基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2013年第06期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志评述与展望

体细胞核移植技术在猪基因修饰中的应用692-699

摘要：基因修饰猪作为一种理想的动物模型已应用于生物医学研究。构建基因修饰猪的方法很多，包括原核注射、慢病毒转染、精子介导和体细胞核移植等，其中体细胞核移植具有显著优势，一直是构建基因修饰猪的重要方法。近几年，随着转座子、设计核酸酶等基因修饰新技术以及诱导性多能干细胞研究的不断进展，将进一步凸显体细胞核移植技术在基因修饰猪构建中的价值。本文比较了猪基因修饰的主要方法，并论述体细胞核移植技术在猪基因修饰中的优势、发展历程和最新应用等。

基因组学与应用生物学杂志研究论文

基于16SrRNA序列分析红耳龟肠道拟杆菌和厚壁杆菌菌群多样性700-706

摘要：脊椎动物肠道内定植了大量的微生物群落，在正常肠道菌群中，拟杆菌菌群和厚壁杆菌菌群作为优势菌群存在，对宿主的生理健康起着重要的作用。为了更好地了解外来入侵物种红耳龟的肠道拟杆菌和厚壁杆菌菌群多样性组成，本研究提取3只成体红耳龟粪便的宏基因组DNA，利用最新的Roche454测序技术对样本菌群的16SrRNA基因V3～V5区域进行测序。测序结果显示拟杆菌菌群为2纲5科11属，其中拟杆菌纲（98．82±1．24）％是绝对优势菌群；厚壁杆菌菌群被鉴定为3纲11科38属，主要由梭菌纲（95．81±0．88）％构成。此外，测序还检测到大量未知的拟杆菌类群（4．38±1．64）％和厚壁杆菌类群（14．96±8．15）％。本研究表明成体红耳龟粪便中拟杆菌菌群和厚壁杆菌菌群具有多样性。基于16SrRNA基因的Roche454测序分析可以很好地揭示肠道菌群的组成结构。

基于蛋白质反式剪接在大肠杆菌中表达鲎C因子CES多肽707-712

摘要：鲎C因子是鲎血细胞中一种对内毒素具有高亲和力的丝氨酸蛋白酶原，可替代鲎试剂用于内毒素检测。鲎C因子N端Cys—EGF．sushil—sushi2（CES）片段中的sushil区域是与内毒素结合的关键部位。本研究在sushil结构域中的特定位点断开CES与内毒素结合的功能片段，然后分别和蛋白质内含肽SspDnaX的N端片段（IN）和C端片段0C）连接，并在大肠杆菌中表达，表达产物经亲和层析纯化、复性以及内毒素去除后，利用蛋白质反式剪接系统，在体外诱导该蛋白质内含肽发生剪接，重新得到C因子的CES蛋白，并检测其活性。实验结果表明此重组CES蛋白具有结合内毒素活性，提示在大肠杆菌系统中开发低成本内毒素检测试剂的可行性。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

水牛转录因子Klf4基因编码区序列克隆及在真核细胞中表达研究713-718

摘要：Krtippel样因子4依脾）在调控细胞增殖、分化和胚胎发育中有重要作用，也是生产诱导多能干细胞（iPSC）重要的转录因子之一。本研究对水牛K牌进行克隆和表达研究，为生产水牛iPSC和研究其在体细胞重编程中的机理奠定基础。采用RT—PCR克隆并分析水牛K牌编码区序YIJ（CDS）；mRNA水平和蛋白水平检测K牌在水牛胎儿成纤维细胞（BFF）和胃上皮细胞（BSEC）中的表达情况；构建表达水牛K孵的逆转录病毒载体（pMX—Klf4）、病毒感染BFF、免疫荧光技术分析外源K脾在BFF中的表达情况。结果表明：水牛CDS全长1434bp，氨基酸序列与牛、猪、人和鼠相应氨基酸序列的相似性分别为99％、97％、92％$N92％，蛋白结构保守；内源Klf4在BFF和BSEC中都有表达，pMX介导的外源K脾能在BFF中表达。

