生物信息学杂志

发表咨询:400-808-1731

订阅咨询:400-808-1751

生物信息学杂志 统计源期刊

China Journal of Bioinformatics

  • 23-1513/Q 国内刊号
  • 1672-5565 国际刊号
  • 0.94 影响因子
  • 1个月内下单 审稿周期
生物信息学是哈尔滨工业大学主办的一本学术期刊,主要刊载该领域内的原创性研究论文、综述和评论等。杂志于2003年创刊,目前已被维普收录(中)、知网收录(中)等知名数据库收录,是中华人民共和国工业和信息化部主管的国家重点学术期刊之一。生物信息学在学术界享有很高的声誉和影响力,该期刊发表的文章具有较高的学术水平和实践价值,为读者提供更多的实践案例和行业信息,得到了广大读者的广泛关注和引用。
栏目设置:综述、研究论文

生物信息学 2011年第04期杂志 文档列表

miRNAs芯片数据的聚类分析与羽扇豆醇抗癌途径预测263-268

摘要:羽扇豆醇是一种植物天然提取物,具有高效低毒的抗癌活性,对于药物开发领域有很高价值。目前对其抗癌机制还不是十分明确。使用TaqMan MicroRNA Assay芯片技术,从羽扇豆醇处理的hela细胞中miRNA的差异表达入手,探索扇豆醇抗癌分子途径。运用聚类分析等统计学方法和targetscan,RNAfold等序列分析工具进行信号组分的预测筛选,再结合对NC-BI,Gene Ontology等大型生物信息数据库的检索,最终在生物信息学层面上,分析得到hela细胞中羽扇豆醇抗癌的分子调控途径,即以受体酪氨酸激酶ERBB4介导的,hsa-miR-23b,hsa-miR-200b等几种miRNA参与的分子通路。

环境基因组学与毒理基因组学研究进展269-274

摘要:环境基因组学和毒理基因组学主要在基因组水平上研究机体对环境因子的应答反应,了解基因-环境交互作用在疾病发生中的作用。环境基因组学和毒理基因组学研究的结合为环境与健康研究开辟了新的方法。本文对环境基因组计划和毒理基因组学的研究目的、内容以及存在的问题和展望进行了综述。

乙型肝炎病毒B2和C2亚型中SSRs的比较分析275-280

摘要:乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)属于嗜肝DNA病毒科(hepadnaviridae),它分布在世界各地并严重危害人类的健康。本文从NCBI的GenBank中下载了106条B2亚型和130条C2亚型的基因组全长序列,以下载的数据为材料,分析简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)在B2和C2亚型基因组序列中的分布情况。结果显示,简单重复序列的重复次数比较少;二型简单重复序列在研究的五种简单重复序列类型中占绝对优势;这可能与B2和C2亚型基因组序列有较高的突变率有关。同时还发现最普遍的SSRs、序列间SSRs的平均相对丰度和平均相对密度在B2和C2亚型中分布情况相似。

区域人群mtDNA序列聚类分析281-284

摘要:人类mtDNA序列是遵循母系遗传的重要生物信息学资源,利用遗传算法和k-modes模型结合的聚类算法,对西安和长沙两个区域人群mtDNA序列进行聚类分析,在分子层次上阐明了西安和长沙两地区人口结构特点。发现西安地区人口是发散性分布,而长沙地区人口具有主导性类群。

甲型流感病毒基因组进化事件检测软件的实现285-288

摘要:目的流感病毒通过跨宿主迁移和基因组重配作用等进化事件引起抗原转换是造成流感大流行的主要原因;传统上利用系统发生树通过进化分析检测这些事件,而进化分析过程复杂并且算法参数较难设定。方法作者曾提出了一种利用基因型谱检测甲型流感病毒基因组进化事件的新方法,弥补了进化分析的这些缺陷。在本文中,利用C++Builder开发工具在Windows平台上实现了基因型谱分析方法。结果利用甲型流感病毒进化事件检测软件,可以快速的检测跨宿主迁移和基因组重配作用等甲型流感病毒基因组进化事件。结论甲型流感病毒进化事件检测软件可以作为流感病毒疫情监测控制中进化分析的辅助工具,无论在病毒基因组进化的基础研究和疾控实践中都将具有很强的应用价值。

