生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2006年第04期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

牦牛HSP72基因的结构及生物信息学分析146-149

摘要：克隆测序了牦牛HSP72基因的全序列，并分析了该基因的结构，以及HSP72蛋白的氨基酸组成、等电点、亚细胞定位、跨膜区、疏水，亲水区、结构域、特征位点、密码子偏好性、二级结构等蛋白质性质。结果表明：牦牛的HSP72基因序列全长为1926bp，无内含子，共编码641个氨基酸；牦牛的HSP72基因和HSP72蛋白与普通牛、猪、人相比存在着一定差异，这可能是导致他们之间对温度适应性差异的主要原因之一。

猪CDC16基因的电脑克隆150-152

摘要：利用与人CDC16基因高度同源的猪的EST BP430622、AJ656153、CJ022837和BP161802成功电脑克隆了猪CDC16基因cD．NA全长，结果表明，该基因cDNA全长为2057b，5’-UTR长119bp，3’-UTR长75bp，猪CDC16蛋白由617个氨基酸组成，与人、鼠和酵母的同源性分别为97．6％，95．3％，38．5％，大鼠和小鼠的同源性最高，其次是猪，然后是人。

以C_α-C_α距离为基础的构象空间的可视化研究153-156

摘要：蛋白质结构构象呈现明显的规律，研究其在特定构象空间的分布对蛋白质结构预测和模拟具有重要意义。本文以449个非冗余的高分辨串蛋白质结构为材料，以Ga-Ga距离向量代表蛋白质片段。然后利用主成分分析方法，建立蛋白质片段构象空间的可视化构图，并且单个蛋白质分子可以映射到该空间形成一个顺序连接的路径。从而，可以很直观的分析各长度片段（4-9个残基的片段）的分布情况及其内在的连接关系。图形显示了明显的聚集性，以及各种类型片段与二级结构明显的对应关系。

天蓝色链霉菌Streptomyces coelicolor中几丁质酶C（Chi C）的生物信息学分中析157-159

摘要：利用生物信息学的方法，分析天蓝色链霉菌Streptomyces coelicolor中几丁质酶C（Chi C）的一些基本性质，并针对链霉菌属菌种的几个几丁质酶基因做了进化树，进而验证了天蓝色链霉菌中至少8种几丁质酶的分类；同时对天蓝色链霉菌Streptomyces coelicolor中几丁质酶C（Chi C）蛋白的高级结构作出了预测，得到其编码的属于18家族的蛋白质高级结构图谱。

生物信息学杂志技术与方法

利用C＋＋ Builder实现肿瘤遗传信息数据库的查询和利用160-162

摘要：利用C＋＋ Builder，Microsoft SQL Server 2000数据库和ADO控件构建了肿瘤遗传信息的查询系统。先在数据库中建立肿瘤的生物信息表，通过C＋＋ Builder编写代码，添加ADO控件及其属性设置实现数据库的访问和信息查询。

蛋白质二级结构预测样本集数据库的设计与实现163-166

摘要：将数据库技术应用到蛋白质二级结构预测的样本集处理和分析上，建立了二级结构预测样本集数据库。以CB513样本集为例介绍了该数据库的构建模式。构建样本数据库不仅便于存储、管理和检索数据，还可以完成一些简单的序列分析工作，取代许多以往必须的编程。从而大大提高了工作效率，减少错误的发生。

一种基于时间自动机的基因网络逻辑模型167-169

摘要：最近几年来国外基因组（基因网络）系统逻辑行为的研究新进展——基于有限状态自动机模型的方法，针对该方法的局限性，提出了一种基于时间自动机的基因网络模型，以描述网络行为的时间约束。

基于信息度量的基因网络建模170-172

摘要：基因网络作为生物系统三大网络中最基础的组成部分，是目前系统生物学研究的一大热点。本文分析了目前基因网络。建模的各种方法。井着重分析了布尔网络的建模特点。提出了利用信息理论中的信息熵和互信息方法来分析基因网络的各元素之间的布尔逻辑关系。通过实例分析说明了该方法在布尔网络建模中的有效性。

用于蛋白质结构预测的一种改进模拟退火算法的研究173-175

摘要：将一种模拟退火算法的改进方法——作用遗传交叉算子的并行模拟退火算法PSA／GC，用于蛋白质结构预测的能量最小化问题，通过对三个蛋白质的实际测试，证实了PSA／GC比SA和PSA具有更强的寻优能力，能得到能量值更低的构象。通过对PSA／GC的交叉间隔和交叉手法进行了探讨，得到了有益的结论。

生物活性肽自动查询预测系统176-177

摘要：论述了运用生物信息学方法和计算机技术，快速从由蛋白酶模拟酶解蛋白质而产生的大量未知生物活性的系列肽中，预测有生物活性的肽，以实现生物活性肽功能的预测。主要建立了生物活性肽数据库，应用已有生物活性肽作为序列比对的标准，实行大量未知生物活性的系列肽自动无人值守的和已知生物活性的肽序列比对查询，以发现新物种中包括动物和植物的具有新的生物活性的功能肽。应用该软件系统AQS成功地预测并发现了造血细胞增殖肽、成骨细胞生长肽以及高血压押制肽。

生物信息学杂志专论与综述

生物信息学中的分布式计算178-181

摘要：生物信息学的发展给计算机技术带来了挑战，通过介绍当前在生物信息学研究领域已经得到广泛使用或正在研发的各种分布式计算平台、工具或研究项目，以此来概观生物信息学领域中分布式计算应用的现状。

人血管生成素研究进展182-185

摘要：人血管生成素对正常机体的组织发育和再生具有较重要的生理功能，同时还可能参与肿瘤组织的新生血管生成，在肿瘤转移中发挥病理作用。本文对其分类及生理学作用，基因结构，及在微生物中的过量表达和医学领域的应用作一综述。

益生菌的功效及遗传修饰186-189

摘要：综述了益生菌的作用机理和生理功能，以乳酸菌为例介绍了益生菌的道传修饰作用，并展望了益生菌的发展前景。

分子生物学在禽流感诊断及预防中的应用190-193

摘要：主要介绍了PCR、RT-PCR、基因芯片、基因重组等现代分子生物学技术在禽流感诊断与预防上的应用及研究现状。

生物信息学2006年总目次I0001-I0001