基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2013年第03期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究论文

胡杨PeAPY2基因的克隆及其转化细胞的耐盐性分析276-284

摘要：从胡杨（Populus euphratica Oliv.）抗盐碱能力强于其它种类杨树。本实验室前期对胡杨的研究表明：盐胁迫下,胡杨腺苷三磷酸双磷酸水解酶基因（PeAPY）的转录水平上调,预示该基因可能在胡杨应对盐胁迫中发挥作用。本研究利用RT-PCR方法克隆了胡杨腺苷三磷酸双磷酸水解酶PeAPY2基因,将该基因在烟草BY-2细胞中过表达,分析PeAPY2基因与植物耐盐性的关系。结果证明,PeAPY2编码腺苷三磷酸双磷酸水解酶,其ORF区长为1404bp,编码467个氨基酸。对转PeAPY2基因的烟草BY-2细胞及野生型烟草BY-2细胞进行长期盐处理,结果表明,烟草BY-2细胞过表达PeAPY2基因后提高了耐盐性,但并没有明显改善由甘露醇（200~600mmol/L）引起的渗透胁迫。盐处理（50~150mmol/L,NaCl）2周后,野生型BY-2细胞鲜重和干重都低于转PeAPY2基因的烟草细胞。转基因细胞跟野生型细胞相比,Na＋的上升幅度较小,而K＋的下降幅度也较小。随着盐胁迫时间的延长,转基因细胞膜透性低于野生型细胞,在盐胁迫下细胞活力高于野生型细胞。说明烟草BY-2细胞过表达PeAPY2基因后改善了其对盐的耐受性,这对深入研究PeAPY2基因在胡杨耐盐机制中的作用具有重要的意义。

桂东南地区芋疫霉的交配型研究285-290

摘要：芋疫病是广西芋头上的重要病害。本研究从桂东南地区部分乡镇的芋头产区采集并分离获得12个芋疫霉菌株,通过与辣椒疫霉A1交配型HD-3菌株和A2交配型S-5菌株对峙培养来测定其交配型,并以ITS1/ITS4通用引物对基因组DNA进行PCR扩增,得到各菌株的ITS序列。结果表明,通过对ITS序列的Blast比对,发现所有菌株的ITS序列与GenBank中登录的芋疫霉（Phytophthora coloc asiae）不同分离物序列同源性达97%~100%,证明所采样本均为芋疫霉。从桂东南地区采集到的12个芋疫霉菌株均为A2交配型,未发现其它交配型菌株。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

黄连浸出液对脑缺血小鼠海马区细胞总蛋白和SOD的影响291-295

摘要：通过黄连浸出液对脑缺血小鼠灌胃,测定海马区细胞总蛋白和SOD的含量变化,探讨黄连对缺血性脑损伤的保护和修复作用。对36只小鼠随机分为实验组、对照组和正常组,以黄连水浸出液（0.1mg/g）灌胃实验组,分别于不同时间段取小鼠海马组织制备组织匀浆,采用BCA法和WST-1法分别测总蛋白含量与超氧化物歧化酶（SOD）活力。结果显示实验组海马组织中的总蛋白含量和超氧化物歧化酶（SOD）活力高于对照组低于正常组（p〈0.05）;在24h时间段实验组两项指标与对照组差距达最高值。由此推测黄连浸出液对提高小鼠脑缺血海马组织总蛋白含量和SOD活力有一定的作用。

供体细胞、去核方法以及TSA处理对巴马小型猪手工克隆胚胎发育的影响296-302

摘要：本文用不同的供体细胞、去核方法以及TSA处理浓度研究其对巴马小型猪手工克隆胚发育的影响,试验结果发现：克隆胚的发育率在相同代次的不同供体细胞之间,极体定向和化学辅助去核法之间均无显著性差异（p〉0.05）;TSA浓度为40nmol/L时克隆胚的囊胚率最高,但与对照组相比无显著性差异（p〉0.05）。这说明三种供体细胞均能支持巴马小型猪克隆胚的早期发育,化学辅助和极体定向去核法均为较好的去核方法。

