牙龈卟啉单胞菌编码基因重注释研究
摘要：为了确保牙龈卟啉单胞菌生物大分子信息的准确性,对NCBI数据库中的3株牙龈卟啉单胞菌的注释信息进行研究。首先,准备好蛋白质编码与非编码序列正负样本,用基于Z曲线理论的Fisher判别法对正负样本集进行训练,确定一个判断ORF编码或非编码的阈值t0,由阈值作为判别条件来识别所有的ORFs,判断基因片段是否具有编码蛋白质的功能,由此阈值为判别标准排除掉3株牙龈卟啉单胞菌基因组中错误的基因注释信息。然后,用Prodigal基因预测软件对牙龈卟啉单胞菌进行基因预测,基因预测结果与原始功能已知基因进行比对,挑选出具有不同5’终端的ORFs,将这些具有不同5’终端的ORFs与功能已知的基因片段进行比对,找到重叠率小于20%的候选基因。最后,对这些候选基因用Blast进行序列比对找到满足条件的新基因,并为这些新基因添加功能注释信息。基于以上方法共排除了117个非编码的开放式阅读框,并找到了30个NCBI数据库中缺失的编码蛋白质的新基因。hsa-miR-342-3p 生物信息学分析
摘要：通过生物信息学方法预测hsa-miR-342-3p靶基因及其功能机制。检索Pub Med有关hsa-miR-342-3p的研究报道并进行功能分析;检索miRBase获取hsa-miR-342-3p序列;通过Target Scan,Pictar和PITA数据库预测靶基因并取交集,对其进行组织和疾病特异性表达谱分析、功能富集分析（GO enrichment analysis）、信号转导通路富集分析（Pathway enrichment analysis）和蛋白质相互作用网络分析（PPI analysis）。结果发现：hsa-miR-342-3p序列在多物种间具有高度保守性;hsa-miR-342-3p在肾脏组织和急性淋巴细胞性白血病、乳腺癌疾病中表达水平较高（RPM≥1 000）;预测得到14个hsa-miR-342-3p靶基因;靶基因分子功能分别富集于转化生长因子活性、DNA结合和蛋白激酶激活等（P〈0.05）;hsa-miR-342-3p靶基因GO生物学过程主要集中于大分子代谢抑制,肺部组织发育、呼吸系统发育及管状组织发育建成（P〈0.05）;细胞信号通路主要富集于TGF-Beta信号通路、细胞因子、受体作用信号通路及前列腺疾病信号通路（P〈0.01）。hsa-miR-342-3p在体内分布广泛,预测的靶向TGF-Beta信号通路可能在疾病发生中发挥重要调控作用,是具有潜在研究价值的生物学靶标。一个新的玉米黄绿叶突变体ygl-m的初步研究
摘要：在田间选育系谱过程中发现了一份黄绿叶突变体ygl-m,该突变体叶片在苗期自发地表现黄绿色,待植株长到6周大左右植株叶片开始恢复绿色,最后整个植株叶片都恢复正常的绿色。苗期ygl-m与野生型植株B73相比,叶片总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b含量均显著下降,叶绿素a/b比值显著升高;苗期叶片叶绿体中基粒类囊体片层较少,排列不规则,结构松散。遗传分析表明,突变体ygl-m的黄绿叶表型由隐性单基因控制。本研究将为开展ygl-m基因的分子标记定位和进一步探讨其利用潜力奠定基础。与肿瘤相关的计算microRNA组学研究综述
摘要：癌症基因组学研究一直都是肿瘤遗传学研究的重要课题。目前已有许多研究致力于寻找与肿瘤相关的基因。而调控基因表达的miRNA在肿瘤基因组研究中还有很大的研究空间。本文从系统生物学的视角,综述了与肿瘤相关的致病miRNA寻找、表达差异和isomiR的研究现状;最后给出了对近期miRNA组学热点的评述和未来的研究方向。蛋白质折叠识别方法综述（英文）
摘要：蛋白质折叠识别算法是蛋白质三维结构预测的重要方法之一,该方法在生物科学的许多方面得到卓有成效的应用。在过去的十年中,我们见证了一系列基于不同计算方式的蛋白质折叠识别方法。在这些计算方法中,机器学习和序列谱-序列谱比对是两种在蛋白质折叠中应用较为广泛和有效的方法。除了计算方法的进展外,不断增大的蛋白质结构数据库也是蛋白质折叠识别的预测精度不断提高的一个重要因素。在这篇文章中,我们将简要地回顾蛋白质折叠中的先进算法。另外,我们也将讨论一些可能可以应用于改进蛋白质折叠算法的策略。调控胆固醇吸收的分子通路
摘要：机体内的胆固醇失衡会引发多种疾病,如高胆固醇血症、心脑血管疾病等,而其平衡由胆固醇的合成、吸收、代谢和循环共同维持,其中胆固醇的吸收至关重要。胆固醇的吸收主要发生在小肠和近段空肠,受众多蛋白的调控。尼曼-匹克C1样蛋白1（NPC1L1）负责胆固醇的摄取;ATP结合盒转运蛋白（ABCG5/ABCG8）则抑制胆固醇的吸收,酰基辅酶A-胆固醇酰基转移酶（ACAT）催化胆固醇脂化提高胆固醇吸收;ATP结合盒转运蛋白A1（ABCA1）负责外周组织胆固醇的转运,而这些蛋白又受到其他调控因子的影响。解析胆固醇吸收的分子通路对胆固醇失衡相关疾病的预防及治疗具有重大指导意义。因此,本文就调控胆固醇吸收的分子通路进行综述。结合分子相似性、药效团和分子对接筛选新的HIV-1蛋白酶抑制剂
摘要：结合分子相似性、药效团和分子对接建立兼顾计算效率和预测准确度的HIV-1蛋白酶抑制剂筛选方法。首先通过对现有HIV-1蛋白酶抑制剂分子进行相似性分析,选取代表性的HIV-1蛋白酶抑制剂作为模板分子,构建和优化药效团模型,并从1万个化合物中优先筛选出500个化合物。而后采用分子对接方法进一步考察化合物与HIV-1蛋白酶结合情况,得到4个新的活性候选化合物,并进行其结合自由能计算和抗突变性分析。结果表明新候选化合物ST025723和HIV-1蛋白酶表现出较好的相互作用和抗突变性,具有深入研究的价值,同时也证明分子相似性、药效团和分子对接相结合能够快速有效地发现新颖活性候选化合物。反向虚拟筛选平台及应用
摘要：靶标确证是老药新用、药物毒副作用研究的关键。基于分子对接方法 Auto Dock Vina和内部构建的疾病靶标数据库,采用分布式架构,构建了反向虚拟筛选平台。应用该平台对药物吡斯的明进行靶标确证,最终成功找到其靶标乙酰胆碱酯酶,验证了平台的实用性和准确性。《生物信息学》征稿简则
摘要：1期刊简介 《生物信息学》是由中华人民共和国工业和信息化部主管、哈尔滨工业大学主办的公开发行的学术期刊，2003年创刊，国内统一连续出版物号：CN23—1513／Q；国际标准连续出版物号：ISSN1672—5565。
