摘要：褐马鸡（Crossoptilon mantchuricum）是中国特有濒危鸟类，国家一级保护动物。为了保护褐马鸡种质资源，保障驯养繁育种群和再引入种群的遗传基因结构优化，采用ISSR分子标记技术，对山西庞泉沟国家自然保护区和太原动物园两个种群35个褐马鸡进行了亲缘关系分析。从20条ISSR引物中筛选出10条扩增条带清晰稳定、重复性好的引物，共扩增出65条DNA条带，其中77％呈多态性。两个种群各个体之间的Nei’s无偏差遗传距离和遗传相似度分析表明：个体间遗传相似性的平均值分别为0．5061与0．7591，遗传距离的平均值分别为0．4939与0．2409。用组平均法对35个褐马鸡个体进行聚类分析，结果显示：大多数同一种群的个体首先聚在一起，显示出生态地理条件相似的种群亲缘关系较近。