阴沟肠杆菌B29菌株脂多糖合成基因（waaL,waaG）缺失突变株的构建及分析
摘要：脂多糖（LPS）在革兰氏阴性细菌中的功能作用在不同菌株中已有研究,但尚未有对肠杆菌属LPS结构与功能的报道。本研究试图构建能引起肥胖的阴沟肠杆菌B29菌株waaL和waaG基因的缺失突变株,以了解突变体菌株产生的LPS结构与活性与野生菌株产生的LPS的差异。根据同源重组技术原理,利用广宿主自杀性质粒构建成敲除载体pKNG101△waaL和pKNG101△waaG,转化E.coli SM10菌株,并与B29菌株进行双亲杂交,再以抗生素和蔗糖筛选条件筛选waaL和waaG基因缺失突变株;利用多重PCR、ERICPCR、PCR-DGGE、DNA测序结果均证实突变株B29△waaL和B29△waaG构建成功;最后,对野生菌株B29与两个突变株生物学特性的差异进行了比较。银染实验结果表明野生型B29菌株的脂多糖为光滑型结构,突变株的LPS结构明显缺失O抗原,B29△waaG突变株同时还缺失了外部核心部分;用鲎试剂法检测LPS的内毒素活性显示,突变株的内毒素活性与野生型相比有较大幅度下降;B29△waaL突变株的生长速率与野生型相当,而B29△waaG突变株的生长速率则相对降低。本研究成功构建两种内毒素活性下降的突变株,为下一步利用突变株研究B29菌株在肥胖发生中的机制奠定基础。马氏珠母贝LST8基因cDNA的分子特征及表达分析
摘要：LST8（lethal with SEC13 protein 8）是TOR（target of rapamycin）复合物的重要组成成分,在生物生长和发育的调控中发挥重要作用。本研究根据马氏珠母贝转录组数据库中注释为LST8的unigene序列设计引物,采用cDNA末端快速扩增（RACE）技术克隆获得了马氏珠母贝LST8基因cDNA全长序列（pm-LST8）;同时利用荧光定量PCR（Real-time PCR）技术检测了pm-LST8在马氏珠母贝各个组织中的表达含量。结果表明,pm-LST8基因cDNA全长1 350 bp,其中开放阅读框为948 bp,编码316个氨基酸残基,5＇UTR为104 bp,3＇UTR为298 bp,含有29 bp polyA。预测其分子量为35.4 kD,等电点为6.11。多序列比对显示pm-LST8与其它物种的LST8有较高的保守性,与牡蛎的同源序列高达82%。蛋白质结构预测显示pm-LST8具有典型的WD40结构域。荧光定量PCR分析表明pm-LST8在马氏珠母贝闭壳肌、鳃、外套膜、肝胰脏、性腺、足、血淋巴七个组织中均有表达,其中在性腺中表达量最高。本研究为进一步阐述LST8在马氏珠母贝生长和发育调控中的作用提供理论基础。利用复合PCR方法同时检测三种转基因水稻
摘要：我国在转基因水稻研究方面处于国际领先地位,但由于研究材料扩散到商品化生产水稻中而引起的贸易纠纷时有发生。加强转基因水稻检测与监管,从源头控制转基因水稻基因扩散对于保障生物安全、促进米制品贸易有重要意义。本研究针对我国当前转基因水稻监管重点,结合已有相关检测方法标准,针对三种不同转基因水稻：抗虫水稻TT51-1、抗病水稻M12、抗除草剂水稻LLRICE62,以水稻内源基因RBE4为参照基因,建立转基因水稻四重复合PCR检测方法,可在同一反应体系中同时检测鉴定三种转基因水稻品系,检测限可达250个拷贝。利用此方法可快速地定性检测和鉴定转基因水稻TT51、M12、LL RICE62。马铃薯StTOM1和StTOM3双干扰植物双元表达载体的构建及转化验证
摘要：病毒病是制约马铃薯生产的重要因素之一。在拟南芥等植物的研究中发现,抑制寄主因子可以显著降低细胞中病毒的累积量,从而缓解病害症状。本研究在获得与拟南芥寄主因子AtTOM1和AtTOM3具有同源性的马铃薯基因StTOM1和StTOM3的基础上,尝试用RNAi方法同时沉默StTOM1和StTOM3。以pUCCRNAi为中间载体,构建同时含StTOM1和StTOM3双基因干扰片段StT1-StT3的质粒pUCStT1-StT3-dRi（±）,再将双基因干扰片段StT1-StT3切下并连接到双元载体pBI121上。用农杆菌介导方法,将StT1-StT3片段导入马铃薯中,获得转基因马铃薯小苗,阳性率达到83.6%。RT-PCR检测表明,转StT1-StT3马铃薯中StTOM1基因mRNA的表达水平下调了78%,StTOM3基因下调了81%。StTOM1和StTOM3沉默转基因马铃薯的获得,为将来验证和评价StTOM1和StTOM3是否为马铃薯病毒的寄主因子及在创建抗病毒马铃薯新种质的潜力,奠定了基础。嗜水气单胞菌粘附素和外膜蛋白A基因克隆与结构预测
