摘要：一、背景根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》，我国设立了重大科技专项，其中10个涉及国家民生的重大领域民口科技专项（以下简称“重大专项”），由国家投入配套资金（以下简称“国拨资金”），以科研单位和企业为主体进行技术研发。为加强重大专项资金的有效管理，财政部、科技部、发改委于2009年联合了《民口科技重大专项资金管理暂行办法》（财教[2009]218号，以下简称“218号文”）。218号文对重大专项预算管理等作了明确规范，但部分事项尚未明确如何处理，如增值税的进项税额抵扣、重大专项形成结果归属事项等问题，本文针对上述未明确的内容进行探讨。二，重大专项财务管理存在的主要问题及改进（一）重大专项预算调整的合理性重大专项预算，企业初始申报到国家批准立项需要经历漫长的过程。企业从初始在单位内立项时已经着手了相关的行动项和资金投入，待项目最终得到部级批准立项为重大专项，其进度往往已完成大半，其当初项目预算可能只是初步计划，项目在具体执行过程中需要对原有计划进一步论证、试验和修正。项目预算需要在课题结题前需要修正，以达到与实际相一致。218号文要求执行重大专项课题单位每年在8月份上报预算调整，执行单位需要在课题结题前及时按规定时间、程序作相应报批手续，根据预算调整的内容上报相应单位管理级次。