摘要：通过分析包括我国10个家牦牛品种（类群）在内共296个样本的mtDNA控制（D-loop）区部分序列的遗传变异,对我国家牦牛的遗传多样性、遗传分化、聚类关系和分类进行了研究。所测序列经比对后,共检测到61个变异位点,定义了77种单倍型。分析显示青海环湖牦牛的单倍型多样性最高,达0.9848±0.0403,而巴州牦牛单倍型多样性最低,为0.8000±0.0825;核苷酸多样性方面,斯布牦牛存在最为丰富的核苷酸序列变异,核苷酸多样性值为0.022582±0.011767,而巴州牦牛仅为0.006856±0.002476,表明我国家牦牛品种（类群）遗传多样性水平存在较大差异。总体上,我国家牦牛单倍型多样性、核苷酸多样性分别为0.9251±0.0095和0.015265±0.007757,呈现出丰富的遗传多样性。聚类分析显示我国家牦牛存在两个聚类簇——斯布牦牛独立为一类;其余9个品种（类群）聚为一类,表明家牦牛品种（类群）间遗传距离与地理分布无明显相关。分子变异分析（AMOVA）显示九龙、嘉黎、斯布牦牛构成的组与其余7个家牦牛品种（类群）构成的组之间存在极显著的遗传分化（ΦCT=0.05285,P〈0.01）,且其品种间/组内遗传分化不显著（ΦSC=0.00648,P〉0.05）,支持依据遗传分化程度将我国家牦牛划分为两大类型。AMOVA支持的分组在品种（类群）组成上与蔡立的研究结果相符,首次为我国家牦牛划分为横断高山型和青藏高原型两种类型提供了源自分子遗传学的证据。