基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2015年第10期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志医学科学与医学生物技术_特邀评述

基于纳米颗粒光学特性的癌症检测2051-2057

摘要：这篇综述总结了一些基于纳米颗粒光学特性来检测癌症生物标志物和癌细胞的方法。利用纳米颗粒的癌症诊断技术正在逐渐替代传统技术。尽管仍存在一些缺点,但与传统方法相比,基于纳米颗粒的传感器在生物标记检测或癌细胞检测应用中还是有很多优势。这项先进的技术在即时癌症诊断中将非常有用,并且成本低廉,非常有希望成为人性化检测平台的一部分。

Rice Genomics and Genetics(RGG)2057-

基因组学与应用生物学杂志医学科学与医学生物技术_研究论文

NSCLC分类及生存分析预测的全基因组特征基因识别2058-2066

摘要：基于NSCLC(非小细胞肺癌)子类分类在临床和生物医学研究方面的意义,利用全基因组基因表达水平(GE)和甲基化(ME)水平的微阵列数据对NSCLC子类分类进行全基因组特征基因识别分析。针对全基因组微阵列数据的高噪声、超高维小样本特性,利用弹性正交贝叶斯算法对全基因组基因进行递归筛选,识别分类精度最优的特征基因集。以TCGA的490的基因表达数据和378个甲基化数据为例,分别识别出52个GE特征基因和25个ME特征基因,相应的分类准确率分别为99%和98%。结合特征基因和临床数据建立的多变量Cox模型明确说明了特征基因在病人生存分析方面的重要作用:仅利用相应的基因表达数据和甲基化数据即可对病人样本的"高/低风险"进行正确分类,显著性水平均低于0.05。特征基因参与的代谢通路与p53、TGF-beta、Wnt等重要的癌症分类和发展的代谢通路的密切关系进一步证实了特征基因对NSCLC分类的重要性。

青海大骨节病区小麦内生镰刀菌和硒对兔膝软骨细胞的影响2067-2074

摘要：小麦内生镰刀菌5-5-1菌株是从青海大骨节病区穗期小麦籽粒中分离的一株优势内生镰刀菌,本试验通过采用干重法测定菌丝体生长量;MTT(methylthiazolyldiphenyl-tetrazoliumbromide)法检测软骨细胞存活率;甲苯胺蓝染色法和免疫组化染色法分别检测兔膝软骨细胞内蛋白聚糖(aggrecan)和Ⅱ型胶原蛋白(collagenⅡ)的表达;逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测软骨细胞内蛋白聚糖和Ⅱ型胶原蛋白m RNA的表达水平,探讨了硒对5-5-1菌株生长的影响及不同硒水平下培养该菌株获得的发酵产物对兔膝软骨细胞有关指标的影响。结果表明,硒浓度在0.05~0.5 mg/L的范围内,对5-5-1菌株生长有促进作用,且呈浓度效应;低浓度硒条件下培养的该菌株发酵产物对软骨细胞蛋白聚糖和Ⅱ型胶原蛋白的合成及其m RNA表达的抑制作用相对较小。由此推断适宜浓度硒具有促进镰刀菌生长的作用,但同时能够减轻其发酵产物对软骨细胞的损伤。