摘要：采用PCR方法扩增嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）外膜蛋白相关基因,即粘附素（Aha）、外膜蛋白A（OmpA）基因全长序列,进行DNA测序及生物信息学分析。结果表明：Aha基因长1 314 bp,推导编码355 aa,5～24 aa区域为跨膜螺旋,26～355 aa区域为革兰氏阴性菌孔蛋白结构域（PF00267）,Aha蛋白三级结构与模板（PDB：1PHO_A）相似性达28.21%;OmpA基因长1 102 bp,推导编码338 aa,含有OmpA跨膜结构域（PF01389）和OmpA结构域（PF00691）,预测OmpA蛋白抗原表位位于64～69 aa、160～171 aa、244～249 aa、259～274 aa和295～301 aa区域,OmpA蛋白三级结构OmpA跨膜结构域和OmpA结构域与模板（PDB：1BXW_A,PDB：4ERH_A）相似性分别为27.45%和57.58%;进一步采用拉马钱德兰图（Ramachandran plot）检测分析,与Aha、OmpA基因蛋白三级结构预测结果一致。本研究有助于理解嗜水气单胞菌致病的分子机制,为鱼类疾病防治及疫苗应用提供科学参考。尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种中Fsr1基因的克隆及生物信息学分析
摘要：以尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种为材料,克隆其Fsr1基因的DNA及cDNA全长,并对其进行生物信息学分析。根据镰刀菌中相关基因设计简并引物,结合PCR与RT-PCR技术扩增目的片段,进行氨基酸序列推导后分析。得到结果 FoFsr1基因开放阅读框为2 474 bp,共编码824个氨基酸;FoFsr1基因编码蛋白可能是存在于细胞核中的跨膜亲水蛋白,含有54个蛋白磷酸化位点,不含有信号肽;该蛋白主要含有1个Striatin结构域及7个WD40结构域,二级结构主要由β折叠和无规则卷曲组成,其中不含有亮氨酸拉链结构;同源性分析发现其与丛赤壳菌属中的Fsr1蛋白亲缘关系最近。通过结构分析发现,推测该蛋白可能在细胞周期及细胞凋亡过程中起信号转导与转录调控的作用,从而对病原菌的致病力产生影响。桧状青霉原生质体制备和再生的研究
摘要：本文对桧状青霉H16的原生质体制备和再生的相关影响因子进行了初步的研究。结果表明：于30℃,转速为200 r/min的SDYS培养基中培养了16 h的菌丝,经S1溶液洗涤后,在1 mol/L的NaCl为等渗溶液,采用浓度为10 mg/mL的酶液,酶解温度为35℃,转速为100 r/min的条件下处理1.5 h时原生质体量达到最佳,本实验范围内最高达到6×106个/mL;同时,选取含有25 mmol/L Ca2＋的改良的察氏培养基培养经S2洗涤的原生质体时,原生质体可以达到较佳的再生率,本实验范围内最高达到24.3%。该研究为桧状青霉后期的菌株改造和遗传转化体系的建立奠定了基础。小鼠抗病毒基因viperin的原核表达及其抗原性探索
摘要：Viperin是一种由Ⅰ型和Ⅱ型干扰素诱导的宿主蛋白,在进化上高度保守。本研究以小鼠脑组织为原材料,通过RT-PCR扩增得到包括完整open reading frame（ORF）的1 155 bp的viperin基因序列,成功亚克隆并构建了原核表达载体pET-32a-vip,将其转化到大肠杆菌Rosetta中进行原核表达。结果表明：原核表达的重组蛋白viperin主要以包涵体的形式表达,用镍离子亲和层析法获得纯度较高的viperin蛋白,为探讨原核表达的viperin抗原特性,将纯化的viperin蛋白免疫4周龄昆明小鼠,制备得到抗viperin多克隆抗体。经Western blot和IFA检测,该抗体能与真核细胞自然表达的viperin反应,特异性良好且效价高,表明原核表达的viperin具有良好的抗原性。获得的多克隆抗体为进一步研究viperin的抗病毒生物学功能奠定了良好的基础。脂质体法构建广西巴马小型猪转基因体细胞及转基因克隆胚的生产
