生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2012年第04期杂志 文档列表

基于microRNA共调控网络的microRNA调控机制研究229-233

摘要：已有研究通过计算和实验手段，证明了不同的microRNA（miRNA）通过相互之间的合作，来共同调控它们所共有的靶基因。对miRNA之间这种合作行为的特性的研究，能够帮助我们更好的理解miRNA的调控机理。本文建立了一个网络来描述miRNA之间的合作关系，并通过对该网络的分析，得出了四点关于miRNA调控机制的性质。第一，基因靶标数目越多的miRNA倾向于与越多的miRNA伙伴进行合作。第二，进化上保守的miRNA所具有的共调控伙伴的数目显著多于非保守的miRNA。第三，以上的性质是跨物种的存在的（人与小鼠）。第四，miRNA与蛋白质在系统层面性质存在一定的相似。

家蝇转铁蛋白基因的克隆和生物信息学分析234-237

摘要：为了研究家蝇转铁蛋白基因功能，获得全长cDNA序列并对其蛋白序列进行生物信息学分析，利用在线分析程序和相关工具软件分析转铁蛋白基因的开放读码框，分析编码蛋白的理化性质、结构域、并预测其空间结构和功能。结果表明家蝇转铁蛋白基因编码蛋白由622个氨基酸组成，分子量为70．58kDa，理论等电点为5．33，为稳定蛋白，有跨膜区，含有信号肽，该蛋白属于TR—FER保守结构域家族，亚细胞定位于细胞核，二级结构以无规则卷曲为主，功能预测该蛋白具有酶活性。

一种新的蛋白质结构类预测方法238-240

摘要：基于氨基酸的16种分类模型，给出蛋白质序列的派生序列，进而结合加权拟熵和LZ复杂度构造出34维特征向量来表示蛋白质序列。借助于贝叶斯分类器对同源性不超过25％的640数据集进行蛋白质结构类预测，准确度达到71．28％。

基于密度泛函理论研究Watson-Crick碱基对中的氢键特征241-247

摘要：基于密度泛函理论（DFT）研究腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤、胞嘧啶以及腺嘌呤胸腺嘧啶碱基对、鸟嘌呤胞嘧啶碱基对。在DFT—B3LYP／6—31G-水平上利用自然键轨道理论分析研究结果显示，互补碱基对的结构和电子特征有利于氢键的形成。本文中讨论几何结构、电子结构、分子轨道和能量对于氢键形成的影响。此研究结果将有助于更好的理解AT和GC碱基对中氢键与它们的结构特性之间的关系。

Autodock Vina与Discovery Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较248-253

摘要：随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定，从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物，成为了药物发现的一个标准途径。虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验成本。本文介绍了AutodockVina和DiscoveryStudio在基于分子对接法的虚拟筛选中的使用，并对比分析其对β-内酰胺酶活性位点的筛选结果。希望通过这种比较促进虚拟筛选在药物设计领域中的应用，提高耐药基因抑制剂的发现速度。

基于分子对接技术筛选中草药中潜在的H1N1病毒神经氨酸酶抑制剂254-258

摘要：甲型H1N1流感病毒是一种高度接触性急性呼吸道传染病，给人类健康造成了极大威胁。作为一个已经被证明的抗流感药物靶点，神经氨酸酶在流感病毒复制和传播中发挥重要作用，并且其活性中心的氨基酸组成高度保守。本研究中，我们使用分子对接技术筛选从中草药小分子数据库中筛选神经氨酸酶潜在的抑制剂，结果得到4个亲和力高于奥司他韦（Oseltamivir）的化合物，并确定了他们的中草药来源。为从草药中提取，设计以及实验合成新的神经氨酸酶抑制剂提供了一定的依据和指导。

α-螺旋跨膜蛋白拓扑结构预测方法的评价259-263

摘要：在基因组数据中，有20％-30％的产物被预测为跨膜蛋白，本文通过对膜蛋白拓扑结构预测方法进行分析，并评价其结果，为选择更合适的拓扑结构预测方法预测膜蛋白结构。通过对目前已有的拓扑结构预测方法的评价分析，可以为我们在实际工作中提供重要的参考。比如对一个未知拓扑结构的跨膜蛋白序列，我们可以先进行是否含有信号肽的预测，参考Polyphobius和SignalP两种方法，若两种方法预测结果不一致，综合上述对两种方法的评价，Polyphobius预测的综合能力较好，可取其预测的结果，一旦确定含有信号肽，则N端必然位于膜外侧。然后结合序列的长度，判断蛋白是单跨膜还是多重跨膜，即可参照上述评价结果，选择合适的拓扑结构预测方法进行预测。

