摘要：对中国东南沿海4个日本囊对虾地理群体16S rRNA基因片段进行了序列测定和分析。在获得的467bp序列中,共检测到45个变异位点,多态位点比例为9.64%。具有10种单倍型,三亚群体单倍型多样性最高（0.900±0.161）。各群体的核苷酸多样性（π）为0.0007～0.0082,其中三亚群体核苷酸多样性最为丰富,远高于湛江、北海和海口群体。群体间遗传分化指数（Fst）为0.000～0.945。结合已报道的16S rRNA基因序列,构建了NJ分子系统树,中国海域日本囊对虾可分为3支。香港至台湾沿岸所有单倍型聚集为一分支,湛江、海口和北海群体内的所有单倍型聚集成另一分支,两分支分别属于已报道的变种Ⅰ和变种Ⅱ,但三亚群体内的4个单倍型单独聚集成一分支,与前两分支的核苷酸序列差异大（7.95%～8.35%）,遗传分化明显,可能为一亲缘关系很远的新种（或变种）。研究结果可为日本囊对虾的资源管理和遗传选育提供参考。