Journal of Mosquito Research(JMR)2074-

基因组学与应用生物学杂志医学科学与医学生物技术_研究报告

东北地区戊型肝炎病毒基因特征分析2075-2083

摘要：为探索东北地区戊型肝炎病毒(HEV)流行背景和特征,本实验用抗-HEV抗体酶联免疫试剂盒检测了不同样品血清中的抗体;对样品用RT-PCR检测HEV RNA,对PCR阳性产物进行克隆测序,然后对序列进行分析。对49个呈RNA阳性的样品进行了序列测定,结果显示HEV分离株之间核苷酸同源性为82.2%~100.0%;同时,还与其它四种基因型戊型肝炎病毒进行了核苷酸序列同源性比对,分别在75.6%~81.6%、77.7%~80.9%、73.6%~81.0%和80.9%~95.7%之间。本实验还针对吉林省内的动物源HEV与人源HEV的序列进行了比对,结果其同源性在86.2%~100.0%之间,其中有5对序列完全相同。本研究获得的44个核酸片段结合HEV基因Ⅳ型中已知亚型的12个基因序列进行了亚型分类。结果 44个核酸片段对应3个分支,包括Ⅳa、Ⅳb亚型及另一支独立分支,表明本实验所获得的独立分支里包含的病毒分离株可形成新的亚型,本实验中将其命名为Ⅳh亚型。中国东北地区主要流行的HEV基因型为Ⅳ型,并且人源HEV与动物源HEV有极高的同源性,同时,还发现中国东北地区流行着国内已有报道的Ⅳa、Ⅳb亚型外,存在着一个新的亚型。

Tree Genetics and Molecular Breeding(TGMB)2083-

缺氧复氧诱导自噬基因表达对滋养细胞生长的影响与机制2084-2089

抗血栓苏云金芽孢杆菌的筛选及抗血栓机理的初步分析2090-2095

摘要：我们利用VY/4平板法和酪蛋白平板法从水样、土样和朽木样品中筛选出6株可产生抗血栓活性物质的可滑动的细菌菌株,重点研究了菌株B4和B8,利用萃取法及(NH4)2SO4沉淀法对菌株B4和B8的胞外活性蛋白进行了初步分离。一方面,我们利用纤维蛋白平板法及加热的纤维蛋白平板法检测到菌株B4和B8的胞外蛋白可以通过直接降解纤维蛋白的方式溶解血栓,利用纤维蛋白原平板法及凝血酶平板法检测到菌株B4和B8的胞外蛋白可以通过降解纤维蛋白原的方式防止血栓的形成;另一方面,我们利用形态学特征、理化性质、16S r RNA序列同源性及系统进化树鉴定菌株B4和B8均属于苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)。综上所述,苏云金芽孢杆菌B4和B8的胞外蛋白既具有溶栓活性,又具有抗凝活性,即具有抗血栓的作用。

基因组学与应用生物学杂志医学科学与医学生物技术_评述与展望

乙型肝炎病毒基因组简单结构和完整功能的启示2096-2100

摘要：众所周知,每一个生命体的生物学性状都由其基因组中基因的表达和沉默有关。乙型肝炎病毒是基因组结构最简单的生命体,其基因组全长仅3.2 Kb,简单的结构却包含了该生命体所有的遗传信息,维持了其全部的生物学功能。乙肝病毒这种结构简单但功能完整的生命体,其细胞内基因表达和沉默的机制却十分精准,理解这种机制为我们研究复杂基因组的基因表达、沉默及细胞分化、发育提供了启示。

基因组学与应用生物学杂志农业科学与农业生物技术_研究论文

加强表达6-磷酸果糖激酶提高Bacillus subtilis乙偶姻合成效率2101-2107

摘要：乙偶姻是枯草芽孢杆菌的主要胞外产物,它是一种广泛使用的食用香精,同时也可作为重要的化学中间体,因此提高枯草芽孢杆菌乙偶姻的产量和生产效率有重要意义。本研究克隆了编码枯草芽孢杆菌6-磷酸果糖激酶(PFKA)和丙酮酸激酶(PK)的编码基因pfk A和py K,并分别将其在高产乙偶姻的枯草芽孢杆菌BM(敲除了2,3-丁二醇脱氢酶的编码基因bdh A)中过量表达。结果表明过量表达PFKA或者PK能有效提高糖酵解速率以及发酵过程的生物量,并且过量表达PFKA与过量表达PK相比更有利于乙偶姻的合成。在5 L发酵罐上对工程菌进行发酵实验发现,经底物流加发酵,乙偶姻产量达到66.8 g/L,生产效率达到0.74 g·(L·h)-1。本研究为利用枯草芽孢杆菌作为细胞工厂生产相关化合物有重要的借鉴意义。

