靶向番茄SlACS2基因CRISPR-Cas9sgRNA的设计和分析

作者:白云凤; 张爱萍; 闫建俊; 贺飞燕; 张维锋; 冯瑞云; 刘江娜; 张西英

摘要:番茄为呼吸跃变型果实,伴随呼吸跃变产生大量乙烯,即系统II乙烯,易使番茄果实过熟,导致腐烂变质。SlACS2是番茄系统II乙烯合成的限速酶,通过CRISPR-Cas9基因组编辑系统修饰该基因,调控系统II乙烯过量表达,将迟滞番茄过熟。本研究基于RNA-seq建立了SlACS2基因的数字表达谱,表明该基因呈果实特异性表达,在植株的根、茎、叶等部位不表达。SlACS2位于番茄1号染色体,含4个外显子和3个内含子。利用在线工具CRISPRdirect和CRISPR-P发现第1、2、3外显子分别具有18、9和11条sgRNA。其中,sgRNA1-14和sgRNA3-8及二者的近PAM的12 nt种子序列在番茄基因组是唯一序列,GC含量高于40%,不存在TTTT终止序列。BLAST结果表明,sgRNA1-14和sgRNA3-8与GenBank公布的8条SlACS2同源序列高度一致,位于该基因的保守区,而与SlACS4和SlACS6的同源序列存在多个SNP,预示这2条sgRNA可用于番茄不同品种SlACS2基因的靶向编辑,并可规避对SlACS家族其它同源基因的脱靶效应。

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  • 生物学
收录:
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关键词:
  • 番茄
  • acc合成酶2
  • sgrna
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期刊名称:生物信息学

期刊级别:统计源期刊

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杂志介绍:
主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
主办单位:哈尔滨工业大学
出版地方:黑龙江
快捷分类:生物
国际刊号:1672-5565
国内刊号:23-1513/Q
邮发代号:14-14
创刊时间:2003
发行周期:季刊
期刊开本:A4
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