生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2006年第02期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

甲基对硫磷水解酶OPHC2的序列分析及结构预测49-52

摘要：将氨基酸的多序列局部比对、基于结构的序列比对和氨基酸替换忍耐性分析等方法联合起来对甲基对硫磷水解酶OPHC2进行了序列分析，确定出4组保守性功能序列。根据其高级结构发现这类酶具有典型的α/β（TIM）折叠桶结构，由8个折叠结构构成活性中心区域，并且这4组保守序列都位于这8个折叠结构上。通过对这4组保守序列的进一步分析发现当一个序列中同时含有它们时，这个序列为甲基对硫磷水解酶的可能性大于60％。

A型肉毒神经毒素（BoNT／A）基因序列分析及其B细胞表位预测53-56

摘要：比较GenBank中4个不同毒株的A型肉毒神经毒素（BoNT／A）的基因组序列，发现其基因序列的一致性高迭92．2％-99．9％。基于保守性高的BoNT／A氨基酸序列，根据BioSun和LaserGene软件包中的表住分析相关参数，辅以对BoNT／A蛋白的二级结构的分析，综合预测BoNT／A的B细胞表位。结果表明，BoNT／A轻链的142-150、284-292区段，轻链的284-292，重链的440-450、465-480、538-549、699-710、751-760、1087-1095、1224-1231、1263-1270区段是B细胞表位优势区的可能性较大。多参数方案井结合不同软件综合预测BoNT／A蛋白的B细胞表位，为进一步实验鉴定BoNT／A的B细胞表位及其多表位疫苗设计和研究奠定了基础。

稻瘟菌Ⅰ型烯醇化酶基因全长cDNA的电子克隆57-61

摘要：利用电子克隆技术从稻瘟菌中克隆到一个新的Ⅰ型烯醇化酶全长cDNA，暂命为MgEno-1。MgEno-1全长1571核薯酸，其预测的ORF为1317核苷酸，共编码438个氨基酸。起始密码子ATG位于第53位，终止密码子TAA位于第1369位。序列分析表明该烯醇化酶与丝状真菌中已报道的其它烯醇化酶高度同源，且长度一致，这暗示烯醇化酶基因进化上高度保守，甚至有可能像18SrRNA一样可作为进化尺度。这将是第一个用电子克隆技术从稻瘟菌中克隆到的基因。

低温碱性蛋白酶QDAPr的生物信息学分析及同源模建62-64

摘要：对一株来自黄海的假单胞杆菌QD80所产的碱性蛋白酶QDAPr进行了生物信息学分析，并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟，同时对模建结果进行了结构质量的分析和检测。最后对模建的结果进行了初步的实验验证。结果表明：该碱性蛋白酶的等电点为8．52，外源性氨基酸为32．9％，二级结构中α螺旋占5．88％，β折叠片占14．6％，与铜绿假单胞菌的碱性蛋白酶的同源性为76％。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学和生物学功能。同源性分析表明该模建模型含有HEXXHXUGUXH的基元（motif），通过BrAc修饰实验初步验证了活性中心的功能。

生物信息学杂志技术与方法

一种基于多特征的大肠杆菌启动子判别算法65-68

摘要：主要对从一段DNA序列中提取出信息以判别其中是否含有启动子的问题进行了研究。首先从固定长度的序歹4中提取成分特征和结构特征，然后将这些特征输入到一个非线性分类器中进行判别。测试结果显示，在正集＆非编码区负集中，平均错误率降低为13．4％；在正集＆编码区负集中，平均错误率降低到17．0％。表明该方法是非常有效的。

FS2M01．pl，转换片段大小表为0／0矩阵的Perl脚本69-71

摘要：用Perl语言编写了一个脚本——FS2M01．pl来实现片段大小表向0／1矩阵的转换，解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0／1矩阵的问题。

基于后缀列的基因序列最大串联重复查找技术72-75

摘要：重复序列分析在全基因组研究中起着重要作用，其首要任务就是在DNA序列中识别并定位所有的重复结构。本文提出了一种新的算法，此算法基于一种简单的数据结构——后缀数，用于查找给定的DNA序列中所有的最大串联重复。并且在该算法的基础上编写了一个有效实用的软件——RepLocate，同时给出了它应用到已知的DNA序列的实例。

基于图像处理的血液细胞特征提取76-78

摘要：利用数学形态学知识和图像处理方法，对缺铁性贫血的血液显微图像进行了分析，编制了相应的计算程序，对选取的区域内细胞的个数、半径和面积等重要参数进行了统计和处理，这对进一步研究细胞及其组织变化、医学临床诊断等问题，具有一定的指导意义。

基于WWW的生物信息集成检索系统的研制79-80

摘要：生物信息检索和获取成为当前非常重要而紧迫的研究课题，我们采用元搜索引擎技术、JAVA和HTML编程语言研制开发了基于WWW生物信息集成检索系统，该系统提供了统一的检索界面，对15分子生物学数据库和3个通用搜索引擎实现多功能、复合型、全开放的集成检索。该系统为广大从事医学、分子生物学、分子肿瘤学、分子遗传学以度人类基因组的科研人员准确、及时、综合获取多种生物信息资源，具有极为重要而深远的意义。

生物信息学杂志专论与综述

毕赤酵母表达动物传染病病原基因的研究进展81-84

摘要：毕赤酵母表达系统是一种新的真核基因表达系统，由于其有许多突出的优点，如它既有原核生物的特点，又有真核生物的特性，可以对目的蛋白质进行糖基化、二硫键形成等翻译后修饰等特点，越来越受到分子生物学界的重视。已有多种重组蛋白在该系统成功表达，其中许多已被广泛应用于临床诊断治疗或科研工作中。总结了毕赤酵母的表达系统的组成及其在表达动物传染病病原方面的主要研究进展。

微卫星标记及其在动物遗传育种中的应用85-87

摘要：微卫星标记技术一出现，就以其独特的优点引起了动物遗传育种学家的广泛关注，显示出较好的应用前景。本文就微卫星标记的特点及其在动物遗传育种中的应用作以综述。

论生物体的信息代谢88-91

摘要：生物体的信息代谢是指依托生物体物质和能量代谢、建立在生物体各组织结构层次上的由单源信息的出现到互信息的构建到组合信息的形成到信息网络的整合以及由信息网络到组合信息到互信息到单源信息的逐渐崩解的同期性动态链接过程。信息代谢是生命信息进化的高级表现，也是生命的本质；它蕴育着各种生命活动。

环境生物技术信息学及其应用92-94

摘要：通过介绍环境生物技术及生物信息学的产生发展及应用，概述了环境生物技术信息学的内容与应用前景。

乳酪蛋白源生物活性肽的研究进展95-97

摘要：酪蛋白是生物活性肽的重要来源，可以通过体内的胃肠消化和食品加工过程中的酶解将其释放出来。乳酪蛋白源的生物活性肽的生物学意义、对人类健康的影响和其在新型功能性食品加工中的作用具有重要的研究价值。