温度对中华鳖胚胎发育和初生幼体形态特征及活动能力的影响303-307

摘要：本文在5个不同孵育温度下对中华鳖胚胎发育、孵化周期、初生幼体形态特征及活动能力进行了研究。孵化温度设置为（23±0.5）℃、（26±0.5）℃、（29±0.5）℃、（32±0.5）℃、（35±0.5）℃,每一温度指标下设置3个平行组,每组30枚卵。孵化介质为蛭石,湿度为6%。结果显示,胚胎的发育速度随着孵化温度的升高而加快,所用的孵化时间也越来越短。孵化累积温度CTUs在23℃时最高,随着温度的升高,累积温度依次降低;孵化率在29℃时最高,达到83.3%,26℃为80%,32℃为43.3%,23℃为11.1%,35℃为0。温度对稚鳖形态特征的影响比较显著,29℃孵出幼体的体质量最重、背甲最长,与26℃孵出差异不显著,与32℃差异显著,和23℃差异极显著;26℃孵出幼体背甲最宽,与其它三组差异极显著,但其它三组之间差异不显著;23℃孵出幼体体重、背甲长和宽都是最小的。温度对新生幼体运动表现的影响差异显著,23℃孵出的初生幼体活动能力最差,与其它3组差异显著,其它3组之间差异不显著。26~29℃是生产实践中比较适合的孵化温度。

基于高通量测序的凡纳滨对虾的转录组分析308-313

摘要：凡纳滨对虾是世界养殖最广泛的甲壳动物,但是目前凡纳滨对虾的基因组及转录组数据还比较缺乏。为了获得凡纳滨对虾的转录组信息,本研究应用454高通量测序技术对凡纳滨对虾肝胰腺的转录组进行测序。获得了500177条凡纳滨对虾EST,平均长度363bp。拼接获得了20225条unigene,长度范围50~8980bp,平均长度507bp。所有unigene与NCBI的非冗余蛋白质数据库（Nr）进行相似搜索（E值〈10-5）,结果一共有13676条unigene（68%）与数据库中的已知基因同源。此外,还对unigene进行了GO、COG和KEGG的功能注释、分类或通路分析。我们通过高通量测序,获得了丰富的凡纳滨对虾转录组信息,为凡纳滨对虾的新基因克隆和基因组学研究提供了有价值的数据。

重组嵌合抗人CD22四价基因工程抗体在昆虫杆状病毒中的表达314-318

摘要：重组嵌合抗人CD22四价基因工程抗体是由一条短肽链将两个鼠源抗CD22mAb的scFv连接起来,再与人IgG1的CH3片段连接所获得重组基因工程抗体（cRFB4-CH3）,是目前开发治疗B细胞系淋巴瘤的人源化基因工程抗体。为探讨该重组基因工程抗体高效表达技术,本研究利用DNA重组技术将含有人IgG1的CH3段的抗人CD22四价基因工程抗体基因克隆到含信号肽的重组杆状病毒载体pAcSG2中,构建重组质粒pAcSG2-cRFB4-CH3并转染到Sf9细胞中,构建携带有重组嵌合抗人CD22四价基因工程抗体基因的重组杆状病毒AcNPV-cRFB4-CH3。通过对该重组毒进行PCR和IFA鉴定,证实获得了可以稳定表达抗人CD22四价基因工程抗体的重组杆状病毒。以蚀斑试验进一步纯化病毒,经过3次病毒蚀斑克隆,获得毒价达到4.5×10^7pfu/mL重组病毒,为治疗白血病药物的开发和应用打下了基础。

能源植物芒草C4H和CAD基因片段的克隆及分析319-324

摘要：基于GenBank报道的近缘物种C4H和CAD基因cDNA序列,应用Primer Premier5.0软件设计2对PCR扩增引物。用CTAB-LiCl法提取芒草总RNA,经反转录后合成cDNA,应用RT-PCR方法成功扩增出MsC4H和MsCAD基因片段并克隆到pMD18-T载体。测序结果表明MsC4H和MsCAD基因片段长度分别为305bp和269bp,编码101个和51个氨基酸。Blast分析结果显示克隆序列与其它植物的C4H及CAD基因具高同源性。已将克隆的MsC4H和MsCAD基因cDNA序列提交至GenBank数据库,其注册号分别为JQ598686和JQ598683。

黄瓜绿斑驳花叶病毒湖南邵阳株系基因组MP片段的测定及生物信息学分析325-331

摘要：本文运用RT-PCR方法克隆了黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）湖南邵阳株系的基因组MP（CGMMV-HuNSY movement protein）片段,测序并进行了分析。结果显示,片段全长共有803bp（KC684977）,编码由264个氨基酸组成的蛋白质,推测分子量约28.87kD,理论等电点pI为9.06,ProtParam预测显示为不稳定蛋白,与已报道的辽宁分离物病毒的MP作比较,核苷酸相似性为99.6%,氨基酸相似性为98.9%;湖南邵阳株系CGMMVMP蛋白无高度卷曲螺旋部位,有跨膜结构区域,该部位表现为疏水性,可能为蛋白互作位点;磷酸化位点均匀分布于整个多肽链中,存在5个主要的B细胞抗原表位预测位点;对烟草花叶病毒属病毒MP氨基酸序列进行了motif查找,发现了该属病毒氨基酸序列的3个保守区段,还进行了密码子偏向性分析。此外,发现了1个酰胺化位点和1个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,可能与病毒的侵染机制有关。

