链孢粘帚霉寄生核盘菌菌核相关基因的EST生物信息学分析

作者:钟增明 李世东 高会兰 孙漫红

摘要:链孢粘帚霉Gliocladium catenulatum是一种重要的菌寄生真菌,为了明确该菌与寄主核盘菌Sclerotinia sclerotiorum互作中参与菌寄生过程的功能基因,本实验室前期采用抑制消减杂交技术(SSH)构建了消减cD-NA文库。本文从该库里随机挑选420个阳性克隆进行测序分析,结果表明克隆片段大小在200~600bp的序列占81.07%。去除载体和小于100bp的序列,获得391条有效序列,其平均长度为409bp。通过序列拼接得到181个单值基因(unigenes),其中包括27个重叠群(contigs)和154个单拷贝的ESTs(singletons)。将得到的ESTs与NCBI非冗余蛋白数据库(NR)进行BLASTx分析,结果显示有38个基因的编码蛋白与已知功能的蛋白有较高的相似性,其中包括可能与生物防治功能相关的内切葡聚糖酶、脂滴包被蛋白、MFS转运蛋白、过氧化物酶等;有39条序列在NCBI数据库中未找到相似序列,可能为新基因;其他基因的编码蛋白与数据库中功能未知蛋白相似性高。本研究为明确与重寄生功能相关的基因奠定了基础。

分类:
  • 期刊
  • >
  • 自然科学与工程技术
  • >
  • 农业科技
  • >
  • 植物保护
收录:
  • 上海图书馆馆藏
  • 国家图书馆馆藏
  • 维普收录(中)
  • 知网收录(中)
  • 万方收录(中)
  • JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)
  • 北大期刊(中国人文社会科学期刊)
  • CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版)
  • 统计源期刊(中国科技论文优秀期刊)
关键词:
  • 链孢粘帚霉
  • 核盘菌
  • 菌寄生
  • est
  • 寄生相关基因

注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社

期刊名称:中国生物防治学报

期刊级别:北大期刊

期刊人气:1896

杂志介绍:
主管单位:中华人民共和国农业农村部
主办单位:中国农业科学院植物保护研究所;中国植物保护学会
出版地方:北京
快捷分类:农业
国际刊号:2095-039X
国内刊号:11-5973/S
邮发代号:2-507
创刊时间:1985
发行周期:双月刊
期刊开本:B5
下单时间:1-3个月
复合影响因子:1.12
综合影响因子:1.77