摘要：采用生物信息学方法,从塔玛亚历山大藻的ESTs数据库中筛选微卫星（Simple Sequence Repeat,SSR）位点,设计SSR引物,利用毛细管电泳对4株塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）、2株相关亚历山大藻（Alexandrium affine）和1株链状亚历山大藻（Alexandrium catenella）进行种内、种间遗传多样性分析,获得以下主要结果：（1）从6830条非冗余的ESTs中共查找到222个SSR,平均每18.5kb就有一个SSR,三核苷酸重复在所有的重复类型中所占比例最大,达到48.2%,重复单元CTG/CAG出现频率最高。进一步筛选出12条SSR引物,用于遗传多样性分析。（2）种内遗传多样性水平整体偏低,多态性引物比率仅为41.67%,Nei’s基因多样性平均为0.2130。种间遗传多样性水平较高,多态性引物比率为75%,Nei’s基因多样性平均水平为0.4643;另外,种间遗传分化系数较高,平均水平为0.7051。（3）对7个样品的聚类图分析发现,A.tamarenseCCMP116与A.affineCCMP112遗传距离极为接近;A.tamarenseATHK9301、CCMP1598和ATDH01相互聚在一起;A.catenellaACDH01与A.tamarense分属两枝。以上结果表明,SSR标记在亚历山大藻种内遗传多样性分析方面是一种非常有用的工具。