用生物信息学分析预测绝经后骨质疏松症核心基因与互作miRNA的研究

作者:柴毅; 谭峰; 樊巧玲

摘要:目的 揭示参与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)生理病理过程的核心基因,并预测可能与之相互作用的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法 选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE57273,应用GEO2R和Morpheus分析软件获得差异基因(differentially expressed genes,DEGs),并通过DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)进行功能富集分析。应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络计算DEGs的各个连接度并分析网络集簇模块。由CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA。结果 本研究共获得841个DEGs,其功能主要富集于基因表达过程,细胞大分子生物合成过程等。蛋白相互作用网络共包含523个节点与2 026条连线。本研究列出了前3个集簇模块,同时筛选出10个核心基因:HSP90AA1、EP300、SMARCA2、RANBP2、ASH1L、EIF4E、PTEN、CNOT6L、RPL7、KRAS,并预测出37个miRNA可与其中7个核心基因靶向性相互作用。结论 核心基因与其相互作用的miRNA的发现可能有助于了解PMOP的病理机制,或为药物的开发提供治疗靶点。同时,通过对核心基因富集功能的鉴定为PMOP建立新的科学假说提供依据。

分类:
  • 期刊
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  • 自然科学与工程技术
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  • 内分泌腺及全身性疾病
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关键词:
  • 骨质疏松
  • 绝经后
  • 生物信息学
  • 蛋白互作网络
  • 核心基因
  • 微小核糖核酸

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期刊名称:中国骨质疏松

期刊级别:北大期刊

期刊人气:1383

杂志介绍:
主管单位:中华人民共和国民政部
主办单位:中国老学会和老年医学学会
出版地方:北京
快捷分类:医学
国际刊号:1006-7108
国内刊号:11-3701/R
邮发代号:82-198
创刊时间:1995
发行周期:月刊
期刊开本:A4
下单时间:1-3个月
复合影响因子:2.83
综合影响因子:2.88