生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2008年第03期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

cDNA芯片中重复检测值的处理方法对差异表达基因选择的影响97-99

摘要：采用六套cDNA数据，两种常用的方法处理表达谱中对应同一条Unigene的多条克隆的表达值，分析对利用SAM和T-test筛选差异基因的影响。结果显示：表达谱中对应同一条Unigene的多个克隆之间的相关性不高，并存在许多负相关；两种处理重复检测值的方法对差异表达基因的选择有很大的影响。

猪APOBEC3F基因电子克隆100-101

摘要：从EST序列着手直接寻找新基因，即利用计算机进行同源性和一致性分析、寻找感兴趣的EST、构建包含着EST的重叠群，再进行ORF判定以及蛋白质同源性分析。最终利用生物信息学技术克隆获得了猪的APOBEC3F序列。

Toxoplasma gondii Mei2序列的电子延伸与分析102-105

摘要：Mei2是调控细胞分裂过程的重要蛋白，利用电子延伸技术对Toxoplasma gondii EST数据库中的Mei2同源的ESTs进行了电子延伸，得到3836bp的Mei2同源电子延伸物，利用ORF Finder预测的相应的编码物为496个氨基酸的Mei2-predict protein，对该蛋白质的理化性质及结构进行了相关的预测与分析，结果显示T．gondii来源的Mei2-predict protein含有一个RBD结构域。系统发育分析表明Mei2-predict protein与Plasmodium来源的Mei2亲源关系最近。

基于氨基酸特征序列的蛋白质结构分析106-108

摘要：针对蛋白质序列中氨基酸的核苷酸组成部分及其相关特征信息，提出另外的σ-等序列的概念，并讨论了其主要特征与次要特征，可作为对蛋白质进行定性和定量比较的一种方法，用来判断这些物种的同源性和相似性程度。然后，对所取的全α螺旋，全β折叠和αβ类序列，利用σ-，τ-，στ序列的概念，给出蛋白质序列的相关氨基酸特征序列。同时对三类共18个蛋白质序列进行数值刻划，给出数值刻划图并进行分析。

按蚊防御素基因家族转录模式和启动子的生物信息学分析109-112

摘要：运用生物信息学方法分析冈比亚按（Anopheles gambiae）中防御素基因家族的表达模式和启动子保守区。在ENSEMBL数据库中搜索防御素基因家族序列，然后将基因编号输入angaGEDUCI数据库中进行分析。结果在冈比亚按蚊中存在有4个防御素基因的异构体分子，其中DEF1基因表达模式与其它3个基因存在明显差异。4个防御素基因启动子序列都存在AP-1、GATA-1、GCN4、GR、HNF-3B、TFIID6个转录因子的识别结合位点，表明这6个转录因子是冈比亚按蚊防御素基因家族表达调控所必需的。值得注意的是，DEF1基因启动子序列中存在与性别决定翦关的SOXproteins转录因子的结合位点，暗示DEF1基因的转录调控可能与性别分化有关；而在DEF2基因启动子序列中存在有热激因子（HSTF）的识别结合位点，表明热刺激会调控DEF2基因的表达。

黄瓜CsEXP10基因的电子克隆及生物信息学分析113-116

摘要：以黄瓜CsEXP10 cDN段为信息探针，利用电子克隆和序列拼接方法获得了1191bp的cDNA序列。应用生物信息学软件预测了该蛋白的理化性质、卷曲螺旋、疏水性、信号肽、跨膜结构、糖基位点、活性位点、亚细胞定位及二级和高级结构。结果表明：该蛋白是一个疏水性稳定蛋白，定位于细胞壁，含有4个α-螺旋，11个β-折叠，5个跨膜区域，10个糖基化位点，具有催化域和多糖结合域两个结构域。

小鼠海帕西啶1和2的氨基酸对比分析117-118

摘要：海帕西啶是一种含有25个氨基酸的多肽类激素，在铁代谢过程中处于重要的地位。通过比对小鼠海帕西啶1和2发现，8位的异亮氨酸和25位的苏氨酸在哺乳动物中高度保守，因此认为这两种氨基酸可能对于海帕西啶的铁代谢功能发挥着重要的作用。

