猪CD4基因多态性及生物信息学分析

作者:许金根; 赵磊; 顾有方; 李升和; 李庆岗

摘要:本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.25〈PIC〈0.5)。三个SNPs呈强连锁不平衡状态(r^2〉0.8),而且仅构成两种主要单倍型CTC和GCG型(两者的频率占99%以上)。经序列预测分析可知,两种CD4单倍型纯合子的理化性质和二级结构存在差异,但三个错义突变是否能影响猪CD4蛋白的功能需进一步研究。

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关键词:
  • cd4基因
  • 多态性
  • 连锁不平衡
  • 生物信息学

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期刊名称:基因组学与应用生物学

期刊级别:北大期刊

期刊人气:9309

杂志介绍:
主管单位:广西大学
主办单位:广西大学
出版地方:广西
快捷分类:农业
国际刊号:1674-568X
国内刊号:45-1369/Q
邮发代号:48-213
创刊时间:1982
发行周期:月刊
期刊开本:A4
下单时间:1-3个月
复合影响因子:1.11
综合影响因子:0.89