哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析

作者:孙青 蒋细良 庞莉 王丽荣 李梅

摘要:利用Hiseq2500高通量测序平台对哈茨木霉Th-33全基因组进行序列测定,获得196个scaffolds,共预测了10849个基因,平均长度为1776 bp(Gen Bank登录号:PRJNA272949)。以GO(gene ontology)数据库对预测出的基因做基因注释,共注释基因6238个;以KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway database)数据库对预测出的基因做基因注释,有6789个基因注释到279条KEGG代谢途径。KEGG富集分析显示,对氨基苯甲酸甲酯降解代谢通路涉及基因最多,有232个基因;其次是双酚降解代谢通路,有206个基因。利用Rfam数据库对基因组序列进行RNA分类预测,共分为25个类别,包含7123个基因,其中涉及基因最多的为转录后修饰、蛋白质翻转和分子伴侣一类。比较了哈茨木霉、深绿木霉、绿木霉以及里氏木霉基因组中重寄生相关的碳水化合物活性酶、蛋白酶及次生代谢相关基因。研究结果有助于深入了解木霉菌的生防机制、推动木霉菌功能基因的挖掘和利用。

分类:
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  • 植物保护
收录:
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关键词:
  • 哈茨木霉
  • 基因组
  • 基因注释
  • 代谢通路
  • 重寄生相关基因

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期刊名称:中国生物防治学报

期刊级别:北大期刊

期刊人气:1957

杂志介绍:
主管单位:中华人民共和国农业农村部
主办单位:中国农业科学院植物保护研究所;中国植物保护学会
出版地方:北京
快捷分类:农业
国际刊号:2095-039X
国内刊号:11-5973/S
邮发代号:2-507
创刊时间:1985
发行周期:双月刊
期刊开本:B5
下单时间:1-3个月
复合影响因子:1.12
综合影响因子:1.77