基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2011年第06期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究论文

杨树基因组AMT转运蛋白的生物信息学特性641-648

摘要：本研究中，通过隐马尔科夫模型（HMM）和杨树蛋白质库搜索，共找到17个杨树铵转运体蛋白（PtAMTs）。利用生物信息学方法，我们对杨树家族17条AMT蛋白序列的系统发生和AMT基因组定位进行分析，然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构进行预测和分析，同时还分析了杨树与拟南芥、水稻、番茄、百脉根和欧洲油菜的AMT基因家族之间的联系。二级结构预测结果发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异；仪一螺旋和无规则卷曲为主要二级结构组成部分。同源性比对分析表明，PtAMT基因家族主要分为2个亚家族，AMT1（11个成员）和AMT2（6个成员），基因结果分析表明AMT2亚家族成员不含内含子。杨树AMT蛋白的亚细胞定位分析表明PtAMT主要定位于膜结构上。电子表达图谱分析结果表明：只有XP002309151和XP002334025基因有对应的EST序列，并有相应的电子表达谱，并主要在花蕾表达。

HMMER及同源比对预测大豆病程相关蛋白649-656

摘要：病程相关蛋白（pathogenesis related proteins，PRs）是病理或病理相关环境下诱导产生的一类蛋白，它的产生与积累是植物体应答生物或非生物胁迫的主要特征之一。近年来大量PR蛋白被鉴定，根据它们的结构特征，生物功能以及进化关系等将PR蛋白分为14个家族。然而，在重要的粮食和油料作物的大豆中发现的PR蛋白却很少，本文通过搜索拟南芥、水稻、玉米以及豆科植物所有的已有的PR蛋白，根据其保守结构域利用BLAST程序和HMMER程序同时预测大豆中可能存在的PR蛋白，通过两种方法的预测和比较整合，共得到大豆9个家族的36个PR蛋白序列。并对它们的连锁群分布、基因结构、基因长度及进化关系进行了详细的分析。发现PR家族成簇分布于Gm05、Gm10、Gm13、Gm15、Gm17、Gm19和Gm20等几个连锁群，基因普遍存在序列较短，大部分都小于1000bp，且内含子数目较少，结构相对简单的特点。在PR4家族中，其家族成员亲缘关系都非常相近，而PR1-4和PR1-3等与该家族其它成员亲缘关系较远的情况。本研究结果预测的PR蛋白为大豆抗病育种以及抗病基因工程研究提供了良好的基础，同时为大豆中其它家族基因预测研究以及其它物种基因家族研究提供参考方法。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

3个鸡种GARS-AIRS-GART基因第21号外显子的SNPs检测657-663

摘要：采用PCR．SSCP和DNA测序法对安卡鸡、文昌鸡和如皋鸡中GARS-AIRS-GART基因的第21号外显子进行SNPs检测。结果发现该外显子含4个核苷酸多态位点：G29943A、C29968T、T30011C和C30017T，其中3处为非同义突变，分别为：29943处天冬氨酸（Asp）→天冬酰胺（Asn）、30011处色氨酸（Trp）→精氨酸（Arg）、30017处精氨酸（Arg）→半胱氨酸（cys）；另一处为同义突变。对多态位点进行单倍型分析，发现12种单倍型，其中两种单倍型（5号和6号）的频率超过10％，分别为0．3300和0．1628，1号、3号、9号和10号单倍型频率介于1％～10％之间，其余都小于l％。另外共检测到11种基因型，存在5种等位基因，安卡鸡的D和E等位基因的基因频率较高，基因型与其它两个鸡品种之间都存在着极显著的差异（p〈0．01），表明我国地方鸡种和外来鸡种在遗传组成上存在着差异。本研究将为鸡肉品质相关研究积累基础数据，为今后深入开展肉品质的开发利用奠定理论基础。

