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摘要:根据http://www.tigr.org中与小麦几丁质酶基因相关的序列TC187877,设计引物,分别从小麦品种Gamenya和苏麦3号中扩增到大小约为1 000bp的片段。经序列测定和软件分析比较,发现这些片段所编码的蛋白质氨基酸序列,都有CHITINASE-19.1和CHITINASE-19.2的基序,为第II类几丁质酶基因。扩增的核酸序列在GenBank上发表,登录号分别为AY973229和AY973230。
摘要:以牛肝微粒体细胞色素b5(CYB5-BOVIN)为切入点,利用生物学信息学方法获得一系列细胞色素b5家族的成员蛋白,同时对蛋白序列进行多重对齐分析及进化分析,借此为细胞色素b5蛋白的分子设计与构建提供指导意义。
摘要:核盘菌编码AROM蛋白的arom基因已经被克隆测序,本文根据该基因翻译的氨基酸序列用同源模建方法和从头模建方法分析了AROM蛋白各结构域的三级结构和功能位点,以及该蛋白二聚体可能的组装方式。结果表明,核盘菌AROM蛋白的脱氢奎尼酸合酶结构域进一步由N-端含有一个Rossmann折叠的α/β结构域和C-端的α螺旋结构域组成;5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶结构域则由两个相似结构域组成,每个结构域含有不同拷贝数的β折叠和α螺旋;莽草酸激酶结构域的N-端由三个β折叠组成;脱氢奎尼酸酶结构域为(α2β2)3多肽,在N-端有一对反平行的β链,在C-端有loop环;莽草酸脱氢酶结构域含有一个由α/β组成的催化结构域和一个含有Rossmann折叠的NADPH结合结构域。
摘要:统计了大肠杆菌sigma70启动子在不同基因间的分布。计算了683条大肠杆菌sigma70启动子的每个位点六联体的保守性M6(l)值及涨落限,以大于涨落限7.2的21个保守位点的六联体频数作为参数,利用离散增量理论对大肠杆菌全序列进行启动子搜索。结果显示683条启动子序列被全部正确预测且得到126条预测序列,利用启动子在不同基因间的分布和TSS到TIS的距离分布进行二次筛选,推测其中的84条序列是实验未测定的启动子序列。
摘要:提出了一种新颖的复杂疾病驱使的融合SDA-SVM(Stepwise Discriminant Analysis-Support Vector Machine,SDA-SVM)技术的集成基因挖掘方法。该集成方法融合逐步判别分析和支持向量机的优点,能够有效地进行复杂疾病相关基因的深度挖掘,使得挖掘出的基因能够较好地识别疾病类型和亚型。通过将该方法应用于一套弥散性大B细胞淋巴瘤DNA表达谱数据,并与其它基因挖掘方法对比,结果表明该方法挖掘出的基因具有较高的疾病相关性和较强的疾病类型识别能力。
摘要:蛋白质二级结构的预测可以采用建立数学模型,利用计算机来预测问题的解,然后再通过生物学实验来验证,这样可以节约大量的时间和精力,但是数学模型的预测效果如何,相当关键,文章提出基于信息熵的蛋白质二级结构预测算法的准确性评价方法,与现有方法相比,这种方法更全面,不仅能确定阳性率,假阴性率,还能确定预测值与实际值之间的不确定性的减少量。
摘要:随着生命科学的迅猛发展,生物信息量的急剧增加,大量基因芯片的实验数据是公开在Interment网上的,尤其是学术机构在时所使用的实验数据都可以免费提供给研究人员下栽使用。如何能有效地、正确地利用这些数据资源,特别是在利用数据验证算法、训练模型等问题的研究中,查询和使用基因芯片数据库网上资源便显得非常重要。对与乳腺癌基因芯片有关的数据库的数据查询及使用进行研究和探讨。
摘要:从蛋白质序列出发,采用分组重量编码(Encoding Based on Grouped Weight,简记EBGW),并结合最近邻居算法对蛋白质功能进行预测。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的1826条序列进行预测,整体预测准确率与其他基于序列信息的蛋白质功能预测方法相当。实验结果表明基于EBGW编码方案的新方法可有效地应用于蛋白质功能预测。
摘要:dbsNP数据库为广大研究者提供了丰富的SNPs信息,充分地利用dbsNP数据库中的资源将大幅度降低研究成本提高研究效率。结合本实验室的研究工作,对鸡dbsNP数据库的检索和应用进行了一些探索。认为根据研究目的的不同,dbsNP数据库的检索和应用有必要同其它的数据库相结合。
摘要:对堆肥微生物种群分布及其动态变化的研究进行了分析,论述了分子生物技术中的变性梯度凝胶电泳和末端标记限制性片段长度多态性的原理和特点,以及用于研究堆肥微生物的群落结构演变规律,为分析和筛选堆肥中的微生物提供更加有效、快速的信息,促进堆肥技术的发展。
摘要:主要探讨了近年来微生物纤维素酶的研究进展。重点概述了纤维素酶的分子结构、功能、作用机制以及产纤维素酶微生物种类的研究现状,并对该领域的研究问题和前景进行讨论。
摘要:基因组学已经进入到后基因组学时代,破解基因功能是当前的主要任务。生物芯片技术具有高通量,并行性及自动化等特点,将在这一时期发挥重要作用。本文就生物芯片在后基因组学研究中的应用进展,及存在的尚待解决的问题作一综述。
摘要:介绍计算机视觉技术的定义、组成系统和发展状况,总结其在植物学中的应用,指出目前存在的问题以及需要重点解决的关键技术,为今后的深入研究提出了一些建议和方向。
摘要:中药不良反应是当今人们关注的热点问题之一,我国目前对如何正确应对中药不良反应没有制定一种切实可行的措施。中药不良反应的发生直接关系着中药安全性的评价,对中医药的生存和发展事关重大。概括论述了不良反应的原因及对策。
摘要:针对生物信息学本科教学中的教学方法、实验教学、考核办法以及如何与现代教育技术相结合进行了初步的探索,并对如何提高教学效果培养跨学科的生物信息学人才做了深入思考。