山杏苹果酸酶基因的克隆与生物信息学分析332-338

摘要：三羧酸转运体系（柠檬酸,苹果酸和丙酮酸）可为脂肪酸生物合成提供原料乙酰辅酶A与还原力NADPH;而苹果酸酶可催化苹果酸发生氧化脱羧而产生NADPH,是调控脂肪酸代谢的重要酶。山杏种子脂肪酸含量丰富、产油率高,是研究植物油脂代谢的良好材料。本研究以山杏为试材,采用RACE克隆和电子拼接相结合的方法,首次从山杏种子中克隆得到苹果酸酶基因（命名为SaME,GenBank上登记号为JX262381）,该基因的cDNA编码区全长1923bp、编码640个氨基酸,预测其编码蛋白分子量为70.15kD、等电点为6.38;同时,运用生物信息学方法对SaME基因编码蛋白的理化特性、结构域和亚细胞定位等方面进行预测分析,结果显示,该蛋白定位在细胞的质体膜上,具有苹果酸酶活性,属于NADP-ME超家族。本文对山杏SaME基因的克隆与分析,为进一步探究苹果酸酶对油脂代谢的调控机制奠定了基础。

尖镰孢古巴专化型Focr4-1701突变体的生物学表型研究339-346

摘要：由尖镰孢古巴专化型（Fusarium oxysporum f.sp.cubense,Foc）引起的香蕉枯萎病是香蕉生产中的毁灭性病害之一。Foc有4个小种,其中4号小种（Focr4）因其寄主范围广且无高抗病性的香蕉品种,对香蕉产业的危害最大,其致病机制至今尚不清楚。为研究其致病机制,本文对Focr4野生型菌株（Focr4-193-6）、因其T-DNA插入导致致病性严重减弱的突变体Focr4-1701、T-DNA插入标签基因敲除子△Focr4-1701及敲除基因互补子△Focr4-1701-cp-1为材料,从致病性测定、玻璃纸穿透试验、孢子形态观察、产孢量与孢子萌发率测定、粗毒素测定等方面对其与致病性相关的生物学表型进行了测定。结果表明：T-DNA插入突变体Focr4-1701和基因敲除突变体△Focr4-1701接种后的香蕉植株叶片没有表现发病症状,敲除基因互补菌株与野生型菌株一样表现出发病症状;T-DNA插入突变体和基因敲除突变体不能穿透玻璃纸生长,T-DNA插入突变体及基因敲除突变体在产孢量、孢子萌发率和产毒素能力上均极显著低于野生型菌株及互补菌株。这些表型性状差异说明Focr4-1701致病性严重减弱可能是T-DNA插入位点标签基因失活后导致了菌丝体侵染能力下降及产毒素能力降低造成的。

重组蛋白G基因工程菌高密度发酵及其分离纯化347-352

摘要：蛋白G是链球菌细胞壁蛋白,能和哺乳免疫球蛋白结合,在分离抗体研究方面具有重要的作用。重组蛋白G（SPG）基因重组工程菌高密度发酵工艺和SPG分离纯化研究工艺直接影响了蛋白G的应用。通过一级、二级种子培养,转接到发酵罐及控制补料浓度、加入IPTG等条件,考察了接种量、氧气、pH、培养方式等发酵工艺,以及超声破碎菌体、镍柱亲和层析、Sephadex G-25凝胶过滤层析和DEAE-FF离子交换层析分离提取SPG工艺,并用SDS-PAGE检测分离提取效果。高密度发酵能得到至少80g/L的菌体,最高达到150g/L的菌体,每升发酵液可得到1g的SPG。本生产工艺可得到高浓度和高产量的SPG。

差异显示法克隆与小麦低温诱导相关的磷脂酰乙醇胺结合蛋白基因353-358

摘要：本研究利用差异显示技术检测经低温处理的小麦品种＂石新828＂及对照材料中的mRNA,获得2条差异片段序列。经Blast比对后,发现其中一条长为293bp的差异片段序列与小麦的一个冷调蛋白基因的mRNA（GenBank：AB097412.1）同源性为99%。该基因编码的蛋白属于磷脂酰乙醇胺结合蛋白家族,命名为wpebp。经荧光定量PCR分析,wpebp基因的表达量随低温处理时间的增长总体呈上升趋势,表明该基因与小麦的抗寒能力相关。

