生物信息学杂志 统计源期刊

生物信息学 2006年第01期杂志 文档列表

生物信息学杂志研究论文

中生菌素生物合成基因zpsA的克隆及序列分析1-4

摘要：利用PCR技术，首次从淡紫灰链霉菌海南变种（Streptomyces Lavendulae var. hainanensis）的基因组克隆出了中生菌素生物合成基因簇中的负责β-赖氨酸活化的zpsA基因。根据国外已报道的诺尔丝菌素肽合成酶基因（npsA）和链丝菌素肽合成酶基因（sttA）的保守序列以及链霉菌基因密码子的偏爱性，设计简并引物；以中生菌素高产菌株UV-69的总DNA作为模板进行PCR，先后得到长度分别为O．284kb、0．611kb、0．34kb和0．371kb的PCR产物，经测序后拼接得到1．025kb的zpsA基因片段。在GenBank中的进行比对分析，发现ZasA与NpsA、SttA的功能相同，都具有非核糖体肽合成醇腺苷酸化域（A域）的功能。

利用基因表达谱挖掘差异表达功能类的稳健性5-7

摘要：Gene Ontology广泛地应用于基于基因芯片数据的差异表达功能类分析。基因芯片技术存在检测缺失与检测误差等问题。本文探讨上述这二个因素对利用基因表达谱挖掘Gene Ontology中差异表达功能类的影响。结果显示，差异表达功能类对于检测缺失与检测误差干扰等有一定的稳健性。

基于线性判别分析的基因表达数据分类方法研究8-12

摘要：由于基因表达数据高属性维、低样本维的特点，Fisher分类器对该种数据分类性能不是很高。本文提出了Fisher的改进算法Fisher-List。该算法独特之处在于为每个类别确定一个决策阀值，每个阀值既包含总体样本信息，又含有某些对分类至关重要的个体样本信息。本文用实验证明新算法在基因表达数据分类方面比Fisher、LogitBoost、AdaBoost、k-近邻法、决策树和支持向量机具有更高的性能。

古菌信使RNA 5′和3′非编码区特性研究13-15

摘要：利用x^2分析方法，对6种古菌起始密码子上游和终止密码子下游各50位非编码区进行了分析。结果表明，Methanopyrus kandleri和Aeropyrum pernix中存在一个与大肠杆菌SD序列极为相似的高保守区（φ区）。但φ区的核苷酸并不能和其16S rRNA 3′端序列的反SD序列很好的配对；Pyrobaculum aerophilum缺乏φ区，但在其起始密码子上游20～30核苷酸处却存在另一个高度保守的区域，该区域在大肠杆菌和酵母中均缺乏；而其它3种古菌却同时存在这2个区域。6种古菌在终止密码子下游第一位的核苷酸非常保守，存在四核苷酸终止信号；在终止密码子后约20个核苷酸范围内保守性相对较高，其中某些核苷酸在翻译终止过程中可能发挥调控作用。

生物信息学杂志技术与方法

基于Web的高校实验中心网站的建设16-18

摘要：采用基于Web三层结构的系统结构，利用PHP技术与MySQL网络数据库的结合实现了基于Web的高校实验中心网站的设计与开发，并介绍了网站的基本内容及强大功能。

对预测蛋白质结构的拟物算法的分析和改进19-21

摘要：对预测蛋白质空间结构的拟物算法的有效性进行理论分析，证明用该拟物算法求得合法的结构存在较大的随机性；给出折叠结构发生冲突的判断条件和提高拟物算法有效性的一些修正方案。

球毛壳菌（Chaetomium globosum）EST生物信息分析数据库的建立22-25

摘要：用基因本体论（Cene Ontology，GO）中的相关的规范术语和BLAST分析结果来对球毛壳菌EST及CONTIG序列信息进行注释，利用GO的语义模型构建不同物种数据库之间的语义联接，在此基础上建立球毛壳菌EST生物信息分析数据库，在概念和联系层面上有效地解决了不同物种生物信息的整合问题，实现了对球毛壳菌生物信息学数据智能化的多重、复合和交叉检索。为球毛壳菌生物信息学的进一步研究奠定了坚实的基础。文中详细论述了基于GO的球毛壳菌EST生物信息学数据库的研究背景、建立过程、查询功能及其维护。

生物信息学杂志专论与综述

神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用26-29

摘要：介绍了蛋白质二级结构预测的研究意义，讨论了用在蛋白质二级结构预测方面的神经网络设计问题，并且较详尽地评述了近些年来用神经网络方法在蛋白质二级结构预测中的主要工作进展情况，展望了蛋白质结构预测的前景。

DNA内电子传递特性的研究进展30-33

摘要：评述了近年来对DNA的电子传递特性的研究进展，并介绍了关于DNA电子传递机制及理论的研究结果。同时，结合从无序体系的角度研究DNA内电子传递特性的工作，对围绕DNA内电子传递问题的争论要点以及尚存在的问题进行了探讨。

酵母双杂交在植物功能基因组研究中的应用34-37

摘要：扼要介绍了酵母双杂交技术的原理，详细评述了该技术在植物功能基因组中的研究进展，并结合自己研究领域对该技术在植物领域发展方向作了展望。

插入突变在功能基因组学研究中的应用38-40

摘要：插入突变库的构建是功能基因组学研究的一个重要内容，可为确定基因的功能提供最直接的证据。构建插入突变库的方法有T-DNA插入突变、转座子插入突变和质粒介导的插入突变。本文分别介绍三种方法的原理及其在功能基因组学研究中的应用和研究进展。

自然语言处理技术在生物信息学中的应用41-44

摘要：从信息处理的角度来看，生物信息学与自然语言处理中的许多问题是非常相似的，因此，可以将一些自然语言处理中的经典方法应用到生物信息学文字中。本文介绍了自然语言处理和生物信息学中共有的问题，如比对、分类、预测等，以及这些问题的解决方法。通过对两个领域形似问题的分析可知，优秀的自然语言处理技术也可用来解决生物信息学方面的问题，并且一些还未在生物信息学领域得到应用的自然语言理解技术也有其潜在的应用价值。最后给出了一个分类问题的解决方案，演示了如何在生物数据上应用算法进行实验。

二磷酸腺苷核糖多聚酶的研究进展45-48

摘要：二磷酸腺苷核糖多聚酶[Poly（ADP-Ribose）Polymerase，PAPe]是一类具有重要生理功能的蛋白酶。PARP能催化二磷酸腺苷核糖多聚化反应。二磷酸腺苷核糖多聚化对DNA修复和基因组稳定性起着重要作用。但PARP的过激活与许多疾病的病理机制有关。介绍了PARP的结构和功能，PARP家族的同族体以及PARP在一些疾病病理机制中的作用。

《生物信息学》征稿启事F0003-F0003

中国学术期刊综合引证年度报告（2005）F0003-F0003