基于基因芯片数据分析非小细胞肺癌H460细胞顺铂耐药相关的靶基因及信号传导通路

作者:张梦梅; 唐妍; 王元艳; 柏杰; 杨泽; 柏玉举

摘要:目的基于基因芯片数据分析非小细胞肺癌H460细胞株顺铂耐药相关的靶基因及信号传导通路。方法从基因表达数据库(GEO)下载基因芯片数据,数据预处理后,使用R软件分析H460顺铂耐药细胞株与亲本细胞株中差异表达的基因。运用生物医学信息学方法(基因本体论使用DAVID在线软件进行分析,信号传导通路使用DAVID及Pathway在线软件进行分析)对差异基因的功能和富集的信号通路进行注释,进一步分析H460细胞顺铂耐药调控的关键基因及信号通路。结果芯片数据分析显示,H460顺铂耐药细胞株较亲本细胞株表达水平显著上调的有7个基因,表达水平显著下调的有27个基因(P均〈0.01)。基因本体论分析发现,差异表达的转录本多与肌动蛋白细胞骨架、细胞转移、细胞功能调控以及膜的组成相关。DAVID在线软件分析显示,差异表达上调的基因主要在8条通路中富集,下调基因主要在15条通路中富集。Pathway分析筛选出16条与H460细胞顺铂耐药相关的通路。结论通过生物信息学方法对GEO基因芯片数据分析,发现了顺铂耐药相关靶基因及信号传导通路。

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关键词:
  • 基因表达数据库
  • 基因芯片
  • 非小细胞肺癌
  • 铂类耐药
  • 靶基因
  • 信号传导通路

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期刊名称:山东医药

期刊级别:统计源期刊

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杂志介绍:
主管单位:山东省卫生健康委员会
主办单位:山东省立医院
出版地方:山东
快捷分类:医学
国际刊号:1002-266X
国内刊号:37-1156/R
邮发代号:24-8
创刊时间:1957
发行周期:旬刊
期刊开本:A4
下单时间:1-3个月
复合影响因子:1.98
综合影响因子:1.67