RYBP介导白血病细胞凋亡的靶基因预测

作者:李秋兰; 王顺清; 张玉平; 陈晓燕; 谢健晋; 吴亮亮

摘要:目的探讨RYBP介导白血病细胞凋亡的靶基因。方法利用慢病毒介导的RNA干扰技术,建立多批次RYBP基因稳定沉默的HL60细胞株及空载体对照组(NC);通过二代测序技术对不同批次干扰的上述3对细胞进行mRNA测序及miRNA测序,利用KEGG等生物信息学分析方法 ,预测靶基因。结果成功构建RYBP稳定沉默的HL60细胞株。二代测序筛选出明显差异的mRNA及miRNA(P〈0.05)。Pathway显著性富集分析发现表达下调的基因与氨基酸合成,癌症转录调节紊乱,氨基酸代谢等相关的KEGG pathway有关,详见后述;沉默RYBP后,SPI1与hsa-miR-214-3p均表达降低(P〈0.05)。结论RYBP介导白血病细胞凋亡的靶基因可能为:BBC3、BAI1、SESN2、CCNG2、JAK3、STAT4、SPI1、BCL6、CD11b和hsa-miR-214-3p。

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关键词:
  • rybp
  • 白血病
  • 二代测序
  • 靶基因

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期刊名称:实用医学

期刊级别:北大期刊

期刊人气:24637

杂志介绍:
主管单位:广东省卫生健康委员会
主办单位:广东省医学学术交流中心(广东省医学情报研究所)
出版地方:广东
快捷分类:医学
国际刊号:1006-5725
国内刊号:44-1193/R
邮发代号:46-44
创刊时间:1972
发行周期:半月刊
期刊开本:A4
下单时间:1-3个月
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