基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2017年第06期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志分子医学与临床应用

骨性关节炎相关基因MCF2L可增加滑膜成纤维细胞凋亡及诱导炎症反应2137-2142

摘要：MCF2L基因突变在骨关节炎的发生与发展过程中扮演重要作用，本研究使用ENSEMBL及COMSIC数据库筛选MCP2L突变位点，构建质粒及腺病毒载体；将小鼠原代滑膜成纤维细胞分为正常对照组，野生型重组腺病毒干预的MCF2L过表达组和突变型重组腺病毒的突变组，检测细胞上清中IL＋1β、MMP-13、PGE2水平及细胞凋亡。通过数据库检测分析发现可将第11位精氨酸作为突变位点；pYr—ads-4MCF2L重组质粒及突变型和野生型重组腺病毒包装成功；突变组MCF2LRNA表达是对照组的1．92倍，过表达组是对照组的1．85倍；突变组及过表达组MCF2L蛋白表达水平均显著高于对照组；过表达组上清中PGE2、MMP-13、IL-1β水平显著低于对照组（p〈0．05），突变组上清中PGE2、MMP-13、IL-1β水平显著高于对照组（p〈0．05），且突变组上清中PGE2、MMP-13、IL-1β水平明显高于过表达组，且差异存在统计学意义（p〈0．05）：对照组及过表达组细胞凋亡不明显，在1％至10％之间；突变组细胞凋亡率高于对照组及过表达组，凋亡率达60％。滑膜成纤维细胞使用MCF2L基因突变重组腺病毒感染后，PGE2、MMP—13、IL-1β水平均明显提高，细胞凋亡率明显加大。本研究对MCF2L的单核苷酸多态性对滑膜成纤维细胞的炎症因子及凋亡活性的影响进行分析，探讨骨性关节炎发病过程中MCF2L发挥的作用，探讨MCF2L基因与骨关炎的关系，为临床应用提供依据。

Cover Picture Introduction2142-2142

垂体瘤中PTEN及CyclinD1抑癌基因的表达及临床意义2143-2146

摘要：本研究以垂体瘤患者垂体组织为研究对象，探讨了抑癌基因PTEN及CyclinD1表达的临床意义，分析了其与垂体瘤侵袭性的相关性。结果发现，垂体瘤患者垂体组织抑癌基因PTEN的表达低于正常垂体组织，同时垂体瘤患者垂体组织CycliriD1表达高于正常垂体组织（p〈0．05）。垂体瘤组织臃Ⅳ的mRNA表达低于正常垂体组织，而CycliriD1的mRNA表达高于正常垂体组织（p〈0．05）。垂体瘤患者垂体组织抑癌基因PTEN低表达的患者CyclinD1呈现高表达，相关性分析发现两者呈负相关（p〈0．05）。抑癌基因PTEN及CyclinD1表达与垂体瘤侵袭性相关，可作为垂体瘤患者的诊断和预后指标。

白花香莲解毒方通过干扰MAP3K2的表达抑制HepG2．2．15细胞增殖2147-2151

摘要：本研究旨在探讨白花香莲解毒方抑制乙型肝炎细胞HepG2．2．15增殖的机制。首先通过对于我院检验科27例乙肝患者的血清进行收集，检测在不同病毒拷贝数的血清中蛋白激酶2（MAP3K21的含量，分析HBVDNA拷贝数与患者血清中MAP3K2含量的相关性；再通过细胞实验，在不同时间点（第3。5天1检测通过白花香莲解毒方处理后的HepG2．2．15细胞上清中MAP3K2含量变化情况，以及细胞集落形成能力的差异。结果发现，患者血清中HBVDNA拷贝数与MAP3K2含量呈正相关，相关系数R2=0．251；观察组细胞通过白花香莲解毒方处理后，细胞集落形成能力明显低于对照组，且第3、5天细胞检测上清液中MAP3K2含量均低于对照组，差异有统计学意义（p〈0．05）。因此本研究认为，白花香莲解毒方是通过抑制MAP3K2的合成，从而达到控制乙型肝炎病毒活跃程度的目的，减少HBVDNA的合成。

运用紫外交联免疫沉淀技术构建RNA结合蛋白的靶基因文库2152-2156

摘要：紫外交联免疫沉淀（crosslinking-immunoprecipitation，CLIP）是一种研究RNA结合蛋白的技术，它通过特异性抗体富集靶RN段，然后逆转录构建cDNA文库，最后进行高通量测序。它可以在基因组水平上全景式研究靶RNA的特点，为揭示该蛋白生物学功能与分子功能提供新的依据。本研究针对一个己知的RNA结合蛋白MOV10 （moloney leukemia virus 10），通过CLIP技术构建cDNA文库，然后小规模克隆后测序，得到小部分靶RNA信息，并利用RNA免疫沉淀技术（RNA-immunoprecipitation，RIP）进行验证。测序提示MOVIO结合mRNA，而其中有部分是其己知靶标。说明该文库可以用于后续深度测序，为研究该蛋白在精子发生领域内的功能和机制奠定基础。

