基于转录组数据的荔枝蒂蛀虫SSR位点信息分析

作者:孟翔; 胡俊杰; 李艳华; 欧阳革成

摘要:荔枝蒂蛀虫Conopomorpha sinensis Bradley是专一性危害我国荔枝和龙眼的重要害虫。简单重复序列标记(Simple sequence repeat,SSR)为短串联重复序列或微卫星标记,其在荔枝蒂蛀虫偏嗜选择寄主的遗传进化机制研究和荔枝蒂蛀虫综合治理中具有重要意义。本研究基于高通量测序获得的荔枝蒂蛀虫转录组数据,利用MISA软件从68996条转录组unigenes结果中发掘出10521个SSR位点,出现频率为15.25%。荔枝蒂蛀虫转录组中SSR的主要重复类型为单碱基重复,占SSR总数的66.22%。其次是三碱基重复,占SSR总数的24.94%。在发现的33种重复基元中共筛选获得8种优势重复基元,其中A/T在单碱基重复基元中所占的比例达98.55%。基于筛选的SSR设计的9对引物中,有4对引物得到扩增预期大小的条带。荔枝蒂蛀虫SSR位点的信息分析将为探究荔枝蒂蛀虫种群遗传结构、遗传多样性和进化关系、害虫综合治理等研究提供重要科学依据。

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关键词:
  • 荔枝蒂蛀虫
  • 转录组
  • 简单重复序列
  • 重复类型
  • 重复基元

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期刊名称:环境昆虫学报

期刊级别:北大期刊

期刊人气:1371

杂志介绍:
主管单位:广东省科学技术协会
主办单位:广东省昆虫学会;中国昆虫学会
出版地方:广东
快捷分类:生物
国际刊号:1674-0858
国内刊号:44-1640/Q
邮发代号:46-18
创刊时间:1979
发行周期:双月刊
期刊开本:A4
下单时间:1-3个月
复合影响因子:0.66
综合影响因子:1.34