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水生生物学报 2019年第06期杂志 文档列表

饲料中发酵芝麻粕替代菜粕对草鱼生长性能、肠道形态和微生物及小肽转运相关基因表达的影响1147-1154

不同形式蛋氨酸对黄鳝生长、血清生化、血清游离氨基酸含量及肌肉品质的影响1155-1163

植酸酶对中华绒螯蟹幼蟹生长、消化性能及物质利用率的影响1164-1171

鲤sPLA2-III基因结构、系统发育和表达特征1172-1181

草鱼和翘嘴鲌fgfrhl-1基因的克隆和表达分析1182-1188

摘要：成纤维细胞生长因子受体同源类似物1(fgfrhl-1)基因是目前仅在鱼类基因组中检测到的fgfr基因家族成员,该序列在鱼类进化过程中高度保守。为研究fgfrhl-1基因的表达情况和具体的功能,在亲缘关系较远的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)和翘嘴鲌(Culter alburnus Basilewsky)中克隆了fgfrhl-1的cDNA序列,并通过半定量RT-PCR和冰冻切片原位杂交分析了该基因在成体不同组织中的表达情况。克隆结果的序列分析表明:草鱼fgfrhl-1 cDNA序列全长为1472 bp,5′-UTR长213 bp,3′-UTR长56 bp,开放阅读框长1203 bp;翘嘴鲌fgfrhl-1 cDNA序列全长为1886 bp,5′-UTR长298 bp,3′-UTR长385 bp,开放阅读框长1203 bp。在两种鱼类中该基因都编码400个氨基酸,其预测的氨基酸序列同源性高达95.5%。蛋白二级结构预测表明Fgfrhl-1具有FGFRs家族蛋白的胞内酪氨酸激酶区,跨膜的螺旋区和胞外配体识别结合区,但其胞外区比FGFRs缺少了3个免疫球蛋白样结构域。通过RT-PCR方法在两种鱼类的心脏、鳃、肝、脾、尾鳍以及肌肉组织的肌间隔中均检测到了fgfrhl-1表达,但在肌纤维中均没有检测到其表达。对这两种鱼类的肌肉组织、肝脏和脾脏进行的组织切片原位杂交表明fgfrhl-1只在这些组织和器官的结缔组织及导管中表达,不在间质细胞结构中表达。这些结果说明:fgfrhl-1的成体组织特异性表达模式在不同鱼类中基本一致,fgfrhl-1在鱼类各组织和器官的结缔组织和导管的细胞中表达,不在间质细胞中表达。因此,fgfrhl-1可能在鱼类结缔组织及导管分化调控或功能维持中有独特作用。

大黄鱼TRIM25基因克隆和表达分析1189-1196

摘要：三重基序蛋白25(Tripartite motif-containing protein 25,TRIM25)属于E3泛素连接酶家族,在先天免疫反应中发挥重要作用。为研究TRIM25基因在大黄鱼(Larimichthys crocea)先天抗病毒免疫反应中的作用,研究鉴定并克隆大黄鱼TRIM25基因(命名为LcTRIM25)。LcTRIM25基因编码序列2097 bp(GenBank登录号:MK327541),编码698个氨基酸。蛋白结构域预测发现LcTRIM25包括保守的RING结构域、B-box2结构域、Coiled-coil结构域和可变的C末端PRY/SPRY结构域。多序列比对以及系统进化树分析表明LcTRIM25基因与斜带石斑鱼同源性高,与哺乳动物、爬行动物、两栖动物和鸟类同源性相对低,这说明不同物种受到来自环境不同的选择压力,导致进化程度不同。应用实时荧光定量PCR方法分析大黄鱼TRIM25基因的表达水平。结果分析发现LcTRIM25基因在健康大黄鱼的9个组织中均有广泛表达,且在肝脏中表达量最高,在心脏中表达量最低。在poly(I:C)刺激后,在外周血、头肾、脾脏和肝脏中LcTRIM25基因表达量迅速且明显上调,均出现上升达到峰值后下降的趋势。LcTRIM25基因表达量在头肾和脾脏中6h达到最高表达量,在肝脏中12h达到峰值,外周血中在24h达到最高表达量。上述结果表明,不同组织中LcTRIM25基因表达模式具有差异性。研究结果推测大黄鱼TRIM25基因参与抗病毒免疫反应且发挥十分关键的作用,为进一步了解大黄鱼抗病毒免疫机制提供理论基础。