鉴定血管加压素受体（V1aR）在小鼠肝脏枯否细胞和巨噬细胞中的表达719-724

摘要：为了研究V1aR在肝脏枯否细胞和巨噬细胞RAW264．7中的表达，为今后研究V1aR表达与巨噬细胞功能间的关系奠定基础，本研究首先使用胶原酶灌注法和磁珠分选法（MACS）分离纯化小鼠肝脏枯否细胞；然后分别使用普通显微镜、透射电镜和流式细胞仪对分离纯化后枯否细胞的纯度与功能进行评估；最后使用反转录多聚酶链式反应（RT—PCR）、Westernblot和免疫荧光检测V1aR在肝脏枯否细胞和巨噬细胞RAW264．7中的表达。普通显微镜和透射电镜结果表明本研究分离纯化后的柘否细胞具有巨噬样细胞的形态特征和吞噬活性；且流式细胞仪结果表明本研究分离纯化的枯否细胞的纯度可以达到98％以上。RT—PCR和Westemblot结果表明在mRNA和蛋白质水平均能检测到V1aR在枯否细胞和巨噬细胞RAW264．7中的表达。同时免疫荧光实验进一步验证了V1aR在巨噬细胞RAW264．7中的表达。总之，本研究首次鉴定到了血管加压素受体V1aR在巨噬样细胞中的表达。

仔猪痢清口服液对小鼠的亚慢性毒性试验725-728

摘要：根据农业部《兽药试验技术规范汇编》观察了仔猪痢清口服液对小白鼠的亚慢性毒性，试验组分设高、中、低3个剂量组，另设空白对照组，连续给药28d后剖杀各组小鼠。统计学分析结果表明，各组间的体重变化和脏器系数比较无显著差异；各试验组的血常规检测指标、血液生化学检测指标的测定结果与空白对照组测定结果相比差异均不显著；组织病理学检查显示小鼠的主要内脏器官未见明显异常变化。试验结果表明仔猪痢清口服液按临床剂量使用无毒性反应，应用安全可靠。

宏基因组中不依赖辅酶B12甘油脱水酶基因的筛选和表达729-733

摘要：通过特定的引物，以土壤宏基因组DNA为模板，采用PCR技术扩增获得3．3kb的DN段，该片段连接于pSE380载体构建重组质粒pSE380-dhaB12用于测序和表达。序列分析表明，该DN段编码的氨基酸序列与已报导的丁酸梭菌不依赖辅酶B12甘油脱水酶的相似性达99％。通过IPTG诱导，dhaB12基因在大肠杆菌中表达成功，SDS—PAGE分析表明有88kD和34kD两条蛋白质条带，在没有辅酶B12存在的情况下，所表达的酶具有明显的甘油脱水酶活性。

马铃薯（SolanumtuberosumL．）全基因组水平上LTR-逆转座子的鉴定与进化分析734-742

摘要：LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组的重要组分。它们在寄主基因组的进化过程中起到重要作用。马铃薯是重要的经济作物和粮食作物，其全基因组序列的公布为进一步研究其遗传组成和演化提供了基础。本文以马铃薯全基因组序列为材料，用结构分析和同源比对的方法分离得到9318个完整的LTR_逆转座子，7281个非完整（trtmcated）LTR-逆转座子元件和3657个soloLTR元件。进一步研究表明，gypsy类转座子在距今两百万年（millionyearsago，MYA）时转座活性被抑制，而copia类元件活跃至今。马铃薯和番茄比较基因组学的研究表明，LTR-逆转座子序列变异率为18．73％，远高于基因序列的7．37％和CDS序列的5．01％。

胡杨果糖-1,6-二磷酸醛缩酶的定位及功能研究743-751

摘要：将从胡杨中克隆的果糖-1,6-二磷酸醛缩酶基因（PeALD）构建到pGEX-4T—1载体上，经IPTG诱导成功获得融合蛋白GST：PeALD，并将蛋白进行纯化，其大小约为52kD，转化大肠杆菌的耐盐性实验表明，PeALD基因的成功表达有利于提高大肠杆菌菌株的耐盐性。为研究该基因编码蛋白在植物细胞中的定位，将基因的ORF区构建到定位表达载体pMDC85上，通过PEG介导的拟南芥瞬时转化法观察融合蛋白PeALD：GFP在细胞中的定位情况，结果显示该蛋白定位于胞质中，由此说明实验克隆得到的该胡杨果糖-1，6-二磷酸醛缩酶基因编码的是胞质蛋白。烟草种子在盐培养基上的萌发实验结果显示转基因烟草具有更高的耐盐性；烟草水培苗经200mmol／LNaCl处理一周后，可溶性糖的质谱检测结果显示转基因植株中葡萄糖的含量有很大提高。表明胡杨果糖-1，6-二磷酸醛缩酶通过促进糖酵解和有氧呼吸途径来提高植物对盐胁迫的适应性。

