摘要：本研究采集新疆伊犁哈萨克自治州特克斯县4种不同被毛颜色2~3周岁的220只哈萨克母羊血样用于提取DNA,其中黑色被毛羊52只,棕色被毛羊52只,青灰色被毛羊59只,白色被毛羊57只;并采集绵羊左侧肩胛皮肤样本,每种毛色各10个,用于组织形态学观察。本研究运用PCR-SSCP技术及测序技术对MC1R基因及Slc7a11基因多态性及其对哈萨克羊毛色的影响进行研究。运用皮肤样本制作切片用于不同毛色组织形态学观察。结果表明：MC1R基因突变位点在白色和棕色被毛群体中,只存在BB基因型;而在黑色和青灰色被毛群体中,存在AA、AB和BB 3种基因型;且AB基因型均为优势基因型,A等位基因为优势等位基因。由组织形态学观察可知,黑色和青灰色被毛组织毛囊分布极为相似,毛囊分布稀疏且皮脂腺发达;棕色被毛最具特色,毛囊丛分布明显,皮脂腺分布不发达;白色被毛毛囊分布最为密集,且皮脂腺分布密集并且最为发达。经χ~2检验,MC1R基因的基因型频率在4种毛色羊中的分布差异极显著（P〈0.01）。Slc7a11基因位点在伊犁哈萨克羊群体中发现其不存在多态性。