生物信息学杂志

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生物信息学杂志 统计源期刊

China Journal of Bioinformatics

  • 23-1513/Q 国内刊号
  • 1672-5565 国际刊号
  • 0.94 影响因子
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生物信息学是哈尔滨工业大学主办的一本学术期刊,主要刊载该领域内的原创性研究论文、综述和评论等。杂志于2003年创刊,目前已被维普收录(中)、知网收录(中)等知名数据库收录,是中华人民共和国工业和信息化部主管的国家重点学术期刊之一。生物信息学在学术界享有很高的声誉和影响力,该期刊发表的文章具有较高的学术水平和实践价值,为读者提供更多的实践案例和行业信息,得到了广大读者的广泛关注和引用。
栏目设置:综述、研究论文

生物信息学 2016年第02期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文
鮰爱德华菌外膜蛋白OmpLC基因的生物信息学分析61-70

摘要:采用PCR方法从鮰爱德华菌基因组中扩增出外膜蛋白OmpLC基因,利用生物信息学相关软件和网络数据库,预测该基因编码产物的基本理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜性、二级结构、结构域及基序、以及三级结构,同时构建OmpLC同源基因的系统发育进化树。结果表明:该蛋白由360个氨基酸组成,分子量为39.407 kD,理论等电点为4.98,不稳定系数为18.26,是一种稳定的强亲水性蛋白,有信号肽,成熟蛋白无跨膜螺区。其二级结构中α螺旋、β折叠和无规则卷曲分别占6.67%、45.28%和48.06%,其空间结构为β桶状,属于OM_channels superfamily的gram_neg_porins成员。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,该蛋白序列与OmpLC 蛋白(AEQ59632、AEQ59639)具有高度同源性,且在系统发育树上与二者聚为一簇。鮰爱德华菌OmpLC的生物信息学分析不仅为进一步探索该蛋白的功能提供参考资料,也为研究鮰爱德华菌的感染和致病机理,研制相关疫苗提供理论依据。

甜瓜蔗糖转化酶基因的密码子偏好性分析71-77

摘要:以甜瓜蔗糖转化酶基因序列为材料,研究甜瓜蔗糖转化酶基因密码子偏好性,为改良甜瓜风味与品质提供理论依据。运用在线分析软件CodonW对甜瓜蔗糖转化酶的编码序列(Codingsequence,CDS)进行密码子分析,利用Mobyle在线工具分析同义密码子相对使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)、Gc及GC1s、GC2s、GC3s含量。甜瓜蔗糖转化酶基因偏好于以A或T结尾的密码子。密码子ATT、GTT和AGA的RSCU值都大于1,属于共同偏好使用的密码子,而密码子GCG、CGG的RSCU值小于1,属于使用频率较低的密码子。发现密码子偏好性与亲缘关系的远近有一定的关系。要实现目的基因在外源表达系统中的成功表达和提高其表达量,可通过增加目的基因剂量,目的基因密码子优化,改善培养条件等方法实现,其中目的基因密码子优化起到了关键作用。

三种隐孢子虫钙依赖蛋白激酶的生物信息学分析78-83

摘要:对三种隐孢子虫(C. parvum Iowa Ⅱ、 C. hominis TU502和C. muris RN66)钙依赖蛋白激酶(Calcium-dependent protein kinases, CDPKs)进行生物信息学分析,探索该蛋白的结构并预测其功能,为其基因功能的研究提供一定的理论基础。通过隐孢子虫基因组数据库收集数据,获得三种隐孢子虫CDPKs蛋白的序列信息,通过生物信息学软件进行分析,预测该蛋白的理化性质、翻译后修饰位点、功能域、亚细胞定位、二级结构、亲/疏水性、抗原表位等。隐孢子虫CDPKs的蛋白性质不稳定,理论分子量从59.76 kDa到76.63 kDa,pI值为5.33~6.09,CDPKs不具有跨膜区和信号肽,不是跨膜分泌性蛋白,都具有蛋白激酶C 磷酸化位点、酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点、cAMP和cGMP依赖蛋白激酶磷酸化位点、N-端糖基化位点、N-端肉豆蔻酰化位点和EF-hand钙结合域,二级结构主要以α螺旋和无规卷曲为主;CDPKs主要存在虫体细胞内,均有20多个潜在的抗原表位。在隐孢子虫中,CDPKs蛋白不仅可单独发挥作用,而且还能通过相互结合发挥其生物学效应;同时,CDPKs有望成为候选疫苗及潜在药物靶点。

