摘要：分别以18SrDNA的V4区和V9区为目标基因，采用高通量测序平台和生物信息学方法，分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4（F／R）、V9（F／R）和C4（F／R）3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较，发现自行设计的引物V4（F／R）对真核藻类的扩增特异性高于V9（F／R）和C4（F／R）。高通量测序结果显示，检测样品平均获得68834条原始序列，高质量数据占99％以上，获得基因注释的序列数达94％以上。3对引物V4（F／R）、v9（F／R）、C4（F／R）鉴定的平均微型／微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58，引物V4（F／R）鉴定效率相对较高，同时对细小微胞藻（Micromonas pusilla）、（金牛微球藻Ostreococcus tauri）、密球藻（Pycnococcus provasolii）、抑食金球藻（Aureococcus anophagefferens）、赤潮异弯藻（Heterosigma akashiwo）等优势种检出频率高于引物V9（F／R）。相对已发表的2对引物，设计的引物V4（E／R）对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。