技术干扰MDR1基因表达,提高HT9细胞对紫杉醇的敏感性。构建了3种靶向MDR1基因的重组干扰载体,稳定转染HT9细胞后,采用q RT-PCR和Western blotting方法,分别检测MDR1基因的m RNA和蛋白表达水平,用MTT法检测各转染组细胞对紫杉醇的敏感性,流式细胞术检测各组细胞药物外排功能。结果显示,成功构建了3种靶向MDR1的重组干扰载体p3.1-1、p3.1-2和p3.1-3。3种重组干扰载体不同程度抑制HT9细胞中MDR1基因的表达,其中重组干扰载体p3.1-3对MDR1基因沉默效果最好,对m RNA和蛋白的沉默效率分别为73.80%和47.61%,与对照组相比,转染p3.1-3重组干扰载体的细胞对紫杉醇的IC50由（1.26±0.17）μg/m L降至（0.46±0.07）μg/m L,逆转率达到（63.48±5.91）%,并且药物外排功能也明显降低。以上实验结果表明,3种靶向MDR1的重组干扰载体均能抑制MDR1基因表达,其中p3.1-3对MDR1基因干扰效果最好,并且能够有效提高HT9细胞对紫杉醇的敏感性,降低细胞药物外排功能。

靶向干扰PROK1基因对结直肠癌细胞HT29增殖和迁移的影响1294-1300

摘要：为研究前动力蛋白1（PROK1）对结直肠癌细胞增殖与迁移的作用机制,设计合成3条针对PROK1基因的靶向干扰序列,采用荧光显微镜观察干扰片段的转染情况,实时荧光定量PCR分析靶向干扰PROK1基因后PROK1 m RNA下调的表达水平,采用MTT、平板克隆形成试验、transwell迁移实验检测敲除PROK1后对HT29细胞增殖和迁移的影响。结果显示：荧光标记的Cy3-si RNA成功转染到HT29细胞中;3条靶向PROK1基因si RNA-62、si RNA-341、si RNA-1121转染HT29细胞48 h后,沉默效率分别为35%、70%、50%;与阴性对照组相比,si RNA-341组细胞增殖明显被抑制,24 h抑制最显著（p〈0.01）;si RNA-341组的细胞克隆形成率（19.3±1.989 9）与空脂质体对照组（30.3±3.780 6）和阴性对照组（32.3±2.404 1）相比显著减少（p〈0.05）;si RNA-341组通过小室迁移的细胞数（76±9.539 3）与空脂质体对照组（212±2.645 7）和阴性对照组（193±7.539 8）相比明显减少（p〈0.01）。本研究发现PROK1基因促进结直肠癌细胞的增殖和转移,PROK1基因有望成为治疗结直肠癌潜在的靶位点。

RUNX3与CHFR基因甲基化提示胃癌癌前病变的研究1301-1306

摘要：本研究通过比较胃癌与萎缩性胃炎的RUNX3及CHFR基因表达情况探讨其中的相关性。选取2014年1月至2016年7月前来浙江舟山群岛新区旅游与健康职业学院进行胃镜检查的137例慢性萎缩性胃炎患者作为研究对象,分为胃炎轻度组、胃炎中度组与胃炎重度组,并选取同期胃癌患者42例作为胃癌组。取胃炎患者的胃体与胃窦处的黏膜,胃癌患者的癌灶组织、癌旁组织与远端正常处组织进行DNA的提取,并进行比较。经比较后,胃炎重度组患者的RUNX3与CHFR基因甲基化阳性率分别为29.63%、37.04%,与胃癌组患者的正常组织处比较,有显著的统计学差异,与胃癌组癌灶组织处比较无差异;而胃炎重度组患者的蛋白表达有缺失情况发生,经Elisa检测后,蛋白表达量与胃癌组癌灶组织处比较无差异。严重萎缩性胃炎患者的RUNX3与CHFR基因甲基化可抑制抑癌基因的表达,而异常升高的阳性率会影响患者的病程进展,可认为RUNX3与CHFR基因甲基化对癌前病变进程具有临床诊断意义。