气孔蛋白同源物在单、双子叶植物中的生物信息学分析752-760

摘要：本文对NCBI数据库中的4种单子叶植物（玉米，高粱，水稻和二穗短柄草）和5种双子叶植物（筷子芥，大豆，蒺藜苜蓿，毛果杨和蓖麻）的气孔蛋白同源物，利用生物信息学分析工具在基因结构、碱基组成、氨基酸理化性质、信号肽结构、磷酸化位点、二级结构及三维结构上进行了比较分析，并构建系统进化树。结果表明，单、双子叶植物中的气孔蛋白同源物在基因结构上均由3个外显子和2个内含子构成；编码的蛋白均属于不稳定的疏水性蛋白，且存在信号肽结构和C端保守的6个半胱氨酸残基；在保守的成熟肽区段含有酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点（T），不含α-螺旋结构，但三维结构基本一致。它们之间的不同点如下：单子叶植物气孔蛋白同源物在基因结构上存在一致的上游同框终止密码子，且G-C含量高于双子叶植物，而AT含量低于双子叶植物；单子叶植物中气孔蛋白同源物的氨基酸残基数目较庞大（除大豆外），在前肽和信号肽区域分别含有相对保守的酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点（S）和N端豆蔻酰化位点；二级结构中的延伸折叠结构和任意卷曲结构分别多于和少于双子叶植物。系统进化树表明，气孔蛋白在单子叶作物和双子叶植物之间产生了进化上的差异。气孔蛋白同源物在单、双子叶植物中存在明显的差异，这可能与基因的表达调控以及蛋白功能的活化机制有关。但是否与单、双子叶植物表皮细胞气孔的形态差异有关仍待进一步的研究。

海南薯蓣茎腐病病原菌的鉴定761-766

摘要：为弄清海南薯蓣茎腐病病原，采用离体致病性测定、形态学和分子生物学鉴定等方法，对其进行了研究。从海南临高、海口等薯蓣生产基地采集病样89份，纯化出分离物28个。经致病性试验证实，分离物lp3—1、b16-5、bd6-4和lp2—5为薯蓣茎腐病病原菌。经形态学鉴定，4个分离物均为镰刀菌（Fusariumsp．）。利用真菌18SrRNA基因引物、镰刀菌特异性引物和轮枝镰刀菌特异引物进行PCR扩增，能扩增出510bp大小的镰刀菌DN段，不能扩增出轮枝镰刀菌DN段。序列分析表明：分子生物学和形态学鉴定结果一致，且镰刀菌Fu3／Fu4区序列分析能进一步确定薯蓣茎腐病是由尖孢镰刀菌薯蓣专化型（Fusariumoxysporumfsp．dioscorea）侵染引起的一类植物真菌病害。

亮菌多糖的分离纯化及体内抗肿瘤活性研究767-770

摘要：本文建立高效的亮菌多糖分离纯化工艺，并研究其体内抗肿瘤活性。以市售亮菌粗粉为原料，采用水提醇沉、Sevag法脱蛋白、DEAE纤维素离子交换层析、SephadexG-100凝胶过滤层析等方法得到亮菌多糖ATPSⅡ和ATPSⅡ-2；建立小鼠S180实体瘤模型，以生理盐水和环磷酰胺为阴性和阳性对照，观察ATPSⅡ和ATPSⅡ-2在不同剂量（10mg／kg40mg／kg80mg／kg）给药10d后，对小鼠肿瘤抑制的作用。结果表明：亮菌粗粉中多糖含量为22．7g／100g；紫外光谱分析显示纯化得到的ATPSⅡ纯度接近100％；ATPSⅡ和ATPSⅡ-2对肿瘤的抑瘤率随着多糖浓度的增大而增大，其高剂量组对S180的抑瘤率分别为46．7％和51．7％，与阳性对照组相比，亮菌精制多糖ATPSⅡ和ATPSⅡ-2高剂量组抗s180效果接近于临床化疗药环磷酰胺，具有显著的抗肿瘤活性。