《水生生物学报》编辑委员会1196-1196

黄颡鱼自噬相关基因LC3B和Beclin1的原核表达及多克隆抗体制备1197-1202

摘要：为深入研究黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco自噬的发生过程和机制,从黄颡鱼cDNA中克隆获得372和1344 bp的黄颡鱼LC3B(PfLC3B)和Beclin1(PfBeclin1)基因编码序列,并成功构建了pET32a(+)-PfLC3B和pET32a(+)-PfBeclin1重组表达载体,分别采用亲和层析和包涵体纯化的方法得到了纯度较高的重组PfLC3B和PfBeclin1蛋白;以重组PfLC3B和PfBeclin1蛋白免疫Balb/C小鼠,制备多克隆抗体。通过Western blot鉴定了PfLC3B和PfBeclin1抗血清可以分别特异性识别重组PfLC3B和PfBeclin1蛋白;PfLC3B抗血清可以特异性识别黄颡鱼内源性LC3-Ⅰ和LC3-Ⅱ蛋白,PfBeclin1抗血清可以特异性识别黄颡鱼内源性Beclin1蛋白。蛋白水平的组织分布显示,黄颡鱼LC3和Beclin1蛋白在肝脏中表达水平均较高,在肾脏和脾脏中的表达水平较低。综上所述,研究成功制备了黄颡鱼LC3B和Beclin1的多克隆抗体,为深入研究黄颡鱼自噬机制提供了有力工具。

凡纳滨对虾低温差异表达miRNA的分析鉴定及靶基因的验证1203-1209

摘要：为了解析miRNA及靶基因在凡纳滨对虾低温适应过程中的分子调控机制,研究开展了凡纳滨对虾常温(28℃)及低温锻炼(16℃,6d)下肝胰腺小RNA文库的测序和分析。从常温对虾的小RNA文库测序获得18-32 nt的高质量序列10690259条,鉴定出已知的成熟miRNAs 57条;而从低温锻炼对虾的小RNA文库获得18—32 nt的高质量序列序列8587144条,鉴定出已知的成熟miRNAs 48条。分析获得25个在低温锻炼下呈显著差异表达的miRNAs。运用qRT-PCR验证了3条低温下差异极显著的miRNAs的表达模式。结果显示,3条miRNAs的表达模式与高通量测序结果基本一致。预测低温差异表达miRNAs的靶基因,并与转录组分析获得的低温显著差异表达基因进行比对,从二者重合的基因集中挑选出4个基因,即nuclear export mediator factor Nemf-lik、synapse-associated protein、seleno proteins以及DEAD-box RNA helicase Variant 1,运用qRT-PCR验证其在不同条件低温锻炼凡纳滨对虾肝胰腺中的表达规律,为解析miRNAs及其靶基因在对虾低温适应过程中的分子调控机制提供了基础数据。

方格星虫dmrt1基因的克隆和表达分析1210-1215

摘要：为了研究dmrt1(Double sex and mab-3 related transcription factor 1)基因在方格星虫(Sipunculus nudus)的表达特征,首先采用RACE方法克隆了方格星虫dmrt1基因。方格星虫dmrt1的cDNA全长1509 bp,开放阅读框615 bp,共编码204个氨基酸。生物信息学分析表明方格星虫DMRT1的DM结构域具有一定的保守性,与其他物种的同源性能够达到70%以上。成体组织荧光定量PCR分析表明方格星虫dmrt1仅在方格星虫雄性个体的体腔液中表达,通过原位杂交显示dmrt1定位于体腔液精子团周围的滋养细胞。这些结果提示,方格星虫dmrt1可能在调控方格星虫的雄性个体的生殖发育过程中发挥着重要作用。