β-Catenin和E-Cadherin在食管鳞癌肿瘤芽殖中的表达及意义1307-1311

摘要：本研究旨在探讨β-连环蛋白（β-catenin）和上皮性钙黏附蛋白（E-cadherin）在食管鳞癌肿瘤芽殖中的表达及意义。我们收集经病理证实食管鳞癌组织标本50例,采用免疫组织化学法检测β-cat与E-cad在实体瘤、肿瘤芽殖及周围正常组织中的表达分析肿瘤芽殖中β-catenin和E-cadherin表达情况与临床病理之间的关系。结果发现β-cat阳性率在肿瘤芽殖、实体瘤和正常组织中依次降低,分别为56%、30.0%、0,差异具有统计学意义（p〈0.05）;E-cad阳性率在肿瘤芽殖、实体瘤和正常组织依次升高,32.0%、54.0%、100%,差异具有统计学意义（p〈0.05）;肿瘤芽殖中β-cat与E-cad均与病理分级、浸润深度及淋巴结转移有关（p〈0.05）,两者表达呈负相关（r=-0.673,p〈0.05）。本研究认为食管鳞癌肿瘤芽殖中的β-cat高表达和E-Cad低表达与肿瘤浸润、转移关系密切。

miR-222在大鼠骨骼肌损伤再修复中的表达1312-1317

摘要：为分析mi R-222在骨骼肌损伤修复中的表达水平,本研究选取跑台诱导骨骼肌损伤模型,参照Armstrong的实验动物模型,选取2月龄健康雄性SD大鼠,建立股直肌损伤模型,在下坡跑运动结束后的不同时刻取材,对血清CK水平进行检测,对股直肌冰冻切片（HE染色;横切）进行组织形态学分析,采用RT-PCR试验对mi R-222水平进行检测。血清CK在股直肌运动后损伤过程中的表达水平持续增高;HE染色发现：安静对照组显示肌纤维排列紧密规律,大小均匀,呈多边形;与对照组相比,运动后不同时刻取材的组织切片染色显示肌纤维之间间隙变大,形状不规律,呈肿胀状态;mi R-222在运动后表达较对照组整体上调。一次性长时间下坡跑运动可导致大鼠股直肌损伤,损伤后2周肌纤维细胞结构基本恢复正常,通过血清CK的变化特点,血清CK可作为运动性骨骼肌损伤评价的敏感指标之一。一次性下坡跑诱导的运动性骨骼肌损伤中mi R-222表达上调,促进了骨骼肌损伤的修复。

感染HBVx的肝前体细胞的小鼠体内稳定表达模型构建1318-1324

摘要：为了探究HBVx是否累及其他组织器官,本研究构建了携带HBVx基因的慢病毒表达载体,感染14-19肝前体细胞,使其能稳定表达HBVx基因,并构建了门静脉动物模型,使肝前体细胞在小鼠体内存活并能够进一步分化,并在不同时间段分别检测小鼠各个组织中HBVx目的基因的表达情况。通过PCR扩增HBVx目的基因,使之与逆转录病毒表达载体（p Lenti-CMV-HA-3FLAG-PGK-EGFP-F2A-Puro）连接,后通过酶切、菌落PCR、测序验证质粒是否构建成功。构建成功后用携带HBVx逆转录病毒感染14-19肝前体细胞,嘌呤霉素（puromycin）连续筛选4周后进行细胞HBVx目的基因检测。同时进行门静脉动物模型构建,分别在第3天、7天、14天、30天、60天进行检测小鼠各个组织器官中的HBVx的表达情况。成功构建携带HBVx的慢病毒表达质粒、稳定携带HBVx的14-19肝前体细胞、门静脉动物模型。同时检测了各个组织器官HBVx的表达情况,HBVx可在肝脏内生长分化且可在肝脏内长时间高表达,其余组织不表达。携带HBVx的肝前体细胞可在肝内生长分化,且HBV具有嗜肝性,不累及其他脏器。构建了一个长期表达HBVx的动物模型,为本课题组后续研究HBVx导致肝癌发生发展奠定了良好基础。

ADMA代谢酶基因多态性增加个体罹患心脑血管疾病风险1325-1330

摘要：为了探讨ADMA代谢酶基因多态性对个体罹患心脑血管疾病的机制,收集我院2012年-2016年经冠脉造影确诊的冠心病患者742例（试验组）,同时收集我院体检中心的975例健康志愿者（对照组）。采集静脉血提取基因组DNA,采用PCR和限制性内切酶法检测DDAH1的基因位点多态性和酶联免疫法测定ADMA浓度。采用SPSS15.0软件进行数据统计分析,结果发现,试验组C144563T位点CC基因型频率及C等位基因频率均要明显高于对照组,其差异有统计学意义（p〈0.05）。logistic回归分析结果显示,DDAH1基因CC基因型或144563C等位的个体患CHD的风险显著增加（OR=1.752,p=0.007）。试验组C143611G位点GC基因型频率及C等位基因频率均要明显高于对照组,其差异有统计学意义（p〈0.05）。logistic回归分析结果显示,DDAH1基因GC基因型或143611C等位的个体患CHD的风险显著增加（OR=1.890,p=0.004）。试验组人群血浆ADMA平均浓度为（3.07±0.51）μmol/m L,明显高于对照组人群血浆ADMA平均浓度（1.83±0.39）μmol/m L,差异有统计学意义（p=0.003〈0.05）。C144563T位点CC基因型与C143611G位点GC基因型试验组个体血浆ADMA平均浓度（（3.09±0.47）μmol/m L,（3.21±0.54）μmol/m L）均要显著高于对照组ADMA平均浓度（（1.96±0.40）μmol/m L,（1.89±0.41）μmol/m L）,其差异均有统计学意义（p=0.021,0.014〈0.05）。我们推论且DDAH1基因的C144563T位点与C143611G位点与CHD密切相关,其影响机制可能是通过C144563T位点与C143611G位点基因型的改变而增高ADMA水平,从而导致CHD的发生与发展。