各地区人类嗜T细胞病毒Ⅰ型的聚类分析264-268

摘要：已有相关文献表明人类嗜T细胞病毒I型（HumanT—lymphotropicvires1，记为HTLV—I）的分布具有区域性，本文旨在提出不同的分析区域性的方法。首先从GenBank中选取来自亚洲、南美洲、非洲的共20条核苷酸序列，用分子生物学软件VectorNTISuite分析各地区序列样本内部的同源性，然后以各序列的氨基酸含量为对象，定义一个全新的公式进行同源性分析，将该结果与其他研究者采用实验的方法的分析结果比较。结果发现不同的分析方法所得的结论均是一致的。这表明：HTLV—I病毒的分布有明显的区域性，文章采用的研究方法对其他流行病学的研究是同样可行的。

蛋白质序列的聚类结构分析269-273

摘要：基于模糊邻近关系的粒度空间，对蛋白质序列进行聚类结构分析。利用MEGA软件计算选取的木聚糖酶序列间的比对距离，引入内积将其转化为模糊邻近关系（或矩阵），再应用算法求解其粒度空间，进行序列的聚类结构分析和最佳聚类确定研究。这些研究为蛋白质序列提供了定量分析的工具。

基于二层特征筛选的HIV-1蛋白酶特异位点预测274-279

摘要：在抗艾滋病治疗中，HIV-1蛋白酶抑制剂发挥着重要作用。对于HIV-1蛋白酶裂解作用位点的研究有助于找到新的治疗靶点。为了对HIV-1蛋白酶特异位点进行预测，本研究用氨基酸索引数据库（AminoAcidIndex，AAIndex）中的531个氨基酸物理化学性质参数直接表征肽样本的结构，通过二层特征筛选，最终将4248个表征参数降为57个表征参数。分别采取四种核函数进行HIV-1蛋白酶特异位点的支持向量机（SVM）建模，并通过10折交叉验证及外部测试集方法来验证建模的准确性。结果表明选取NormalizePolyKernel核函数进行SVM建模效果优于其他核函数（PolyKernel、PUK、RBFKemel），所建立的模型对于训练集的10组交叉验证预测准确率达到93．947％，对于外部测试集的预测正确率达到93．684％。

食物致敏蛋白及其检测方法280-284

摘要：食物过敏是威胁人类健康的一大问题，并随着环境的恶化和新食物资源的出现而趋于严重，因此受到科研工作者，政府职能部门以及消费者的关注。本文就食物来源的致敏蛋白加以分类并对其结构特点进行了概述，同时也介绍了现阶段致敏蛋白的主要检测手段。以期对食品安全有进一步的了解和认识，从而减少因食物过敏造成的危害。

反刍动物体内共轭亚油酸生物合成途径研究进展285-292

摘要：共轭亚油酸是一组共轭双键具有不同位置和几何构象的亚油酸异构体，主要存在于反刍动物的肉及乳中。本文就其中2种具有重要生理功能的共轭亚油酸（C-9，t-11CLA和t-10，C-12CLA）的生物合成途径的研究进行综述，以期了解共轭亚油酸代谢途径及其调控路径，为今后利用合成生物学指导共轭亚油酸的合成奠定基础。

γ-转角的研究进展293-296

摘要：γ-转角是所有转角中数量位居第二的结构，约占整个蛋白质结构的3．4％。γ-转角有助于球形结构的形成，帮助肽链改变折叠方向，因此就更加有必要研究γ-转角的预测方法，从而提高蛋白质二级结构的预测精度。近几十年来关于γ-转角的预测方法越来越成熟，预测精度越来越高。本文综述了近年来对γ-转角研究进展，包括它的研究方法以及预测的准确度等。

金黄色葡萄球菌的检测与清除301-306

摘要：金黄色葡萄球菌（Staphyloccocus aureus）是人类的一种重要病原菌，它广泛存在于自然界中，食品受其污染的机会很多，极易引起中毒事件，危害人们的健康。据美国疾病控制中心报告，金黄色葡萄球菌引起的感染占第二位，仅次于大肠杆菌。因此，有效地检测出金黄色葡萄球菌并将其杀灭，对人们的健康有重大意义。在2012年的iGEM比赛中，哈尔滨工业大学参赛队伍HIT—harbin队利用合成生物学手段将原本属于金黄色葡萄球菌的agr群体感应系统移植到大肠杆菌中，用来检测环境中的金黄色葡萄球菌，并利用溶葡球菌酶来杀灭环境中的金黄色葡萄球菌。为了实验的顺利进行，先对这个新设计的系统进行了计算机模拟，得一些足以指导实验进行的数据。

生物信息学2012年总目次307-308