家蚕核型多角体病毒的PCR检测及其部分序列分析664-669

摘要：为研究应用PCR技术进行家蚕核型多角体病毒广东株的敏感性检验以及探讨不同地理株系的基因水平的相互关系，本文通过对家蚕核型多角体病毒BmNPV广东株的人工繁殖与纯化，引用了一对根据多角体蛋白基因设计的引物phy35／phy36，对BmNPV的基因组模板DNA进行了PCR扩增，并对其产物进行测序分析。结果显示，PCR技术均可扩增检测出3×10^8个／mL至3×10^2个／mL不同浓度的BmNPV模板DNA，特异目标片段大小约为680bp，且扩增带的亮度随着病毒液浓度的降低而减弱，说明应用引物phy35／Dhy36进行PCR方法可以有效地应用于检测BmNPV病毒感染的家蚕。同时，测序获得了BmNPV广东株多角体蛋白pof佩edrin基因674bp大小的片段，GC含量为46．4％。经过BLAST比对分析，与BmNPV泰国株的相似性为99％，暗示家蚕BmNPV广东株与泰国株的BmNPV（登录号AY779044）亲缘关系非常相近，两者可能属于BmNPV的不同地理株系。通过系统发育树的进一步分析发现，家蚕核型多角体病毒广东株polyhedrin基因部分序列与家蚕NPV分离株s9多角体蛋白基因（DQ231336）关系很近。

浓核病毒感染早期家蚕血液、中肠蛋白表达差异比较分析670-677

摘要：为了探明在浓核病毒镇江株（BmDNV-ZJ）侵染早期，家蚕部分组织蛋白所产生的免疫抵抗性变化机制，本实验采用差异蛋白质组学技术研究分析了BmDNV-ZJ感染早期，家蚕的中肠、血液组织中特异性表达的差异蛋白。实验结果表明：在浓核病毒侵染初期，感受性家蚕的中肠组织受病毒感染而得到特异性表达的蛋白可能为丝氨酸蛋白酶抑制剂和巯基抗氧化酶蛋白，前者具有调控蛋白酶活性和细胞凋亡的功能，后者具有抗氧化的作用。血液组织受病毒感染诱导而产生的蛋白可能是丝裂原活化蛋白激酶和类抗氧化酶蛋白，前者具有调控细胞凋亡的功能，后者具有抗氧化、消除自由基作用。由于试验中所得的差异蛋白点很少，这表明在BmDNV-ZJ感染早期，蚕体对浓核病毒的感染而产生的反应很小。蚕体可通过被侵染的中肠组织（浓核病毒感染的靶部位）P2及血液（免疫组织）共同产生一些抗氧化或调控细胞凋亡的酶蛋白等来抗击浓核病毒的侵染。

罗汉果种子传播小西葫芦黄化花叶病毒的检测678-681

摘要：为了解小西葫芦黄化花叶病毒（Zucchini yellow mosaicvirus，ZYMV）是否能通过罗汉果种子传播。本研究通过取ZYMV阳性的罹病罗汉果植株种子700粒，400粒直接播种于防虫网室中，300粒经表面消毒处理后播种于MS培养基上。最终获得213棵罗汉果实生苗。对所获得实生苗进行生物学鉴定及ZYMV特异性RT-PCR检测，均未检测到ZYMV阳性植株。结果表明ZYMV不能经罗汉果种子传播，或其传播率很低。

Deg2蛋白酶在拟南芥光损伤D1降解及光保护中的作用682-686

摘要：己有研究表明叶绿体内有200种蛋白酶，然而，多数蛋白酶的作用机制尚不清楚，尤其哪些蛋白酶参与了D1蛋白周转。其中Deg2蛋白酶体外实验证明，其参与了光损伤D1蛋白的的初步剪切。为了进一步研究Deg2蛋白酶在植物体内的作用机制，我们筛选了拟南芥De醇蛋白酶功能缺陷型突变体。在120μmol·m-2：·S^-1光照生长条件下，出萨突变体与野生型的生长曲线基本一致；在进一步的高光胁迫（1800μmol·m-2·S^-1）处理及相同的光胁迫处理条件下，无论林可霉素存在与否，突变体PSⅡ的最大光化学效率（Fv／Fm）都和野生型没有区别；利用蛋白免疫印迹实验同样证明了光损伤D1蛋白的降解速度在cfe霞突变体和野生型之间也没有明显区别。我们认为Deg2蛋白酶在光抑制情况下对于光损伤D1蛋白的降解以及PsⅡ的修复不是必需的。