摘要：脂质体法是一种传统的向哺乳动物细胞导入外源基因的方法,然而其转染效率受多种因素影响。本研究将从脂质体和质粒DNA量、转染暴露时间以及混合孵育时间等四方面进行探索,以寻找最佳的转染体系。试验结果表明最佳转染体系为：脂质体1.25μL、DNA 0.7μg、脂质体-DNA混合孵育0 min以及转染暴露6 h。随后我们用优化过的转染体系对新生广西巴马小型猪肾脏成纤维细胞进行转绿色荧光蛋白（green fluorescent protein,GFP）操作,获得了（26.45±2.11）%的转染率,并以此为核供体经体细胞核移植技术成功构建表达GFP的广西巴马小型猪克隆胚胎,同时证实转基因克隆胚的体外发育能力比得上非转基因克隆胚。这为我们构建用于人类疾病研究的基因修饰广西巴马小型猪奠定了基础。蛋鸡卵巢PRSS23基因CDS序列分析
摘要：为获得蛋鸡丝氨酸蛋白酶23（PRSS23）的CDS序列并分析其结构域,试验根据NCBI中公布的其它物种PRSS23的mRNA序列,设计了特异性引物,采用RT-PCR技术扩增PRSS23 CDS全序列。BLAST比对发现,与其它物种PRSS23预测序列以及氨基酸序列同源性分别为99%、92%、91%、86%和100%、96%、96%、90%;通过分析该序列的三级结构,发现在第117到362位氨基酸之间含有一个典型的Tyrp-SPc结构域,该结构域具有典型丝氨酸肽链内切酶活性;通过对其蛋白信号肽预测分析,发现序列中含有信号肽,信号锚定的可能性为72.8%。甜瓜EIN3/EILs基因家族全基因组鉴定与进化分析
摘要：以拟南芥的EIN3/EILs蛋白保守结构域为探针序列,对甜瓜全基因组的蛋白质数据库进行搜索,搜索后获得4个EIN3/EILs蛋白序列。对甜瓜EIN3/EILs基因家族的系统进化、序列相似性、基因结构进行了分析。通过对所有甜瓜的EIN3/EILs基因的表达谱分析得知该基因家族在各组织中均有表达,其中在果实以及愈伤组织中高丰度特异表达,不同基因之间的表达模式差异明显。松墨天牛幼虫cDNA文库的构建及EST分析
摘要：松墨天牛（Monlchamus alternatus Hope）是林业重大害虫。本研究运用SMART技术构建了松墨天牛幼虫cDNA文库,库容量为1.09×10^6,文库滴度为5.45×10^6 pfu/mL,重组率为97.8%,平均插入片段大小约为1 000 bp,构建的文库质量较好。随机选取1 022个克隆进行测序,获得了1 012条表达序列标签（ESTs）,序列在GenBank中登录号为JZ143720～JZ144731。EST序列经过聚类拼接得到411条非重复单一序列,其中216条序列有功能注释。在216条有功能注释的序列中,有181条（83.80%）参与＂分子功能＂,122条（56.48%）参与＂细胞成分＂,168条参与＂分子生物学过程＂（77.78%）。研究结果为克隆和分析松墨天牛新的功能基因奠定了基础。细基江蓠繁枝变种（Gracilaria tenuistipitata var.Liui）群体遗传多样性的ISSR分析
摘要：运用ISSR标记对来自深圳、北海和防城港的三个细基江蓠繁枝变种群体进行遗传多样性检测,筛选出的16条ISSR引物共扩增出111条带,引物平均多态位点比例为54.95%。三个群体的多态位点比例深圳群体最高为23.42%,北海群体最低为4.50%;群体平均多态位点比例为11.12%,平均基因多样性（Hs）为0.051 3,表明细基江蓠繁枝变种群体遗传多样性较低。群体遗传分化指数为0.756 5,说明遗传变异主要存在于群体间且群体间的遗传分化水平较高。Mantel检验发现遗传距离与地理距离无关。适应生态环境选择无性繁殖模式可能是细基江蓠繁枝变种群体遗传多样性较低、群体间遗传分化大的重要因素。刺五加糖基转移酶基因的表达及其对皂苷含量的影响