鸡Sepp1基因及其蛋白理化性质和分子结构的生物信息学分析84-94

摘要:硒是人和动物生命必需的微量元素,硒的生物学功能是通过硒蛋白来实现的,硒蛋白P(Selenoprotein P,Sepp1)是机体含量最多的硒蛋白。利用生物信息学相关分析软件和比较基因组学的方法,对鸡Sepp1基因序列和氨基酸序列进行理化性质和结构特征进行分析和预测,并与猪、人、鼠、羊、狗等物种进行比较。结果显示,鸡Sepp1的CDS序列和编码的蛋白质与禽类动物相似,但和哺乳类动物之间差别较大;Sepp1的功能特性与硒半胱氨酸含量有关,不同物种Sepp1中硒半胱氨酸含量存在着差异;鸡Sepp1蛋白在第170-200位氨基酸残基区域具有特定理化性质和分子结构,推测该序列可作为调控鸡Sepp1功能的靶位点。研究结果为以后深入研究鸡Sepp1的机体功能、开发富集Se的动物功能性食品提供理论参考。

生物信息学杂志综述
单细胞凝胶电泳应用研究进展95-99

摘要:单细胞凝胶电泳技术是被广泛使用的检测DNA损伤的技术,其具有灵敏度高、简便、经济、快速等各种优点。在近30年来,该技术广泛被应用于遗传毒理、环境监测、医学诊断等研究及各类实验证实方面。近些年单细胞凝胶电泳与荧光原位杂交等其他技术相结合后更是拓宽了它的应用范围,本文主要介绍了单细胞凝胶电泳的原理及优劣,并重点阐明了其在遗传毒理学、细胞凋亡、环境监测、群体生物学、临床诊断与治疗,生物信息学领域上的应用,并讨论了它的发展前景。

生物信息学杂志研究快报
基于设计模板的BRD-like折叠类型综合分类方法100-107

摘要:蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠类型分类是蛋白质折叠研究的基础。构建BRD—like折叠类型模板数据库,建立了基于多模板的综合分类方法,并用于该折叠类型的分类。对实验集的12117个样本进行检验,结果的敏感性、特异性分别为0.923和0.997,MCC值为0.72;对独立检验集2260个样本的检验,结果发现:敏感性、特异性分别为0.941和0.998,MCC值为0.86.结果表明:基于多模板的综合分类方法可用于蛋白质折叠类型分类。

生物化学课程口试训练系统设计与实现108-111

摘要:采用B/S架构设计与实现了一个生物化学口试训练系统。该系统利用C#语言进行开发,底层运用SQL server2005数据库进行数据管理。在系统需求分析的基础上,进行了总体设计和详细设计,主要包括用户注册子系统、考务管理子系统、限时考试子系统、查询成绩子系统、题库管理子系统、阅卷管理子系统等。系统实现后在2011—2012学年试用取得了较好的效果。

基于HP模型的蛋白质折叠问题的研究112-116

摘要:基于蛋白质二维HP模型提出改进的遗传算法对真实蛋白质进行计算机折叠模拟。结果显示疏水能量函数最小值的蛋白质构象对应含疏水核心的稳定结构,疏水作用在蛋白质折叠中起主要作用。研究表明二维HP模型在蛋白质折叠研究中是可行的和有效的并为进一步揭示蛋白质折叠机理提供重要参考信息。

距离约束的HMC采样算法在蛋白质结构预测中的运用117-122

摘要:蛋白质结构预测中,采样是指在构象空间中生成具有最小自由能的状态。传统的采样方法是对自由度直接赋值。这种方法在处理较少的残基时能取得好的效果。但是对于包含100个残基以上的蛋白质结构,由于构象空间的急剧增长,难以得到理想的结构。本文引入深度学习中的HMC(Hybrid Monte Carlo)采样方法,以概率分布为依据对蛋白质的自由度进行采样,能够对包含100、200甚至更多个残基的蛋白质结构进行采样。并且,在采样的过程中加入残基间的距离约束,使得一个结构中,相对于Rosetta的abinitio最多有75%(平均40%)的残基对得到优化,满足距离约束。

基于基因组关联数据识别阿尔茨海默病相关通路123-126

摘要:阿尔茨海默病又称老年性痴呆,是一种复杂的中枢神经系统退行性疾病,本文选取一套阿尔茨海默病全基因组关联分析(GWAS)数据,利用ProxyGeneLD软件进行基因水平上的检验,利用Web Gestalt数据库进行遗传通路分析,识别出320个显著(P〈0.05)的阿尔茨海默病相关基因、8个显著的KEGG通路和41个显著的GO功能类,这些研究结果对进一步揭示阿尔茨海默病潜在的发病机制具有重要意义。