利用黑曲霉β-葡萄糖苷酶催化香兰素葡萄糖苷水解687-690

摘要：本文通过在香兰素葡萄糖苷溶液中加入黑曲霉菌种发酵制取的β-葡萄糖苷酶，进行酶促反应实验，定时取样进行高效液相分析检测，结果表明在反应过程中，溶液中香兰素葡萄糖苷的含量呈逐步下降趋势，香兰素的量呈逐步增加趋势；而在没有加β-葡萄糖苷酶的对照实验中，整个反应过程中香兰素葡萄糖苷的含量基本没有出现什么变化，在反应液中也没有检测到香兰素，这说明黑曲霉β-葡萄糖苷酶能够催化香兰素葡萄糖苷分解为香兰素的反应。

刺五加皂苷合成关键酶基因表达的半定量RT．PCR分析691-696

摘要：根据己克隆的刺五加鲨烯合酶（squalene synthase，SS）、鲨烯环氧酶（squalene epoxidase，SE）和β-香树酯醇合成酶（B—amyrin synthase，bAS）基因序列信息设计引物，通过半定量RT-PCR分析了SS、阳和bAS基因在刺五加不同生长发育时期和不同器官中表达量的变化。结果表明，SS、SE和bAS基因在各生长发育时期和各器官中均有表达，但表达量差异显著（P〈0．05），三者均在盛花期表达量最高，之后降低，进入果实成熟期后豁和bAS的表达量迅速回升，阳无显著变化。册和bAS在叶片和根中的表达量较高，舾表达量的最大值出现在叶片和幼茎中。刺五加SS、SE和hAS基因的表达间存在显著的正相关关系（P〈0．05）。研究结果为讲一步分析关锋酶基因对刺百加三萜皂苷生物合成的影响奠定了基础。

Call for Papers--Molecular Plant Breeding （ISSN 1923-8266）696-696

苎麻纤维不同发育时期差异表达miRNAs的表达谱分析697-702

摘要：miRNA在植物生长发育过程中起着重要的调控作用。本研究从苎麻纤维伸长期和胞壁加厚、端壁溶合期的中苎1号苎麻韧皮组织为材料的miRNA芯片中筛选出3个差异表达的miRNAs：miRl450、miRl56h和miRl72bl。利用半定量RT—PCR技术对3个差异表达miRNAs在4个苎麻纤维发育时期（苎麻纤维分生期，纤维伸长期，胞壁加厚端壁融合期和纤维成熟期）的韧皮组织以及花、叶、根和地下茎等组织和器官中的表达情况进行研究。结果表明供试的3个miRNA在苎麻纤维伸长期和胞壁加厚端壁融合期的表达量均为差异表达，进一步验证了芯片结果，其中mi1450在纤维成熟期表达量最高，在纤维伸长期的表达量最低；mi156h在花、地下茎、根和叶中的表达量显著高于4个苎麻纤维发育时期；mi172bl在纤维分生期的表达量最高，在花中的表达量最低。本研究建立了苎麻miRNA的茎环RT．PCR检测体系，为进一步研究miRNA在苎麻纤维发育过程中的作用奠定了基础。

盐碱土壤与非盐碱土壤微生物的抗盐碱特性703-706

摘要：为了比较分析盐碱土壤与非盐碱土壤微生物资源抗盐碱性差异，本研究利用含有不同浓度Na2CO3、NaHCO3和pH的培养基对盐碱土壤和非盐碱土壤细菌进行培养计数。结果显示：非盐碱土壤出菌数量随Na2CO3、pH和NaHCO3浓度升高而下降，盐碱土壤细菌出菌数量随着Na2CO3、pH和NaHCO，浓度升高先是升高然后下降，最高值分别出现在200mmol／LNaHCO3、50mmol／LNa2CO3和pH9．0的分离平板上。此外，高Na2CO3、pH和NaHCO3浓度的平板中盐碱土壤出菌数量远高于非盐碱土壤；以上结果可见，耐盐碱细菌资源主要集中分布在盐碱土壤中，在非盐碱土壤中虽有分布，但是仅占有很少一部分。

