生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2013年第03期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

基于不同分类模型的基因芯片癌症诊断方法研究161-166

摘要：基因芯片技术的发展为生物信息学带来了机遇，使在基因表达水平上进行癌症诊断成为可能。但基因芯片数据高维小样本的特征也使传统机器学习方法面临挑战。本文利用真实的基因表达数据，测试了目前主要的分类方法和降维方法在癌症诊断方面的效果，通过实验对比发现：基于线性核函数的支持向量机可以有效地分类肿瘤与非肿瘤的基因表达，从而为癌症诊断提供借鉴。

Ydj1p二聚体中β14-β15与domain-Ⅲ分离的拉伸分子动力学模拟研究167-171

摘要：分子伴侣Hsp40是一种以二聚体的形式调控非天然多肽折叠的热激蛋白。本文通过拉伸分子动力学研究了酵母Hsp40家族成员Ydj1p二聚体中β14-β15与domain-Ⅲ的分离过程，深入探讨了影响Ydj1p二聚体稳定性的重要残基和相互作用力。研究表明，残基Thr366、Asp368、Cys370、Leu372和Phe375在Ydj1P二聚体的形成过程中发挥着重要的作用。其中，β14-β15中的残基Thr366和Asp368分别通过与domain-Ⅲ内的残基Asp291、Trp292和Trp292、Lys294之间形成的氢键，Asp368通过与domain-Ⅲ内的残基Lys314形成盐桥，Cys370、Leu372和Phe375则是通过与domain-Ⅲ形成疏水作用力来稳定Ydj1p二聚体结构。

基因外显子连接序列与相应内含子序列的相互作用172-180

摘要：剪接后的内含子与相应mRNA序列的相互作用在基因表达调控过程中起着非常重要的作用。基于27个物种的核糖核蛋白基因序列，采用Smith—Waterman局域比对方法得到外显子连接序列与相应内含子序列的最佳匹配片段，分析了外显子连接序列上的匹配频率分布和匹配片段的序列特征。发现一些低等真核生物EJC结合区域的匹配频率明显低于其它区域，所有物种EJC结合区域的序列构成呈现出相对低的结构序。最佳匹配片段的平均长度和配对率分布与siRNA和miRNA的结合特征相同。推测EJC和内含子在与外显子序列结合的过程中存在相互竞争和相互协作的关系，内含子中部序列在基因表达调控过程中起着重要的作用。

用ID—SVM预测蛋白质的ATP结合位点181-185

摘要：从蛋白质序列出发，对经Dr．G．P．S．Raghava整理和使用过的168条非冗余的ATP与蛋白质结合氨基酸序列进行分段，对ATP与蛋白质结合位点进行了统计分析。在此基础上，利用20种氨基酸的亲疏水性将20种氨基酸约化为6类。以氨基酸组分和6类亲疏水紧邻为参数，用多样性增量（ID）方法将氨基酸组分和6类亲疏水紧邻降维并将降维后的特征参数输入支持向量机中运算，本文运算结果显示用氨基酸组分ID值和6类亲疏水紧邻ID值共同作为特征参数结果最优，在七交叉检验下的预测总精度达到了99．67％，相关系数达到0．9934，好于前人的预测结果。

ChooseMaterials．pl，控制变量挑选实验材料的perl脚本186-191

摘要：用Perl语言编写了一个脚本--ChooseMaterials．pl，通过计算两个材料特定某几列数据之间增加或减少的百分数水平，达到控制变量突出关键因子的作用，方便生物学工作者选取材料，做进一步的实验或分析。

非正态验证性因子分析在基因整体效应中的应用192-195

摘要：针对SNPs数据不服从正态分布的情况，拟采用S-B测度调整估计方法拟合验证性因子模型，进行SNPs整体效应和关联性分析。用GAWl7提供的SNPs数据进行实例分析。本研究随机选取2号染色体上，分布在6个基因之中的13个SNPs作为研究对象，对选取的6个基因做潜变量得分，然后对基因和疾病感染做检验。结果显示：X^2／妒最大似然估计方法的卡方自由度比为3．59，S-B测度调整估计方法的卡方自由度比X^2／df为2．89，最大似然估计方法的RMSEA为0．061，S-B测度调整估计方法的RMSEA为0．052。6个基因对该感染都有影响．由此得出结论，在处理SNPs数据时，使用S-B测度调整估计能得到更好的拟合模型。可以推测这6个基因下的13个SNP位点可能是感染的致病位点。

生物信息学杂志研究快报

猪卵泡抑素基因接拼形式克隆、表达及分析201-208

摘要：猪卵泡抑素基因（Follistatin，FS）具有调控动物生殖活动和肌肉生长的生物功能，但对猪的研究报道很少。本研究克隆了猪卵泡抑素基因两种接拼形式、比较分析其蛋白结构特征、进化关系和组织表达特性。研究结果表明，通过两对引物成功克隆了猪卵泡抑素基因的1045bp（FS—L）和964bp（FS-L）的两种接拼形式；与Genbank中的序列比对表明FS-L和FS-L的CDS序列与人、牛、家鼠、沟鼠、斑马鱼的卵泡抑素基因序列相似性在80％以上。对两种蛋白质结构域的比较发现，FS-L蛋白相比FS-L蛋白而言缺失了一个FS结构域。同源性分析表明，猪与牛的亲缘关系较近，与人、小鼠、沟鼠和斑马鱼的关系相对较远。组织表达分析表明，两种拼接形式在梅山猪不同组织中的表达存在差异，FS-L基因在梅山猪肌肉及生殖系统等组织中均有表达，而FS-L基因则主要在生殖系统中表达。表明FS-L在肌肉生长中发挥作用，而FS-L主要调控动物的生殖功能。

橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因的电子克隆及分析209-215

摘要：利用电子克隆方法获得两条橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因（IDI）的eDNA序列和编码区基因组序列，分别命名为TkIDI1和TklDl2，并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行系统进化、亚细胞定位、活性位点、高级结构等方面的预测和分析。结果显示，TklDI1的eDNA序列长度为980bp，包含一个696bp的开放读码框（ORF），编码232个氨基酸，预测定位于内质网或叶绿体上；TkIDl2的eDNA序列长度为1038bp，包含一个843bp的ORF，编码281个氨基酸，预测定位于线粒体或叶绿体；而他们的截短转录本蛋白定位于胞质中，且都具有过氧化物酶体定位信号。结构分析表明TkIDI1和TkIDI2与植物IDI蛋白同源，活性位点保守，高级结构与其他植物的IDI均具有高度的相似性。

齿肋赤藓热激蛋白60基因的电子克隆和生物信息学分析216-223

摘要：用电子克隆方法获得耐旱苔藓齿肋赤藓的热激蛋白60基因，采用生物信息学方法，对该基因编码蛋白从氨基酸组成、结构保守域、理化性质、信号肽、疏水性／亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域、二级结构、功能域、活性位点、及同源性等方面进行了预测和分析。结果表明：齿肋赤藓热激蛋白60基因全长1841bp，开放阅读框1581bp，编码526个氨基酸残基；编码蛋白含有GroEL保守域，是chaperon-like superfamily家族；亚细胞定位分析显示，编码蛋白位于内质网中；活性化位点分析表明，编码蛋白存在6类活性位点；同源性分析表明，齿肋赤藓热激蛋白60与小立碗藓预测的HSP60同源性最高，达到92％，与卷柏的HSP60次之，同源性达88．83％。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础。

油菜蔗糖转化酶基因的电子克隆和生物信息学分析224-232

摘要：运用电子克隆技术获得油菜中一个蔗糖转化酶基因eDNA序列，同时根据此段序列设计引物以油菜eDNA为模板进行扩增。经测序得到证实。采用生物信息学方法，对该基因编码蛋白从氨基酸组成、基本理化性质、跨膜结构域、信号肽导肽、疏水性／亲水性、二级结构、亚细胞定位等方面进行了预测和分析。结果表明：该基因eDNA序列长度为2150bp，包含一个1779bp开放阅读框，编码592个氨基酸；该编码蛋白含有蔗糖转化酶的多个典型的保守结构域。同源比对分析显示，该基因编码的氨基酸序列与拟南芥等植物的蔗糖转化酶基因具有高度的相似性，进一步确定该蛋白为蔗糖蛋白酶。研究结果为该基因进一步的实验克隆，表达分析，功能鉴定奠定基础。

大黄鱼白细胞介素8基因克隆及特征分析233-236

摘要：白细胞介素8是一种CXC型趋化性细胞因子，在免疫反应中起着非常重要的作用。本文在构建大黄鱼肌肉组织cD-NA文库的基础上，克隆了白细胞介素8基因。克隆到的白细胞介素8全长为2582bp，基因组包含106bp的5’端非编码区，52bp的外显子Ⅰ，168bp的内含子Ⅰ，133bp的外显子Ⅱ，149bp的内含子Ⅱ，87bp的外显子Ⅲ，682bp的内含子Ⅲ，13bp的外显子Ⅳ和1192bp的3’端非编码区，编码序列285bp，编码94个氨基酸。氨基酸序列具有趋化性因子CXC家族的结构特征，在进化上高度保守，与鲈鱼的同源性在90％以上。在检测的大黄鱼的10种组织中，表达量较高的为肾、肝、肠和脾，脑、心和肌肉中表达量较低。

柑橘衰退病毒基因组的简单重复序列分布分析237-242

摘要：柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus，CTV）属于长线性病毒科（Closteroviridae），是目前已知植物病毒中基因组最大的病毒，其引起的柑橘衰退病对全世界的柑橘产业造成着严重影响。本文以在GenBank登录的32条全长CTV基因组序列为材料，分析简单重复序列（Simple Sequence Repeats，SSRs）在其基因组序列中的分布情况。研究结果显示，在所有的CTV基因组中均有SSRs的分布，SSRs重复次数较少，二型SSRs占主导地位，未在CTV基因组序列中发现五型和六型SSRs。在32条基因组全长序列中仅在5条序列中发现四型SSRs。这是首次以柑橘病毒为材料进行的SSRs分析研究。