十字花科黑腐病菌锌吸收调控蛋白中四个半胱氨酸残基的功能分析359-366

摘要：细菌锌吸收调控蛋白（Zur）在调控细胞锌离子平衡中起核心作用。研究发现,大肠杆菌的Zur蛋白（ZurE.coli）中半胱氨酸残基Cys^93、Cys^96、Cys^143和Cys146是锌离子结合位点,是感受锌离子浓度和调控锌离子平衡必需的氨基酸残基。本文研究了十字花科黒腐病菌（Xanthomonas campestris pathovar campestris,简称Xcc）的Zur蛋白（ZurXcc）。序列分析结果显示,ZurXcc的Cys^125、Cys^128、Cys^165和Cys^168是与ZurE.coli的Cys^93、Cys^96、Cys^143和Cys^146相对应的半胱氨酸残基,预示它们可能是ZurXcc中的锌离子结合位点。此外,氨基酸置换结果发现,Cys^125、Cys^128、Cys^165和Cys^168中任何一个被其它氨基酸置换后,ZurXcc即丧失调控锌离子平衡的能力,证明它们是ZurXcc调控锌离子平衡必不可少的,是可能的锌离子结合位点。胞外多糖（EPS）产量和致病力检测结果还表明,ZurXcc调控锌离子平衡、EPS产生和调控致病在结构和功能上都是可以分开的。

基于EST-SSR不同地理的琼枝群体遗传差异研究367-371

摘要：为研究不同海域的琼枝群体的遗传差异,试验对海南麒麟菜保护区内4个地点的琼枝群体进行了遗传差异分析。结果表明：所用的5对EST-SSR引物能扩增获得多态性条带,检测出的观察等位基因数平均为3.4个,有效等位基因数平均为2.006个;琼枝群体的平均基因杂合度（Ave_Het）为0.4891,总体期望杂合度（Exp_Het＊）为0.5320,观察杂合度（Obs_Het）平均值为0.6233;Shannon＇s信息指数在0.6638~0.9896之间;遗传分化显示有20.39%的遗传变异存在于群体之间,79.61%的遗传变异存在于群体之内。上述结果表明麒麟菜保护区内的琼枝群体存在差异。

产纤维素酶真菌的分离筛选、鉴定及其酶学性质分析372-378

摘要：采用梯度稀释涂布选择性平板的方法从腐烂的桉树伐桩中分离筛选出一株产纤维素酶的真菌菌株,将其编号为F01。对菌株F01的羧甲基纤维素、滤纸和结晶纤维素酶活力进行了测定,其酶活力大小分别为4.00IU/mL、0.12IU/mL和0.10IU/mL。形态和ITS序列鉴定菌株F01为木霉属真菌。系统发育分析结果表明,木霉属菌株F01和棘孢木霉T20为一个共同枝,且进化距离较近。菌株F01纤维素酶最适pH和温度分别为4.5和55℃,酶活力在偏酸性条件下稳定且在30-55℃范围内具有一定的耐热性。木霉属真菌F01有较高的纤维素酶活力,其在加快桉树伐桩腐烂进程方面可能具有良好的应用前景。

超声波协同紫外光催化Fenton反应法降解对氯苯酚废水379-383

摘要：本研究以TiO2作为紫外光引发剂,利用超声波协同紫外光催化Fenton反应法降解对氯苯酚废水。研究结果表明,在超声协同紫外光催化Fenton反应的条件下,当光催化处理时间30min,超声功率250W,反应温度30℃,pH值为5,Fenton试剂比1：1,30%H2O2投加量0.5ml/L,TiO2用量0.04g/L时,对氯苯酚的去除率可达到92%以上。动力学模型分析表明对氯苯酚降解反应符合三级反应,20min内的三级反应动力学方程y=0.0065x,反应的速率常数k=0.0065（mg·m^-3）^-2·s^-1,半衰期t1/2=0.0923min。本研究为提高普通Fenton反应中H2O2和Fe^2＋的利用率,降低其处理成本,提供了一种具有氧化效率高、简单快速及成本低的高级氧化技术。

基因组学与应用生物学杂志评述与展望

土壤中高分子量多环芳烃污染微生物修复的问题及对策384-392

摘要：近年来高分子量PAHs所造成的环境威胁日趋严峻,因而受到环境科学家的广泛关注。目前微生物修复是去除土壤中高分子量PAHs的主要措施,但同时也存在局限性。在寻求修复PAHs污染土壤有效途径的过程中,生物修复技术应运而生。本文以微生物修复PAHs污染土壤的理论基础及其难点为主线,全面综述了土壤中高分子量PAHs的微生物降解机理,同时结合当前研究进展以及作者所在实验室前期的研究工作,展望了基于多种修复措施相结合的多环芳烃污染土壤联合生物修复技术的开发与应用前景。