生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2008年第01期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

大鼠肠道系统的高分辨解剖数据集及三维模型的构建1-2

摘要：利用冰冻铣切技术获取的大鼠腹部的断面图像，构建了大鼠肠道系统的高分辨解剖数据集及三维模型，该数据集及模型具有信息丰富等特点。本工作为开展高等动物肠道系统功能与结构关系的“定量研究及系统整合”提供了基础。

Alu中剪接位点的研究3-5

摘要：对Alu剪接位点双碱基的类型、分布进行了分析，发现非标准剪接（不满足GT-AG规则）占很大优势。而且非标准剪接的分布频率会随不同的染色体而变化，在Alu剪接较多的11、12、17号染色体上分布最多。通过对Alu及其剪接住点碱基关联的计算分析，说明在Alu中剪接位点双碱基的这种异常使用主要是由Alu中二联体的关联压力造成的，从而表明这种重复序列对生命活动的多样化起着重要作用。

条斑紫菜6-磷酸海藻糖合成酶基因全长cDNA的电子克隆6-8

摘要：利用日本DDBJ数据库电子克隆了条斑紫菜的6-磷酸海藻糖合成酶基因（pytps），得到全长cDNA序列2727bp；经过ORF finder分析，获得了相应蛋白质的全长序列908Aa，分子量约为101．8kD。将条斑紫菜的6-磷酸海藻糖合成酶与多种模式生物大肠杆菌、裂殖酵母、拟南芥、水稻、秀丽隐杆线虫、黑腹果蝇的同源蛋白进行序列比对得到了聚类分析图表明它们之间具有一定的进化相关性功能结构域预测分析显示PyTPS拥有两个功能结构域Glyco．transf 20 domain和Trehalose．PPase domain，这对于进一步分析蛋白质结构与功能的关系将有很大的启示。

采用基于Gene Ontology的聚类方法研究白血病的遗传异质性9-11

摘要：采用基因表达谱可以研究基因功能模块与疾病异质性之间的关系。根据两套白血病基因表达谱数据，将富集高变异基因的Gene Ontology基因功能模块作为特征功能模块，将疾病样本聚为两类。通过对比原始多类标签，采用聚类评估指标来分析两类化聚类结果的效果，并探讨特征功能模块与疾病异质性之间的关系。实验结果显示：在两套不同的白血病基因表达谱数据中得到的特征功能模块类似，它们对白血病亚型有较强的分型能力。

基于MySQL数据库的植物编码基因数据挖掘初步分析12-13

摘要：利用Linux操作系统的文本过滤技术对通过关键词检索提取NCBI网络数据库的核酸序列和Medline论文摘要快速建立了5种主要植物即拟南芥菜、水稻、玉米、小麦、马铃薯的编码mRNA序列和论文摘要的MySQL数据库，提取的编码序列记录共达到48，900多条，摘要记录达24，000多条，初步分析了这些mRNA序列的主要类型，如包括编码酶蛋白、转录因子等的mRNA序列，并进一步就MySQL数据库数据挖掘可能用于建构基因调控网络进行了初探。

山羊不同组织来源EST片段的生物信息学分析14-17

摘要：利用生物信息学方法，对GeneBank中截至2006年9月收录的全部来源于山羊基因的共计637条表达序列标签（EST）进行了综合及分类分析。结果显示，在来源于绒山羊含毛囊皮肤的392条EST序列中有48条为编码角蛋白或角蛋白关联蛋白的基因；在乳腺来源的245条EST中则无此类基因，而是如免疫球蛋白基因、维生素转运蛋白基因、MHC等诸多种类基因，以免疫和酶类居多。两类不同组织来源的FST相应基因相似之处最显著的是编码核糖体蛋白的基因，其中含毛囊皮肤组织的EST中有15．1％，乳腺组织为21．6％，并且有两种不同组织来源的EST组成的26条基序（contigs）中，编码核糖体蛋白的有17条，高达65．4％。