Call for Papers--Bt Research （ISSN 1925-1939）706-706

Ca^2＋、ABA预处理蝴蝶兰类原球茎的脱水保护系统比较及信号传导关系707-713

摘要：CaCl2和ABA溶液及两者联合分别预处理蝴蝶兰类原球茎（PLB）后脱水，对比PLB脱水前后的成活率、脱水保护系统指标变化及Ca^2＋与ABA信号传导关系。结果表明，CaCl2和ABA溶液及两者联合预处理均能明显提高PLB脱水后的成活率。CaCl2和ABA溶液对可溶性糖、蔗糖、还原糖、SOD和总抗氧化能力有相同的效应趋势，对可溶性蛋白、热稳定蛋白含量及POD、CAT活性的作用趋势有所差异。ABA溶液提高PLB耐脱水性的能力被胞质Ca^2＋螯合剂BAPT～AM和钙调蛋白拮抗剂氯丙嗪所削弱，Ca^2＋预处理提高PLB耐脱水能力被ABA合成抑制剂环丙嘧啶醇削弱。在蝴蝶兰PLB的耐脱水性诱导中，Ca^2＋和ABA具有基本相同的生理生化基础，在信号传递中两者互相关联，CaCl2取代ABA用于提高PLB耐脱水性是可行的。

国际著名的CABI收录《分子植物育种》英文版713-713

摘要：CABI根据其内部选择准则即潜在的产出、科学价值以及地理来源评估了《分子植物育种》英文版（Molecular Plant Breeding，ISSN1923—8266），

不同水分胁迫对刺槐生理的影响714-721

摘要：本文以二年生刺槐为供试材料，探讨水分胁迫对其生理的影响，为园林绿地中刺槐的灌溉提供理论指导。结果表明，水淹和干旱胁迫明显影响刺槐的生长。水淹11d后，qP值、ETR值、Fv’／Fm’值和净光合速率的明显下降，qN值上升，19d后植株死亡。中度干旱胁迫（土壤含水量在8％～15％之间）对植株生长有一定影响，表现为净光合速率的下降和qN值上升等；干旱胁迫（土壤含水量低于10％）严重抑制植株的生长，表现为qN值上升，而qP、ETR、Fv’／Fm’和净光合速率下降，处理19d后干旱组植株死亡。轻度干旱（土壤含水量在15％～25％之间）适宜植物生长，表现为3次测定的qP、ETR、Fv’／Fm’、FV／Fm和净光合速率都较高且稳定。土壤含水量日变化在15％～25％以内受轻度干旱胁迫是园林中刺槐的最佳灌溉方式，既不影响景观效果，同时也能节约灌溉用水。

基因组学与应用生物学杂志数据分析

十字花科黑腐病菌中GGDEF结构域蛋白差异的in sillco分析722-727

摘要：近年来，含有GGDEF结构域（含有甘氨酸（G）（2个），天冬氨酸（D），谷氨酸（E），苯丙氨酸（F）保守氨基酸）的蛋白受到重视，已证实含GGDEF结构域蛋白在细胞信号转导、生长和致病性等方面发挥了重要作用。十字花科黑腐菌8004菌株（Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004，Xcc8004）有32个基因编码含GGDEF结构域蛋白，实验证明其中部分蛋白与xcc致病性、胞外酶产生、生物膜形成和泳动等生命活动相关。本文利用互联网提供的生物信息学资源，对Xcc8004不同功能含GGDEF结构域蛋白进行生物信息学分析，着重分析其结构域架构。对蛋白结构域架构整体比较显示，这些蛋白的整体结构域架构具有多样性，共有结构域架构仅有PAS4-GGDEF．EAL（分布于参与致病的蛋白中1；对结构域架构局部比较显示，在参与致病性的含GGDEF结构域蛋白中，PAS4-GGDEF和GGDEF．EAL为共有结构域架构；在参与内切葡聚糖酶产生的蛋白中，PAS4-PAS4、PAS4-GGDEF和GGDEF—EAL为共有结构域架构。本研究结果将为蛋白质功能预测提供线索。

Call for Papers--GMO Biosafety Research （ISSN 1925-1955）727-727