摘要：为揭示水稻秸秆还田对土壤真菌群落结构的长期影响，采用荧光定量PCR和PCR-DGGE技术分析了秸秆还田90，180，270 d和360 d的土壤真菌基因丰度和群落结构组成演变趋势，并利用冗余分析（RDA）研究土壤真菌群落结构变化与环境因子的关系。结果表明：随着秸秆还田时间的增加，土壤真菌群体数量和多样性指数（H、R和E）显著增加，在360 d时达到最高。对DGGE图谱的特征条带进行胶回收、测序，系统进化分析表明，土壤真菌主要种群包括：接合菌（Zygomycete sp.）、盐腐霉菌（Pythium salinum）、肉盘菌（Uncultured Sarcosomataceae）、牛粪盘菌（Ascobolus stercorarius）、大链壶菌（Lagenidium giganteum）、青霉菌（Penicillium sp.）、曲霉属真菌（Aspergillus sp.）和疏绵状丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）、灰绿曲霉菌（Aspergillus glaucus）、禾谷多粘菌（Polymyxa graminis）和枝顶孢霉菌（Acremonium sp.），其中青霉菌（Penicillium sp.）、曲霉属真菌（Aspergillus sp.）和枝顶孢霉菌（Acremonium sp.）具有纤维素降解能力，而枝顶孢霉菌（Acremonium sp.）在90 d时成为新的优势菌群。RDA分析表明，90 d和180 d秸秆还田与对照土壤的真菌群落结构较为类似，270 d和360 d的秸秆还田与对照土壤的真菌群落结构发生了明显变化。土壤有机碳、pH和速效磷是引起土壤真菌群落结构及多样性变异的主要因素。