哮喘相关基因与治疗药物的生物信息学分析

作者:黄秀芳; 廖钢; 高运吉; 詹少锋; 黄慧婷; 赖艳妮; 刘小虹

摘要:目的:通过生物信息学技术比较哮喘患者与健康人的基因芯片数据,初步鉴定与哮喘相关的基因以及治疗哮喘的潜在药物。方法:从基因表达数据库下载GSE74986基因芯片,使用GEO2R分析得出差异表达基因,采用Morpheus制作差异表达基因的热图;通过DAVID 6.8对差异表达基因进行基因本体及京都基因与基因组百科全书分析,使用String 10.5构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选核心基因。进一步使用Cytoscape 3.6.1的插件MCODE对差异表达基因进行模块分析。通过医学本体信息检索平台筛选治疗哮喘的小分子药物。结果:筛选出510个差异表达基因,包括29个上调基因和481个下调基因。差异表达基因生物过程与通路主要富集在染色质沉默、核糖核酸聚合酶Ⅱ启动子的转录调节、蛋白质转运、信使核糖核酸加工、核糖核酸剪接以及泛素介导的蛋白水解、内质网中的蛋白质加工、核糖核酸转运、髓样分化因子依赖性Toll样受体信号通路、血小板激活、核苷酸结合寡聚化结构域样受体信号通路等。共得出9个核心基因,包括T-复合蛋白1θ亚基(CCT8),T复合物蛋白1α亚单位(TCP1),26S蛋白酶调节亚单位S10B(PSMC6),热休克蛋白90α(HSP90A) A1,细胞周期蛋白C(CCNC),HSP90AB1,26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基6(PSMD6),泛素特异性蛋白酶14(USP14),真核细胞翻译起始因子4E(EIF4E)。得出2个重要模块,模块里的基因主要涉及剪接体和泛素介导的蛋白水解、蛋白修饰以及核糖核酸修饰等生物过程。治疗哮喘的潜在小分子药物有茴香霉素和金雀异黄素等。结论:差异表达基因和核心基因促进了对哮喘发病分子机制的理解,为哮喘的诊治提供了潜在的基因靶标与治疗药物。

分类:
  • 期刊
  • >
  • 自然科学与工程技术
  • >
  • 医药卫生科技
  • >
  • 中药学
收录:
  • CA 化学文摘(美)
  • 北大期刊(中国人文社会科学期刊)
  • 万方收录(中)
  • 知网收录(中)
  • 国家图书馆馆藏
  • 上海图书馆馆藏
  • CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版)
  • 维普收录(中)
  • 统计源期刊(中国科技论文优秀期刊)
关键词:
  • 哮喘
  • 差异表达基因
  • 核心基因
  • 基因本体
  • 京都基因与基因组百科全书
  • 小分子药物

注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社

期刊名称:中国实验方剂学

期刊级别:北大期刊

期刊人气:12328

杂志介绍:
主管单位:国家中医药管理局
主办单位:中国中医科学院中药研究所;中华中医药学会
出版地方:北京
快捷分类:医学
国际刊号:1005-9903
国内刊号:11-3495/R
邮发代号:2-417
创刊时间:1995
发行周期:半月刊
期刊开本:B5
下单时间:1-3个月
复合影响因子:2.04
综合影响因子:3.51