摘要：孢囊在甲藻的生活史中发挥重要作用,福建省九龙江从2009年起,暴发多次拟多甲藻水华事件。采用显微镜观察和单细胞PCR技术,对九龙江西陂库区2012—2013年不同月份沉积物中的甲藻孢囊进行种属判定,并对甲藻孢囊的分布及其影响因素进行分析。结果表明,西陂库区沉积物中的甲藻孢囊主要为拟多甲藻属,约占80%,其次为裸甲藻属,发现了2009年水华的优势种佩式拟多甲藻（Peridiniopsis penardii）孢囊。库区沉积物中甲藻孢囊的丰度在（13.7±1.2）—（105.2±8.3）个/g干重之间。多元相关分析结果显示甲藻孢囊的丰度与含水率呈现显著正相关性（P〈0.05）,反映了甲藻孢囊沿水流方向逐渐积累。本研究结果填补了国内水库甲藻孢囊鉴定和萌发的研究空白,为九龙江甲藻水华的防治提供科学参考。