摘要：为了探明刺五加糖基转移酶基因（glycosyltransferase,GT）的表达特点及其对刺五加总皂苷含量的影响。以GAPDH基因为内参照基因,采用实时定量PCR技术分析了不同产地、不同生长发育时期、不同器官刺五加中GT基因的表达规律及茉莉酸甲酯（MeJA）对其表达的影响。并采用浓硫酸-香草醛比色法测定刺五加总皂苷的含量,利用SPPS17.0软件进行相关性分析。结果表明,GT基因在根、幼茎、叶片和叶柄中均有表达,但表达量差异不显著。刺五加的GT基因在叶片完全展开期的表达量最高,盛花期和果实基本成熟期的表达量最低,仅为叶片完全展开期表达量的66.9%。MeJA处理可显著提高GT基因的表达量（p〈0.05）。不同产地刺五加的GT基因表达量和总皂苷含量差异显著,但GT基因的表达量与总皂苷含量同升同降,存在极显著的正相关关系（p〈0.01）。初步判定,GT基因的表达量决定了刺五加中总皂苷的含量,GT是决定刺五加中总皂苷含量的关键酶。四种栎树EST-SSR信息分析
摘要：为开发栎属遗传多样性检测的SSR标记,分析了蒙古栎、无梗花栎、夏栎和欧洲栓皮栎EST-SSR的特点,结果表明蒙古栎的EST中3 209.46 bp有一个SSR,无梗花栎中每6 160.36 bp有一个SSR、夏栎中每5 883.30 bp有一个SSR,欧洲栓皮栎中每6 129.12 bp有一个SSR。蒙古栎、无梗花栎、夏栎和欧洲栓皮栎EST-SSR的平均长度分别为21.65 bp、21.1 bp、20.66 bp和20.65 bp。四种栎类中不同基元的EST-SSR的分布频率具有非常一致的特征,均是二基元、三基元和六基元的SSR分布频率最高,达20%以上。而四基元和五基元的SSR在四个种类中的分布不到0.05%。二基元的SSR中大于1%的SSR均是AG、CT、TC、GA、AT、TA基元,并且在蒙古栎、无梗花栎和夏栎中AG、CT、TC基元的分布频率最高,而在欧洲栓皮栎中是TC、GA、AG的分布频率最高;三基元的SSR中,含CAA、GAA、TCT、CTT的SSR在四种栎类中都存在。六基元的SSR中大于1%在四种栎类中出现的类型均较少,为0～4种。用ITS序列识别牧草种质资源
摘要：DNA条形码技术能够快速、准确地识别物种,对于开展基础性的分类学研究和应用性的生物多样性研究极为重要。本文以广西畜牧研究所牧草种质资源圃的8个物种共22个品种为材料,进行植物条形码ITS测序。PCR结果显示ITS的扩增成功率达到100%,同源性的分析表明各物种中的ITS序列变异显著,共找到99个可以用来区分物种的变异位点,系统进化树的结果表明利用ITS序列进行物种水平鉴定成功率达100%,能够作为DNA条形码识别植物物种。利用RAPD和ILP技术筛选橡胶树抗寒分子标记
摘要：利用36个RAPD引物和7对ILP引物分别分析30份抗寒性差异的橡胶树种质DNA的多态性。结果显示7个RAPD引物扩增产物中出现9种多态性片段,回收并测序多态性片段,Blast比对结果表明其中6种片段为未知序列,其余3种片段HbR4PF、HbR6PF和HbR1＋4PF分别与烟草冷胁迫cDNA文库差异表达基因、反转录转座子和橡胶树contig1323727序列同源。采用半定量RT-PCR分析HbR6PF表达模式,结果表明低温能调控HbR6PF基因的表达。在7对ILP引物中,只有抗坏血酸抗氧化物酶ILP引物扩增产物出现多态性条带,但该条带在抗寒和不抗寒种质中同时出现,说明该ILP标记不能用于区分抗寒和不抗寒种质。不同保存方法和提取方法对扁桃基因组DNA质量的影响
摘要：以扁桃（Amygdalus conmmuis L.）幼叶为试材,通过7种保存方法并采用改良2×CTAB法、3×CTAB法和SDS法对其DNA进行提取,用琼脂糖凝胶电泳检测其DNA完整性,分光光度计测其产量和纯度,以探讨不同保存方法和不同提取方法对扁桃DNA提取质量的影响。结果表明,扁桃新鲜幼叶、压干幼叶后在-75℃保存、45℃烘干幼叶后在-75℃保存以及硅胶干燥幼叶后在-75℃保存三个月均可以用三种提取方法可获得完整的DNA,纯度和产量均高,其保存和提取方法简便易行且获得高质量DNA。扁桃鲜叶直接放在-20℃保存比-75℃保存更易获得DNA,而压干后的扁桃叶片-20℃保存三个月并采用SDS法提取,获得高产量、高纯度的DNA,不影响提取效果。SDS法和改良3×CTAB法均可获得扁桃DNA,但SDS法优于3×CTAB法,其操作简单、耗时少;改良2×CTAB法提取扁桃成功率较低,不稳定,产量比其它两种方法低。
