摘要：环境微生物宏基因组是一个巨大的基因资源库,但是仅有0.1%-1%的微生物在现有技术条件下是可培养的,因此致使未培养微生物基因资源的开发利用受到限制。宏基因组技术直接提取环境样品总DNA,避开了微生物分离培养的问题,极大扩展了微生物资源的利用空间,增加了获得新生物活性物质的机会。简要介绍了宏基因组的概念及宏基因组克隆技术的基本操作流程和技术要点,重点阐述了目的基因富集、核酸提取、载体和宿主系统选择、宏基因组文库筛选等“瓶颈”技术的研究进展。目的基因富集技术主要包括稳定同位素探针（SIP）、抑制消减杂交（SSH）和差异显示（DD）等。基因文库筛选分为序列依赖性筛选和非序列依赖性筛选,其中序列依赖性筛选包括特定基因PCR、反转录PCR（RT-PCR）、DNA微阵、亲和捕获等技术;非序列依赖性筛选主要指基于基因表达活性筛选和基因“陷阱”技术等。此外,介绍了一些近年来通过构建宏基因组文库筛选目的基因的应用实例。