基于微卫星标记的圆口铜鱼亲子鉴定技术1216-1223

摘要：为快速有效地鉴别不同的圆口铜鱼家系及来源,研究从已发表的40个微卫星标记中筛选出20个多态性较高且稳定扩增的微卫星位点,通过对8个圆口铜鱼家系339尾个体进行微卫星基因分型检测,建立了圆口铜鱼荧光微卫星标记与多重毛细管电泳相结合的亲子鉴定技术。遗传多样性分析结果显示,圆口铜鱼8个家系群体的平均等位基因数(Na)为9个,平均多态信息含量(PIC)为0.616,平均期望杂合度(He)为0.659,平均观测杂合度(Ho)为0.691,其中子一代群体的遗传多样性水平明显低于亲本群体。亲子鉴定分析结果显示,当双亲基因型未知时其单亲累积排除概率(CE-1P)为0.99954473,当单亲基因型已知时其累积排除概率(CE-2P)为0.99999825,当双亲基因型未知时其双亲累积排除概率(CE-PP)为1.00000000,当使用20个微卫星位点进行亲子鉴定时,297尾子一代均能正确找到其父母本,亲子鉴定准确率为100%。由此可见,研究建立的圆口铜鱼亲子鉴定技术是可靠的,能为圆口铜鱼的家系管理、种群遗传管理和增殖放流效果评估提供科学依据.

西昌华吸鳅的微卫星引物筛选及赤水河四个地理种群的遗传多样性分析1224-1230

摘要：采用高通量测序法对西昌华吸鳅(Sinogastromyzon sichangensis)基因组进行随机测序并筛选出符合条件的微卫星位点,设计可用于PCR扩增的引物,筛选出29对具有多态性的引物,平均等位基因数为14.5,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.620和0.882,多态信息含量(PIC)为0.859。选取其中多态性较高的20对引物在赤水河及其支流的4个地理种群中进行扩增,分析不同地理种群的遗传多样性和种群分化情况。结果表明,赤水镇种群观测杂合度最高(0.669),茅台镇种群观测杂合度最低(0.520);习水河多态信息含量最高(0.868),茅台镇种群多态信息含量最低(0.841)。赤水河干流的几个种群未出现显著分化,而习水河种群与其他3个种群的遗传分化程度较高。AMOVA分析显示遗传变异主要发生在群体内,群体间遗传变异仅占3.33%,群体内遗传变异占96.67%。种群遗传结构分析表明,赤水河干流整体遗传背景趋于一致,而习水河种群则单独聚为一个亚类群。研究为西昌华吸鳅的资源保护和种群遗传学研究提供了基础资料。

黄颡鱼和杂交黄颡鱼“黄优1号”形态及性腺发育的比较1231-1238

摘要：选取相同养殖条件的10月、22月和34月龄的黄颡鱼和新品种杂交黄颡鱼(黄颡鱼P.fulvidraco♀×瓦氏黄颡鱼P.vachelli♂)“黄优1号”进行形态及性腺发育的比较研究。通过形体指标测量发现“黄优1号”生长性能显著优于黄颡鱼;在22月和34月龄黄颡鱼中,雄性的体重是雌性的2倍左右,雄性生长速度显著高于雌性;而在“黄优1号”中,两性生长异形现象被显著减弱。基于性腺解剖形态分析发现雌性“黄优1号”卵巢完全退化,呈细线状结构且没有卵子产生,故“黄优1号”雌鱼完全不育;雄性“黄优1号”精巢组织呈现透明状和退化状态。精巢组织切片HE染色分析发现10月龄“黄优1号”的精小囊为空腔状几乎没有精子产生,22月和34月龄“黄优1号”的精小囊内出现极少量精子。计算机辅助精子分析系统(CASA)分析发现,相比于黄颡鱼,“黄优1号”精巢中精子量非常少,有效活力低下;经过繁殖能力测试,22月龄“黄优1号”雄鱼不具备繁殖能力。新品种杂交黄颡鱼“黄优1号”在生长性能提高上显现了杂交优势,具有推动黄颡鱼产业发展的潜力。

