摘要：重点流域水生态功能一级二级分区研究是当前我国正在开展的一项重要工作，如何进行科学、合理的分区是值得深入探讨且亟待回答的重要问题。从水生态功能分区与水生态区划的关系、水生生物在分区中的应用、以及如何选取合适的定量分析方法等方面入手，阐述了对分区目的、指标体系和技术方法等关键问题的理解。并建议：（1）统一选用流域水生态系统结构、功能空间差异的环境驱动因子作为分区指标体系；（2）用生境尺度的水环境、水生生物指标来验证分区结果；（3）尽可能统一定量分析方法，以便为不同流域间分区结果的比较，以及为将来在全国尺度上开展分区工作奠定基础。