血清降钙素原水平对血流感染患者病原菌的诊断价值1331-1335

摘要：探讨血清降钙素原（PCT）水平对不同病原菌血流感染的诊断价值。选取2015年7月-2016年7月我院收治的血培养阳性的血流感染患者77例,其中革兰氏阳性菌感染41例（53.25%）,革兰氏阴性菌感染36例（46.75%）。检测患者的PCT水平,绘制ROC曲线,计算曲线下面积（AUC）。革兰氏阳性菌组的血清PCT水平明显低于革兰氏阴性菌组,（0.62±0.17）ng/m L vs（12.87±3.43）ng/m L,差异具有统计学意义（t=2.193,p〈0.05）;血清PCT区分革兰氏阳性和阴性菌的诊断价值较高（ACU=0.759）,最佳阈值为4.45 ng/L。当血清PCT水平〉4.45 ng/L时诊断革兰氏阴性菌感染的敏感度、特异度和准确度分别为80.34%、86.91%、88.14%,阳性预测值92.1%,阴性预测值84.9%。在革兰氏阴性菌中,大肠埃希菌组的血清PCT水平明显高于鲍氏不动杆菌组,鲍氏不动杆菌组明显高于肺炎克雷伯菌组,差异具有统计学意义（p〈0.05）;在革兰氏阳性菌中,金黄色葡萄球菌组的血清PCT水平明显高于肠球菌属组,肠球菌属组明显高于酿脓链球菌组,差异具有统计学意义（p〈0.05）。不同病原菌血流感染患者的血清PCT水平存在差异,血清PCT水平对早期区分革兰氏阳性菌和阴性菌感染具有较高的诊断价值。

续骨丹外敷疗法对大鼠胫骨缺损模型血清BMP-2的影响1336-1342

摘要：为观察续骨丹外敷疗法对大鼠胫骨缺损模型血清骨形态发生蛋白-2（BMP-2）表达的影响。给70只SD大鼠右侧胫骨制备1个4 mm缺损,用0.8 mm克氏针内固定。造模1个月后符合标准的大鼠随机分为实验组（药物治疗组）、对照组a（脉冲磁场治疗组）、对照组b（面粉干扰组）和空白组。在干预前、2周、4周后对大鼠右胫骨行X线检查,然后处死动物,收获骨样本,做苏木素-伊红（HE）染色和血清BMP-2检测。干预前,实验组、对照组a、对照组b和空白组,4组大鼠血清BMP-2的含量没有明显差异;干预至第2周时,4组大鼠血清BMP-2的含量与干预前比较均下降,但组间差异均无统计学意义（p〉0.05）;干预4周后,实验组大鼠血清BMP-2的含量高于对照组a、b和空白组,差异均有统计学意义（p〈0.05）,对照组a中BMP-2的含量高于对照组b和空白组,差异均有统计学意义（p〈0.05）,对照组b与空白组比较,差异无统计学意义（p〉0.05）。4组大鼠血清BMP-2的含量在干预前、2周和4周后的变化趋势是：实验组和对照组a先降后升,对照组b和空白组一直下降。续骨丹外敷疗法和脉冲电磁场疗法在实验干预至第4周时均能上调骨缺损大鼠BMP-2的表达,有利于骨缺损的愈合,但续骨丹外敷疗法对BMP-2的调节作用上明显优于脉冲电磁场。