环二肽生物活性的研究进展289-291

摘要:随着越来越多的天然产物环二肽被发现,人们对其各种生物活性的研究也随之增多。本文综述了近20年来,在环二肽及其类似物生物活性方面的研究进展,其中主要包括:胞间信息传递、抑制毒素、促癌细胞凋亡和镇痛作用等。

基因本体论的蟾蜍bHLH转录因子功能富集分布292-298

摘要:基因本体论是国际上标准的基因和蛋白质功能知识词汇。利用基因本体论的功能富集分布比较和分析了两种蟾蜍bHLH基因分子功能分布特点。结果发现,两种蟾蜍的bHLH基因均有显著富集分布的GO注释语句,其中转录调控活性(GO:0030528)、转录调控(GO:0045449)、DNA结合(GO:0003677)、RNA代谢过程调控(GO:0051252)、DNA依赖的转录调控(GO:0006355)、转录(GO:0006350)和转录因子活性(GO:0003700)等频率很高,表明这些GO注释是蟾蜍bHLH基因常见的功能;此外,蟾蜍bHLH基因在肌肉器官发育、神经管和眼发育等一些重要的发育或生理过程的基因表达调控中发挥着重要的作用。

利用VBA查找核酸数据库DNA保守序列299-302

摘要:采用VBA编写了查找核酸数据库保守序列的四个相关程序,"导入DNA序列"程序可以将Fasta格式的DNA序列文本文件存放到Excel Sheet1的A列中,保留每个序列的Gi号,删除多余的注释部分;"整理DNA序列"程序可以将DNA序列Gi号存放到A列中,B列为对应Gi号的完整序列;"DNA随机序列"程序可以产生DNA随机序列;"发现DNA保守序列"程序可以将随机序列与下载的DNA序列比对,查找每一种随机序列的出现频率。以大豆基因组序列为实例,说明了这些程序的应用方法。该程序弥补了流行序列比对软件的不足,为PCR设计引物、分析基因功能以及种质资源鉴定等方面提供新的工具。

利用高通量测序快速检测疑似感染患者体内未知病原体303-306

摘要:采用第二代高通量测序技术从复杂的疑似感染患者组织标本中直接快速检测未知病原体。方法:取临床和实验室均不能确诊的病人血液和淋巴组织,进行病毒DNA和RNA的提取,直接用于第二代高通量测序,将测序结果用于生物信息学分析,与本地化的病毒核酸数据库进行比对,寻找潜在的病毒序列。结果:生物信息学分析显示,3901条序列reads与人内源性病毒K113同源;当使用K113特异性引物对经过DnaseI处理的患者和正常个体进行荧光定量RT-PCR时,发现在患者体内K113病毒基因的表达远远高于正常个体,提示该患者可能存在K113病毒的感染。结论:第二代高通量测序可能用于快速检测未知病原体。

几种甲壳动物促雄性腺素结构预测分析307-313

摘要:利用生物信息学方法对目前已知的3种甲壳动物促雄性腺素前体(AGH precursor)和5种类胰岛素促雄性腺因子(insulin-like AG factor)进行分析,探讨了促雄性腺素前体的氨基酸理化特性、信号肽、跨膜结构域、二级结构、motif等,并利用Phyre软件对其三级进行同源性收索。结果显示:促雄性腺素前体包含信号肽,存在跨膜结构域,并和信号肽同位。PDB库中没有找到匹配的motif。3种促雄性腺素前体的二级结构有比较高的相似性,比如都包含两个中心螺旋区。Phyre搜索显示,与8种蛋白的三级结构匹配的均为胰岛素家族的蛋白,这也进一步证实了促雄性腺素前体和胰岛素原的相似性。

拟南芥中影响基因对胁迫响应模式的顺式元件的挖掘314-317

摘要:启动子中关键元件的数量、碱基变化等影响着所调控基因的表达模式。本文基于TAIR数据库的基因组序列和表达谱数据,首先通过BLAST比对和表达模式相关性分析,在拟南芥基因组范围内获得一批启动子序列相似程度很高而下游基因表达模式相反的启动子对,进而借助于PLACE顺式元件库,运用PatSearch软件找到这些启动子对中所含顺式元件种类与数量,并通过Culster聚类,GeneDoc和ContigExpress软件分析,获得了15个能影响胁迫条件下基因表达模式的关键顺式元件,这一发现暗示了生物系统利用较少的调控元件构建稳健与复杂的转录调控系统的方式。