生物信息学杂志技术与方法

遗传优化算法在基因数据分类中的应用119-122

摘要：本文提出了一种基于遗传算法的基因微阵列数据特征提取方法。首先对原始数据进行标准化，然后利用方差分析方法对数据进行降低维数处理，最后利用遗传算法对数据进行优化。针对基因数据对遗传算子和适应度函数进行设置，优化数据集选取特征基因，得到较小的特征子集。为了验证选取的特征，利用样本划分法通过判别分析建立分类器进行判定。实验论证此方法具有理想的分类效果，算法稳定、效率高。

基于决策树的红色籽用西瓜数据挖掘123-125

摘要：利用Clementine软件提供的决策树C5．0算法，探索红色籽用西瓜自交系多个数量性状之间的相互制约关系。初步建立了单瓜种子重决策树模型，预测精度达到68％。可据此模型对红籽瓜自交系的各经济性状进行定量分析，为育种生产者进行优良自交系和亲本选配提供决策。

简单快速的序列定位搜索软件GeneGo的开发126-128

摘要：运用Java语言编写了基因定位搜索软件GeneGo，该软件用户界面简洁清晰，操作简单易行，即使初学者也无需耗费大量时间学习软件使用。该软件可用于在基因组序列中快速定位搜索目标序列，进而找到感兴趣的基因，为研究基因功能提供了非常实用的工具。

系统发育谱（Phylogenetic Profile）生成软件129-131

摘要：系统发育谱生成软件（Phylogenetie Profile Generator，PPG）采用Microsoft Visual Basic和Perl两种语言编写，将枸建系统发育谱所涉及的全部过程进行集成，用户只需提供原始的蛋白或核酸序列，软件即可生成所需的系统发育谱，并提供文本和XML两种形式的输出结果。软件具有Windows和Limix两个版本，可提供免费下载。软件下载地址：http：/／life．cnu．edu．cn／kexueyjshow．php？id=56

生物信息学杂志专论与综述

进化稳定对策132-134

摘要：进化稳定对策（ESS）是对策论的核心概念，在进化生物学研究中有着非常重要的意义，该理论被认为是自Darwin以来进化论最重要的发展之一。阐释进化稳定对策基本理论的产生以及几种重要的进化稳定对策模型，并运用进化稳定对策理论解释一些生物现象。

mRNA 5’端发卡结构与翻译的起始调控135-137

摘要：mRNA的5’端大多存在各种由RNA自身折叠形成的发卡结构，这些结构对于核糖体识别mRNA翻译起始位点并与之准确结合往往具有十分重要的意义。简要综述了此类结构的基本特征以及它们在生物体内所起到的调控蛋白质翻译的作用。

图论在RNA二级结构中的应用138-141

摘要：图论是以图为研究对象的数学分支，是一门研究事物对象在图表示法中的特征与性质的学科。鉴于RNA二级结构在功能基因组研究中的重要地位，已发展了用二维图解表示法描述RNA二级结构。文章介绍了用于RNA二级结构图解表示法的两种图，即树图和对偶图的构造规则。并在树图表示基础上产生Laplacian矩阵和相应本征值谱。以有害突变预测和类RNA模体设计的例子，说明图论在RNA二级结构中的应用，同时对可能存在的一些问题做了讨论。

后基因组时代生物信息学的发展趋势142-144

摘要：介绍生物信息学产生背景、发展过程以及研究现状，讨论了后基因组时代分子生物学的主要研究领域功能基因组学、蛋白质组学、比较基因组学、药物基因组学之间的关系。在分析基因组时代和后基因组时代生物信息学所研究内容的差异基础上．说明了基于分层递阶结构的系统结构、特征分析方法以及相应的软件系统开发将成为生物信息学发展的基本趋势之一。

《生物信息学》启事F0003-F0003

《生物信息学》编委会F0004-F0004

《生物信息学》编辑部F0004-F0004