Legume Genomics and Genetics （LGG）1342-1342

秋水仙碱联合窄谱中波紫外线治疗掌跖脓疱病的临床研究1343-1347

摘要：观察秋水仙碱联合窄谱中波紫外线（NB-UVB）治疗掌跖脓疱病的疗效及对血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-8（IL-8）的影响。选择我院皮肤科2011年12月-2015年12月收治的掌趾脓疱病患者88例,按照随机表法将88例患者分为对照组（n=44）和观察组（n=44）。对照组采用NB-UVB照射,隔日1次;观察组采用NB-UVB照射,隔日1次,同时口服秋水仙碱片,两组均连续治疗6周。6周后评价两组临床治疗效果,治疗前后测定患者血清中TNF-α和IL-8的水平,并观察治疗的不良反应。结果显示,治疗6周后,观察组患者的有效率79.5%（35/44）明显高于对照组61.3%（27/44）（p〈0.05）;两组患者治疗前的血清TNF-α、IL-8水平之间对比后无明显差异（p〉0.05）,对照组患者治疗后的血清TNF-α、IL-8水平分别为（10.74±3.25）ng/L和（9.52±2.85）ng/L,观察组分别为（6.24±2.33）ng/L和（5.81±2.20）ng/L,以上指标较治疗前均有显著降低,与对照组相比观察组下降幅度更大（p〈0.05）。本研究结果表明,秋水仙碱联合NB-UVB照射治疗掌跖脓疱病疗效好,不良反应少,可减少血清中炎症因子TNF-α和IL-8的水平,为治疗掌趾脓疱病提供了新思路。

低分子肝素与小剂量阿司匹林联合可有效治疗复发性流产1348-1354

摘要：为了弄清低分子肝素、小剂量阿司匹林在治疗复发性流产患者的临床疗效,本研究选取2012年6月-2015年1月在我院治疗的138例复发性流产患者为研究对象,采用随机数字表法分为肝素组、阿司匹林组、联合组各46例,分别给予低分子肝素、小剂量阿司匹林、低分子肝素联合小剂量阿司匹林进行临床治疗。试图通过比较3组治疗前后激素水平、凝血功能、免疫功能、妊娠结局阐明治疗复发性流产患者的临床疗效。结果表明激素水平：联合组雌二醇（E2）、孕酮（P）血清绒毛膜促性腺激素（β-HCG）含量明显高于肝素组、阿司匹林组（t=2.998-5.176,p〈0.05）;凝血功能：联合组凝血酶时间（TT）明显高于肝素组、阿司匹林组,D-二聚体（D-D）明显低于肝素组、阿司匹林组（t=3.708-3.643,p〈0.05）;免疫功能：联合组CD4＋、CD4/CD8明显低于肝素组、阿司匹林组（t=2.821-6.998,p〈0.05）;妊娠结局：联合组患者活产率明显高于肝素组、阿司匹林组（84.78%vs 60.87%vs 58.70%）,（x^2=6.646-7.720,p〈0.05）。显然,本研究结果表明：低分子肝素联合小剂量阿司匹林对于保持复发性流产患者的情况稳定以及其激素水平的提高具有显著的意义,抑制血栓前状态,增强母体对胚胎的免疫耐受能力,改善妊娠结局,安全有效,值得临床应用推广。

International Journal of Super Species Research1354-1354

靶向剪切AAVS1位点CRISPR/Cas9腺病毒系统的构建1355-1360

摘要：本研究拟使用腺病毒介导的CRISPR/Cas9系统靶向剪切AAVS1位点,为实现AAVS1位点基因定点插入奠定基础。设计针对AAVS1位点的g RNA序列,连接到p ENTRY-U6-h EF1a-Cas9载体,通过Gateway技术重组到腺病毒骨架质粒p AD,转染293A细胞包装腺病毒。腺病毒感染Hela细胞系,使用T7E1酶切及测序检测AAVS1位点的打靶效率。T7EI酶切结果显示腺病毒介导的CRISPR/Cas9系统剪切效率达到28.5%。腺病毒介导的CRISPR/Cas9系统对AAVS1位点成功实施了剪切,为下一步在Hela细胞内进行基因定点敲入及基因治疗奠定了基础。

脂多糖LPS诱导的神经炎症对小鼠认知功能的影响及相关机制分析1361-1367

摘要：为研究脂多糖（lipopolysaccharide,LPS）对小鼠认知功能的影响,本研究将18只C57BL/6小鼠随机分为两组,即正常对照组和LPS处理组,每组各9只小鼠。在腹腔注射LPS 24 h后行水迷宫实验检测小鼠行为学变化。此外,本研究采用Western blotting和免疫组化检测小鼠脑内小胶质细胞特异性标记物离子通道相关钙衔接蛋白（ionized calcium binding adapter,IBA1）的表达,TUNEL凋亡法检测小鼠脑内神经元凋亡情况。实验结果发现LPS处理后小鼠认知功能下降。Western blotting和免疫组化结果均提示LPS处理后小鼠脑中IBA1表达量增加,小胶质细胞激活;TUNEL提示LPS处理后小鼠脑内出现大量凋亡神经元,由此推断LPS可能通过激活小胶质细胞,扩大神经炎症反应,增加神经元凋亡导致小鼠认知功能下降。