生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2013年第01期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

基因网络相继故障机理分析1-10

摘要：癌相关基因在疾病发生与发展过程中的作用机理是非常重要的研究课题。现代数据分析方法，为从基因组数据中推断癌相关基因之间的关联，以及分析基因组的作用机理提供了有效的手段。本文根据基因表达谱数据分别建立了正常组织与神经胶质瘤和肾癌的患病组织的基因互信息网络。用以介数为基础的相继故障模型研究了基因网络结构与鲁棒性之间的关系。定义了网络相继故障节点百分比、平均相继故障规模和相继故障规模比例累积概率等衡量网络鲁棒性的结构参数。通过对照组与实验组之间的比对，我们发现实验组网络比对照组网络更加稳定，并将引起网络大规模相继故障的基因称为结构性关键基因。这些结构性关键基因中的一部分已经被证明与神经胶质瘤或肾癌的发生、发展有密切关系。大多数基因被预测在神经胶质瘤和肾癌的发生中起着激励或抑制作用，需要进一步的试验验证。预测信息为研究癌相关基因提供了新的方向。

DNA序列频繁近似模式挖掘11-15

摘要：本文在引入近似度等概念的基础上，构造了频繁近似模式，并证明了相关性质，同时提出了相应的频繁近似模式的挖掘算法（SFAP）算法。实验结果表明该算法能有效挖掘DNA序列中的频繁近似模式，DNA序列中频繁近似模式的挖掘为生物学的相关实验提供基础。

Profile—profile比对方法用于发现远距离同源模板16-21

摘要：基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法，该类方法的成功与否对模板质量的要求较高。为待预测序列找寻合适的模板，本文提出了一种profile—profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对，然后根据比对结果的Z—score得分高低顺序挑选出合适的模板。结果表明：本文的profile—profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI—BLAST，相比PSI—BLAST在测试集上的准确度提高了约14．3％，配对t检验的结果表明准确度的提高具有统计显著性。从而得出如下结论：本文的profile—profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板，并用于指导后续的三级结构预测。

影响因子（IF）即输即现快速查询的实现29-32

摘要：影响因子不仅是期刊影响力和有用性的重要指标，而且往往是科研工作者选择拟投稿期刊时所关注的重要因素之一。随着目前国际期刊数量的迅猛增长，影响因子的快速查询便成为一项重要工作。本文在传统的查询检索服务的基础上，构建了一个人性化的期刊影响因子查询的Web应用IFSearch，提供了一种快捷高效的查询服务，通过实现即输即现搜索的用户体验，提高了查询的便利性与效率，对于作者投稿选择合适的期刊具有一定参考价值（http：／／biocompute．bmi．ac．cn／IF—SearchEngine）。

生物信息学杂志综述

蛋白质功能预测方法概述33-38

摘要：蛋白质是生物体内最必需也是最通用的大分子，对它们功能的认识对于科学领域和农业领域的发展有着至关重要的作用。随着后基因组时代的发展，NCBI数据库中迅速涌现出大量不明结构与功能的蛋白质序列，这些蛋白质序列甚至一跃成了研究的热点。近几十年来蛋白质功能预测的方法不断被完善。由最初的仅基于蛋白质序列或3D结构信息的方法衍生出更多的基于序列相似性、基于结构基序、基于相互作用网络等新方法，这些新型方法采用新的算法、新的研究思路和技术手段，力求得到准确性与普遍性并存，能够被广泛应用的蛋白质功能预测方法。本文综述了近年来蛋白质功能预测的方法，并将这些研究方法分类归纳，各自阐明了每类方法的优缺点。

生物信息学杂志研究快报

人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列分析39-43

摘要：本文以人腺病毒B亚种31条基因组序列及D亚种39条基因组序列为研究材料，利用Imperfect Microsatellite Extractor和DNAMAN软件对这些基因组序列中简单重复序列（SSR）的分布情况进行了系统性分析和比较。分析结果显示：人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列的平均相对密度是十分接近的，但在不同类型SSR中分布情况又有所不同。D亚种中二型SSR明显高于B亚种，在两亚种一型SSR中（A）n、（T）n都是比较多的，而在两亚种二型SSR中的（CG／GC）n表现出了较高的偏好性。在同亚种多序列比对分析中，D亚种表现出了更高的稳定性。B、D亚种中SSR的这种特异性分布可能与它们的进化机制和致病性有关。

基于结构的单绕蛋白聚类图构建与分析44-49

摘要：蛋白质分子进化规律研究是分子进化研究的重点，对揭示生命起源与进化机制有重要意义。本文对已知空间结构及物种信息的单绕蛋白，利用结构比对信息，构建了不同层次单绕样本系统聚类图。分析发现：功能相似蛋白存在明显聚集现象，同一超家族样本基本聚在一个大支中，同一家族样本集中在所属超家族下的小支中，功能约束下单绕样本聚类图与物种进化图有较好对应关系。结果表明：单绕蛋白的结构演化反映了蛋白质功能的约束，特定功能单绕样本的结构差异具有种属特异性，结构演化包含了物种进化信息。