基于红外光谱和化学计量学的紫金牛药材质量快速鉴定研究771-776

摘要：本文利用FTIR技术分别检测不同产地紫金牛及其易混淆植物的化学成分的光谱特征，并通过主成分分析模型以及主成分载荷因子等化学计量学方法，对各样本进行鉴别，找出各测试样本化学组成的差异。结果表明：f1）两种紫金牛在3378cm^-1、2923cm^-1、1735cm^-1、1621cm^-1、1444cm^-1、1373cm^-1、1321cm^-1、1238cm^-1、1153cm^-1、1033cm^-1及776cm^-1附近均有吸收峰。（21由于融水县和永福县两地相距最近，在PCA检测模型二维散点图上，这两产地样品的距离也最近，恭城县与融水县及广西兴安县相距较远，故在散点图上的距离也较远；广西兴安县的月月红是紫金牛属植物，但不属于紫金牛种，所以，在散点图上的距离也就偏离各产地紫金牛。（3）提取PCA模型的载荷因子，分析表明，在种问比较，样品月月红中脂类、苯醌、黄酮及皂苷类成分的含量较紫金牛样品丰富。在紫金牛种内比较，广西永福县的样品香豆素、酮脂及皂苷类成分的含量比其它产地高，相反地，广西恭城药市的样本中尤其是酮脂及皂苷类成分的含量最低；但是，广西恭城县的紫金牛中香豆素、苯醌、甾醇，黄酮类等成分，较其它产地丰富。

干旱胁迫对水稻叶表面蜡质积累的影响777-781

摘要：环境胁迫一直以来是影响植物生长和农作物产量的主要因素，而覆盖植物叶片表层的蜡质层在植物生长发育和适应外界环境方面起着关键作用。本试验以中花11、广盐2号和Z46这3个水稻品种进行干旱胁迫处理，通过扫描电镜观察叶片表面蜡质覆盖密度，以及测定叶片相对含水量、叶绿素浸提率以及失水率等生理指标，从而综合分析干旱胁迫对不同水稻品种叶片表面蜡质积累的影响。结果表明：干旱胁迫条件下，3个试验的水稻品种叶片相对含水量降低，叶表面蜡质覆盖量增加，叶绿素浸提率以及离体叶片失水率下降。

ITS鉴定木材种类：一例司法鉴定研究实例782-786

摘要：本研究选取一例非法收购国家重点保护植物油丹的司法鉴定案作为研究实例，在确认鉴定技术可行的前提下，应用ITS序列分析对待检测的原木进行了分子鉴定。本研究采用CTAB法提取原木DNA，对其提纯后进行ITSrDNA的PCR扩增，再对PCR阳性产物进行克隆、测序，将测序结果进行Blast分析和构建系统发育树。结果表明，送检的47根原木中有9根被鉴定为油丹。本研究采用ITS序列系统发育分析方法，成功鉴定了原木种类，为今后类似司法鉴定案件的审理提供了可靠的鉴定意见。

不同生根剂对杉木扦插根形态建成的影响787-794

摘要：本文以贺州东潭林科所的部级优质杉木种质作为插穗材料，采用正交试验及单因素试验设计，研究不同生长调节剂配比、ABT1#对杉木优良无性系扦插的保存率、生根率、根系活力等根形态建成指标的影响。结果表明，在NAA300mg／L＋IBA40mg／L的配比作用下，杉木扦插生根率最高，达74．15％；ABT1#对杉木插穗生根的作用效果明显，ABT1#处理后的生根率均在96％以上。生长调节剂与ABT1#对杉木扦插生根具有促进作用。

蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis）原生质体制备及再生795-801

摘要：为建立高效稳定的蜜蜂球囊菌似scosphaeraapis）遗传转化体系，构建具有不同表型特征的球囊菌转化子，本实验对影响蜜蜂球囊菌菌株原生质体制备及再生的因子进行了系统的研究，同时对蜜蜂球囊菌原生质体的释放及再生过程进行了显微观察。结果表明，采用液体培养基进行24h培养的蜜蜂球囊菌菌体，在28℃条件下，应用50mg／mL的崩溃酶，经4h酶解所制备的原生质体释放量最大，达到34．00×10^5／mL。在上述条件下，采用0．8mol／L柠檬酸与NaCl的混合液作为稳渗剂，原生质体的再生率也较高，达到53．06％。蜜蜂球囊菌以菌丝断裂方式释放原生质体，原生质体再生时表现为原生质体先是突出，其后延长，并最终发育成为正常菌丝。本实验首次优化了蜜蜂球囊菌原生质体制备实验流程及原生质体再生最佳条件，为深入研究蜜蜂球囊菌的致病机理及寻找蜜蜂球囊菌致病相关基因奠定基础。

缺铁条件下酵母中铁转运转录水平的研究进展815-819

摘要：铁作为生物体内重要元素，在很多细胞功能以及生化过程中具有重要作用。尽管多数土壤中铁含量较为丰富，但在碱性或中性土壤中可以吸收利用的可溶性铁量却无法满足植物需要。在这种情况下所导致的缺铁胁迫不利于植物生长发育。本文从铁吸收系统的激活、胞内铁源的启动和铁相关代谢活动的调控三个方面阐述了酵母细胞中铁转运转录水平上的研究现状，最后展望了其发展前景。