利用SPSS与AFLP方法对双丰甜菜品种（系）间亲缘关系与系谱分析比较18-21

摘要：作物育种必须调查植物学性状和生物学特征指标数据，来建立种质资源库，利用SPSS多元分析方法克服了传统植物学性状和生物学特征指标难以综合评价的缺陷，探讨利用SPSS统计分析软件对双丰系列甜菜品种（系）间亲缘关系与系谱进行准确性分析，除双丰2号品种块根产量、产糖量和株高三个主成分具有极值影响外，结果基本与亲本分析一致，可以作为亲缘关系与系谱分析的一种辅助工具；通过AFLP获得不同基因型品种的特征带和特征缺失带，表明AFLP技术在甜菜品种鉴定上的应用潜力。但AFLP也具有缺点，主要是标记是共显性的，不能完全区分某一位点是杂合体和纯合体，因而不能更好地估算种群遗传的变异，对种群遗传结构的分析不能提供更多的统计信息，相信随着AFLP分子标记技术的不断完善与发展，将与SPSS统计分析软件一起越来越广泛地利用在种群遗传和系谱分析中。

生物信息学杂志技术与方法

新型粒子群优化算法在多序列联配中的应用22-24

摘要：将粒子群优化算法应用于序列联配，提出了一种改进的粒子群优化算法，该算法在粒子群的进化过程中根据粒子的适应值动态地调整粒子群的惯性权重与粒子群飞行速度范围，提高了算法的收敛速度和收敛精度；针对PSO算法可能出现的早熟现象，引入重新初始化机制，增强了算法的搜索能力，实验表明该算法是有效的。

理论预测果蝇polⅡ启动子25-27

摘要：基于果蝇polⅡ启动予的序列特征，利用结合了离散增量和位置权重矩阵的贝叶斯判别函数对果蝇启动予进行了预测。对预测算法进行10交叉检验。通过比较不同大小训练集对结果的影响，说明了参数选取的合理性和算法的预测能力。同时比较了不同参数的选取对预测结果的影响，从而获得最佳启动子预测结果。预测结果显示成功率达到93％，相互关联系数达到83％。

基于结构域组合信息预测蛋白质相互作用28-30

摘要：基于多个结构域联合作用导致蛋白质间相互作用的假设，提出了一种预测蛋白质间相互作用的新方法。使用支持向量机分析结构域组合对序列的氨基酸理化性质得到其序列特征值，同时采用统计分析的方法获取其频率特征值，最后通过融合上述两种特征估计该结构域组合间发生相互作用的可能性，并以此预测蛋白质间相互作用关系。该方法能够预测所有结构域组合间相互作用关系，且对于蛋白质相互作用关系有着较好的预测效果。

离子阱串联质谱仪质荷比测量误差统计分析31-34

摘要：离子阱串联质谱仪是蛋白质组研究中一种高通量，高灵敏度的分析仪器。目前对影响离子阱质谱仪质荷比测量误差的因素和数据产出后系统误差的校正方法还没有系统的分析。利用两批蛋白质标准品的数据和统计方法分析了离子阱质谱仪质荷比测量误差的分布规律，对测量的质荷比和信号强度对测量误差的影响进行了分析。在此基础上，提出了一种对质谱数据进行系统误差再校正的方法和一种根据信号强度确定误差容限的模型。

生物信息学杂志专论与综述

Isomap的特点及其在基因芯片数据分析中的应用35-37

摘要：基因芯片数据在本质上是非线性的，因此用线性数据分析方法处理基因芯片数据将不可避免的会带来偏差。全面分析非线性降维方法（Isomap）的技术特点以及将其应用到基因芯片数据分析中所需要注意的事项具有一定的意义。

生物信息学及其在蛋白质组学中的应用38-39

摘要：随着基因组学和蛋白质组学的发展，生物信息学在数据处理中的应用已经越来越广泛。作为数据处理中越来越重要的分析手段，蛋白质组学数据库是蛋白质组学的主要内容之一。本文分别从生物信息学的蛋白质双向电泳数据库和基于蛋白质质谱结果的数据库两个方面，概述了发展中的蛋白质数据库的最新动态和有关信息，同时对主要的热门蛋白质组学数据库站点和资源进行了评价和分析。

PCR—SSCP技术及其在植物研究中的应用40-42

摘要：简单介绍了PCR—SSCP技术的原理、方法、特点，并阐述了其在植物研究中的应用及发展前景。

充分利用Bioperl加速生物信息学的研究43-45

摘要：Bioperl是Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集，是世界各地的Perl开发人员在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶，服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家。通过对Bioperl进行了详细的介绍，并利用几个研究中的应用实例充分说明Bioperl在生物信息学研究中的重要地位。

酵母双杂交系统研究进展46-48

摘要：综述了酵母双杂交技术的基本原理和实际应用，以及该技术的发展，并展望了该系统的发展前景。

科学出版社科学出版中心生命科学分社新书推介F0003-F0003

《生物信息学》征稿启事F0003-F0003