木质素生物合成酶CCR基因的生物信息学分析50-57

摘要：肉桂酰辅酶A还原酶（Cinnamoyl—CoAreductase，CCR）是催化木质素特异途径的第一个关键酶，是调节碳素流向木质素潜在的控制关节点，对木质素单体的生物合成起着重要作用。通过NCBI数据库收集来自裸子植物、单子叶植物及双子叶植物的35条CCR基因的完整信息，对35条CCR基因的cDNA及其编码的氨基酸序列的进化规律、理化性质、结构域、导肽、信号肽、跨膜结构域、亲／疏水性以及蛋白质结构等性状进行了生物信息学分析与预测，构建了CCR基因的系统发育树。分析结果表明，单子叶植物CCR基因中GC的含量明显高于双子叶植物；CCR基因编码的氨基酸序列存在9个保守区域；所编码氨基酸的理化性质基本一致，但单子叶、双子叶及裸子植物的CCR基因编码主要氨基酸的种类和含量存在着差异；CCR蛋白的N-端存在一个脱氢酶／差向异构酶／辅酶I结合蛋白的结构域，无导肽、信号肽及跨膜结构域，属亲水性蛋白；进化树绘制以及同源建模结果表明，CCR基因的进化和植物的进化基本一致，CCR蛋白三级结构模型的空间结构稳定，建模结果可靠。分析结果对于深入研究CCR蛋白在木质素合成中的作用具有一定的理论指导意义。

东方肉座菌EU7—22木聚糖酶和木糖苷酶基因克隆及生物信息学研究58-64

摘要：东方肉座菌EU7—22具有高产半纤维素酶的能力。根据已报道的同属里氏木霉及绿色木霉木聚糖酶，木糖苷酶相关基因序列，设计PCR引物扩增出东方肉座菌内切木聚糖酶（XYNI，XYNⅡ）及β-木糖苷酶（β—BXL）基因。序列经NCBIBlast分析：东方肉座菌xynI基因与里氏木霉xynl基因（X69573．1）的同源性最高达到91％；xyn11基因与绿色木霉xyn2基因（EF079061）同源性最高达到93％；β—bxl基因与里氏木霉β—bxll基因（Z69257．1）的同源性最高达到94％。生物信息学分析表明内切木聚糖酶I和Ⅱ均属于糖基水解酶家族11，N末端前19个氧基酸均为信号肽。内切木聚糖酶1分子量为24．13kD，等电点为7．87，含有3个糖基化位点；内切木聚糖酶Ⅱ分子量为24．44kD，等电点为4．86，含有1个糖基化位点；β-木糖苷酶属于糖基水解酶家族3，分子量为87．27kD，等电点为5．49，N末端前20个氨基酸为信号肽，含有8个糖基化位点。利用SWISS—Model对木聚糖酶，木糖苷酶蛋白质三级结构进行了预测和模拟。对木聚糖酶和木糖苷酶基因及其编码蛋白质的生物信息学分析，为进一步研究这些基因的表达与调控、构建高效利用纤维素组份的工程菌株奠定基础。

家蝇小热休克蛋白（sHsp20．6）的生物信息学分析65-71

摘要：研究家蝇小热休克蛋白sHsp20．6的生物学功能。方法应用生物信息学的方法和工具对家蝇sHsp20．6的理化性质、疏水性、跨膜区和信号肽、膜体分析、二级结构功能域、蛋白质的功能分类预测、多重序列比对与系统发育树构建、三级结构建模进行分析。结果表明：家蝇sHsp20．6是一个亲水蛋白，分子量为20．64kD，等电点为5．66，不具有跨膜区和信号肽，包含有一个HSP20的结构域，主要构成原件为d螺旋和无规则卷曲，三维结构预测显示该蛋白为棒状结构，C端结构域具有7个片层结构。聚类分析显示，家蝇sHsp20．6蛋白与昆虫中的直系同源小热休克蛋白（orthologoussmallheatshockprotein）聚为一类。

基于SVM和平均影响值的人肿瘤信息基因提取72-78

摘要：基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取是发现肿瘤特异表达基因、探索肿瘤基因表达模式的重要手段。借助由基因表达谱获得的分类信息进行肿瘤诊断是当今生物信息学领域中的一个重要研究方向，有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤分子诊断方法。鉴于肿瘤基因表达谱样本数据维数高、样本量小以及噪音大等特点，提出一种结合支持向量机应用平均影响值来寻找肿瘤信息基因的算法，其优点是能够搜索到基因数量尽可能少而分类能力尽可能强的多个信息基因子集。采用二分类肿瘤数据集验证算法的可行性和有效性，对于结肠癌样本集，只需3个基因就能获得100％的留一法交叉验证识别准确率。为避免样本集的不同划分对分类性能的影响，进一步采用全折交叉验证方法来评估各信息基因子集的分类性能，优选出更可靠的信息基因子集。与基它肿瘤分类方法相比，实验结果在信息基因数量以及分类性能方面具有明显的优势。

主编寄语F0002-F0002

摘要：近年来，在一批生物信息学先锋学者的大力推动下，随着国家层面支持力度的不断加大，我国生物信息学科已经有了长足的发展。为了科学、准确地报道我国生物信息理论与技术研发的重要成果和国内外生物信息技术及其产业化的最新进展，2003年经国家新闻出版署正式批准，

《生物信息学》投稿指南F0003-F0003

摘要：《生物信息学》（Chinese Journal of BioInformatics）是由哈尔滨工业大学主办的生物信息及相关领域的国内外公开发行的学术刊物，报道我国生物信息技术研究开发的重要成果和国内外生物信息技术及其产业化最新进展。本刊从2003年9月起创刊，季刊，国内统一刊号CN23—1513／Q，国际连续出版物号：ISSN1672—5565。