基因组学与应用生物学杂志农业科学与农业生物技术_研究报告

广西巴马小型猪miR-423-5p基因慢病毒载体构建和鉴定及其在骨骼肌中的表达2108-2113

摘要：本试验的目的在于检测广西巴马小型猪骨骼肌中mi R-423-5p基因的表达情况及构建p LV-mi R-423-5p慢病毒载体并在C2C12细胞中进行验证。通过q RT-PCR方法检测背最长肌中mi R-423-5p的表达,设计特异性引物对mi R-423-5p基因的前体序列进行扩增并定向克隆到慢病毒载体p LV-CMV-mcs-3xflag-EF1-GFP(p LV)上,鉴定正确的重组质粒用脂质体转染法转染进C2C12细胞,q RT-PCR检测mi R-423-5p的表达情况。结果表明广西巴马小型猪背最长肌中mi R-423-5p的表达水平随着月龄的增长而不断上升,同时成功构建了p LV-mi R-423-5p慢病毒载体。该项研究为进一步寻找mi R-423-5p基因调控骨骼肌生长发育的机制提供理论基础,对肉质性状分子改良提供有益的线索。

International Journal of Clinical Case Reports(IJCCR)2113-

广西巴马小型猪MCP-1、MMP-9基因启动子区SNP位点与动脉粥样硬化相关血清指标的关联分析2114-2121

Bioscience Methods(BM)2121-

哺乳动物FoxL2基因的分子进化分析2122-2126

摘要：本研究以FoxL2基因为研究对象,选取Gen Bank公布的26个物种的FoxL2基因氨基酸序列,代表脊椎动物中5纲15目21科24属,重点分析哺乳动物中该基因的结构与功能相关性以及其系统发育情况。结果表明:26条FoxL2基因序列存在非常保守的forkhead结构域,哺乳类比非哺乳动物多出丙氨酸、甘氨酸及脯氨酸重复区,其中多聚丙氨酸束的缩短可能与Ⅰ型BPES相关,而多聚丙氨酸束的延伸使核内蛋白错位和细胞质聚集导致Ⅱ型BPES。FoxL2含有较多磷酸化位点,推测其在体内的活性可能是通过磷酸化调控的。FoxL2基因氨基酸序列构建的系统发育树中亲缘关系较近的物种能够较好的聚在一起。

家兔UCP3基因SNP多态性及生物信息学分析2127-2133

摘要：以比利时兔、加利福尼亚兔和新西兰兔为实验对象构建其DNA池,直接测序筛选SNP位点,结果在兔UCP3基因中筛选到5个多态性位点:intron4-C1298T、exon6-G208A、exon6-G281A、exon6-T303C和exon6-G443A。其中exon6-G208A、exon6-G281A和exon6-G443A为错义突变,exon6-T303C为同义突变,而exon6-G208A导致编码的精氨酸(Arg)变为丝氨酸(Ser),exon6-G281A和exon6-G443A导致编码的丝氨酸(Ser)变为酪氨酸(Tyr)。通过生物信息学软件对兔UCP3基因突变前后RNA二级结构和蛋白质的二级结构进行预测分析,发现其结果均有差异。

多刺蚁属线粒体细胞色素b序列变异及系统发育关系分析2134-2141

摘要：多刺蚁属18种昆虫线粒体细胞色素b基因都显示出高A+T含量,达到65.11%~73.66%,表现出很强的A/T碱基偏好性。针对748 bp的基因核苷酸多序列比对显示细胞色素b基因之间同源性高,碱基之间无插入或缺失突变,序列变异形式主要表现为替换。对细胞色素b蛋白的部分序列(133~143个氨基酸)进行比对,结果显示完全无变异的氨基酸有34个,占总氨基酸数目的 23.78%~25.56%,同时也鉴定出至少6个保守的功能结构域。基于细胞色素b蛋白部分序列采用邻接法构建了多刺蚁属分子系统树,其中4对蚁种亲缘关系较近,有3个蚁种在进化树中各自形成一个独立的分支,显示出不同的进化起源。