西伯利亚鲟、施氏鲟及其杂交种(西伯利亚鲟♀×施氏鲟♂)的形态差异分析1239-1245

摘要：采用形态学和多变量形态度量方法,对西伯利亚鲟(Acipenser baerii)、施氏鲟(Acipenser schrenckii)及其杂交种(西伯利亚鲟♀×施氏鲟♂)的形态异同进行了分析,以鉴别区分三者的形态特征。结果发现,西伯利亚鲟、施氏鲟及其杂交种的可数性状中鳃耙数和背鳍数均具有显著差异;可量性状的多重比较分析显示杂交种的眼间距/全长显著小于西伯利亚鲟和施氏鲟,三者的吻长/全长均具有显著差异;主成分分析提取的前三个主成分对变异的累积贡献率为65.68%;判别分析构建了西伯利亚鲟、施氏鲟及其杂交种的判别公式,判别公式预测分类总体准确率为85.6%。分析结果表明,西伯利亚鲟、施氏鲟及其杂交种间的形态差异主要体现在头部及尾柄。

鳜春季、夏季和秋季按季节人工繁育模式的研究1246-1252

水流对草鱼幼鱼趋光行为的影响1253-1261

摘要：为了探讨水流对鱼类趋光性的影响,利用自制的循环水槽装置,以草鱼(Ctenpharyngodon idellus)幼鱼为研究对象,研究其在光照度为300 lx,不同流速工况(0、0.1和0.2 m/s)下的趋光性行为,同时设黑暗静水工况为对照组。结果表明:(1)0.2 m/s的流速可完全激发草鱼幼鱼的趋流性,使其游泳方向多数与顶流方向呈±20°。(2)根据草鱼幼鱼在不同流速工况下随光照度衰减在水槽内的分布情况,计算得其在3种流速工况下的光强期望值分别为:52.45,34.62和37.86 lx。(3)当照度为300 lx时,静水工况下的实验鱼在水槽中呈现“两头高,中间低”的分布情况,并未表现出对某一光强范围的偏好行为;在小于感应值的低流速下,草鱼幼鱼的分布情况总体趋势与静水工况类似,但在远离光源处的分布较多,多呈“逆流后退”行为;当流速值超过感应流速时,在趋流性的作用下,鱼类在尾部的聚集情况明显下降,同时在水槽中的分布更加均匀,其原有光环境的作用减弱。研究初步证明了略大于感应值的小流速所引发的草鱼趋流性即可对其光环境响应行为产生影响。

基于随机森林模型预测气候变化对黄颡鱼适生区的影响1262-1270

摘要：作为对温度等相关环境条件要求较高的温水性鱼类,全球气候变化引起栖息水域环境的改变可能会对黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)自然资源的分布产生影响。研究基于黄颡鱼物种分布信息、WorldClim气候数据(BCC-CSM1-1、CCSM4和MRI-CGCM3气候变化模型以及RCP2.6和RCP8.5温室气体排放情景)与集成学习算法随机森林(Random forest)对黄颡鱼当前、2050s和2070s潜在栖息地进行预测。所研究结果表明:(1)预测模型的Area Under the Curve(AUC)高达0.971,指示模型的泛化能力较好,结果可靠性较高;(2)结点纯度(Node purity)评判表明平均温度日较差和最暖季度降水量是预测黄颡鱼潜在分布的最重要环境因子;(3)在未来气候变化条件下,黄颡鱼的栖息地中心逐渐脱离我国的东部和中部等地并北移,且其高适生区面积逐渐减少。就黄颡鱼潜在栖息地以及影响其分布的主要生态条件进行相关研究,对于黄颡鱼种质资源保护区的划分、渔业管理和潜在的生物入侵防控具有现实意义,并可为东亚地区其他淡水鱼类应对气候变化的响应提供参考依据。

杂交黄颡鱼与普通黄颡鱼幼鱼生长性能及耐低氧能力的比较1271-1279