基于知识库的基因组数据整合分析318-321

摘要:数据整合逐渐成为生物数据分析的重要方向。随着高通量技术的广泛应用,基因组序列数据大量产生,而如何充分、高效地整合这些序列数据成为了一个难题。本文从序列角度出发设计了一套新的数据整合方法:序列群富集分析(SequenceSet Enrichment Analysis,SSEA),并用实验数据探讨了其潜在的应用价值,结果显示SSEA能更好的挖掘出序列数据中的复杂生物学信息。

甘蔗几丁质酶基因的电子克隆与生物信息学分析322-326

摘要:用电子克隆方法获得甘蔗几丁质酶基因SCCHI1,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:SCCHI1基因全长1236bp,包含一个完整的990bp的ORF,编码329个氨基酸。SCCHI1基因属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽、交连区、催化区,与高粱等其它植物的几丁质酶基因具有高度的相似性。为SCCHI1基因的分子克隆、功能鉴定和应用提供参考。

几种模式生物基因组中最适密码对和稀有密码对使用的规律性327-330

摘要:以6种模式生物基因组为样本,从密码对的碱基组成及密码子的使用两方面,分析了最适密码对与稀有密码对的使用。结果显示:6种生物的最适密码对rP双碱基TA出现的频数都是最低的,而出现频率最大的双碱墓对于古菌、细菌、真核是不同的;稀有密码对中双碱基TA出现的频数却是最高的,而出现频率最低的双碱基刘·于古菌、细菌、真核是不同的。这说明双碱基的分布与密码对的偏好性有很强的相关性,同时也与基因组进化存在关联。另外,我们也分析了本文的6种生物编码序列叶,最适密码对与稀有密码对的出现频数与密码了的相对使用频率的关系,发现密码对的出现频数与其密码子的使用存在相关性。

鸡MyD88-TIR的同源模建331-334

摘要:髓样分化因子(MyD88)是Toll受体(TLR)信号通路中的一个关键接头分子,在传递信息和介导炎症反应中具有重要的作用。对鸡MyD88(Myeloid differentiation primary response protein MyD88)的TIR(Toll-interleukin1-resistance)区域进行同源建模,并评估其可用性,为进一步研究MyD88与TLR(Toll receptor)相互作用的原理奠定基础。通过结构域分析、模板相似性搜索和序列比对、初始建模、精修和动力学优化,立体化学结构和能量合理性评估,获得未知三维结构的鸡MyD88-TIR三维模型。结果表明,鸡MyD88包含DEATH和TIR两个结构域,所模拟的MyD88-TIR三维模型二面角构象和氨基酸能量分布以及主侧链立体化学特性合理。

分子遗传标记技术在中药材鉴定中的应用335-338

摘要:分子遗传标记技术在中药材品种鉴别中的应用是中药现代化研究的一个重要方面,本文回顾国内外中药分子标记鉴定研究的历史及现状,分析了目前分子标记在中药鉴定应用中存在的问题并提出建议,进而展望这项技术应用的前景。中药材质量的规范化,为中药材遗传图谱的建立指明方向。

基于小波高频系数基因芯片数据的特征提取339-343

摘要:结合小波分析理论与支持向量机理论,构造分类器模型,将前列腺癌基因芯片数据分成癌症和正常两种。本文着重研究小波高频系数基因芯片数据的特征提取,并通过实验对比小波高频系数和低频系数特征提取对分类器性能的影响。其中haar小波3层分解提取高频系数,送入分类器分类后,得到的正确分类率为93.31%。db1小波4层分解提取低频系数,送入分类器分类后,得到的正确分类率为93.53%。小波低频系数特征提取分类效果总体上好于高频系数,分类器性能稳定。

《生物信息学》征稿343-343

摘要:1.征稿范围:生物信息各分支领域及相关领域。包括基因组学、蛋白质组学、糖原组学、高通量药物筛选、组合化学、统计遗传学、生物数据挖掘、生物数据库、生物软件等。2.征稿体例:研究论文、研究简报、综述进展、学科前沿、论坛、技术与方法、研究快讯(Letter)、评论、动态、产业报道、知识产权、新书推介、展会报道等。