GSTP1基因甲基化检测在前列腺癌临床诊断中的Meta分析2157-2169

摘要：谷胱甘肽S-转移酶-pi1（glutathione S-transferase pi1，GSTP1）基因是多种癌症的抑制基因。目前已有多项研究探讨GSTP1基因启动子区甲基化检测在前列腺癌（prostatecancer，PCa）临床诊断中的意义，但尚无系统性评估。本研究通过检索PubMed、WebofScience数据库，收集相关英文文献进行Meta分析，对GSTP1基因启动子区甲基化检测在PCa临床诊断中的意义做出系统性评估。最终有27篇文献，共计3183例样本纳入本研究，包含2067例PCa样本及1116例对照样本。Meta分析结果，PCa患者GSTP1基因启动子区相比正常对照组呈现显著高甲基化，差异有统计学意义（0R=17．98，95％CI：12．16-26．58，p〈0．0001）。不同亚组（人种，样本类型及检测方法等）组间无显著性差异。上述研究的合并敏感度及特异度分别为0．70和0．96。此外，我们从TCGA（the cancer genome atlas，TCGA）数据库中选取425例前列腺腺癌（prostate adenocarcinoma，PRAD）组织与54例癌旁组织的高通量全基因组甲基化芯片数据进行验证分析后显示，GSTPI基因启动子区9个CpG位点中的7个位点，癌症组织相比癌旁组织呈现显著高甲基化水平。其敏感度均在0．85以上，特异度及AUC区间均在0．90以上，FDR〈1×10^-20。综上，Meta分析和TCGA均显示PCa患者GSTP1基因启动子区相比正常对照组呈现显著高甲基化，且诊断特异度与敏感度均较高，是非常有前景的PCa诊断标志物，对PCa的临床诊断具有借鉴意义。

利用Gibson Assembly法构建狂犬病SRV9ψ区缺失株感染性cDNA2170-2177

摘要：本研究为高效构建狂犬病SRV9ψ区缺失株感染性eDNA克隆，在细胞内进行重组狂犬病病毒的拯救提供帮助。按照Isothermal in vitro recombination system or“GibsonAssembly”连接方法设计引物，分别扩增得到去除狂犬病SRV9标准疫苗株的伪基因区（ψ区）的首尾均存在互补序列的5个结构蛋白基因的目的片段。利用T5核酸外切酶、DNA聚合酶及T4连接酶的协同作用，两步即可获得狂犬病SRV9ψ区缺失株的感染性cDNA。本研究利用GibsonAssembly连接法成功高效构建了狂犬病SRV9ψ区缺失株的感染性cDNA。此方法避免了传统的酶切连接方法中繁琐的实验步骤，实现了多个基因片段问的无缝连接，大大提高了载体构建的效率，为进一步研究狂犬病病毒的基因功能提供高效的方法。同时也为GibsonAssembly法应用于其它载体的构建提供借鉴。

IGF1R3’UTR多态性位点rs2016347与hsa-miR-3175结合差异的分析2178-2182

摘要：为了探究位于IGF1R基因3’UTR与前列腺癌（prostatecancer，PCa）~fH关的多态性位点rs2016347通过改变与miRNA结合影响PCa的风险，本研究用miRbase预测靶向miRNA，然后用热力学模型方法计算结合能情况，最后用双荧光素酶报告基因技术对HEK293T在体外检测改变rs2016347位点对靶向miRNA结合的影响。miRbase预测结果显示，hsa—miR-3175与IGF1R的结合区位于多态性位点rs2016347。热力学模型方法计算结果表明，相对位点G，hsa-miR3175与IGF1R的3’UTR端在rs2016347位点T上更能有效结合。双荧光素酶报告基因的检测结果显示，hsa—miR-3175能与带有rs2016347等位位点（G或T1IGF1R3’UTR结合，hsa—miR-3175与等位位点T的结合更稳定，hsa-miR-3175与IGF1R基因的结合起到稳定IGF1R基因表达的作用。多态性位点rs2016347等位位点T在PCa的发展中风险性更大。

人Ruvbl1蛋白生物信息分析2183-2191

摘要：采用生物信息学预测对人AAA＋（ATpases ass ociated.with diverse cellular Activities）ATP酶家族成员Ruvbl1蛋白质的理化性质、蛋白质同源性、跨膜区域、核定位序列及信号肽、亲／疏水性，蛋白质高级结构、蛋白质间相互作用、GO注释进行预测分析。人Ruvbl1蛋白有456个氨基酸，等电点为6．02，有核定位序列，无信号肽，蛋白质具亲水性且高度保守；二级结构存在21个α螺旋和10个β折叠，相互作用蛋白及GO注释提示其主要在细胞核中发挥功能。人Ruvbl1蛋白是DNA解螺旋的关键酶，通过解螺旋DNA为基因的同源重组以及DNA损伤修复提供结构基础。

骨关节结核患者TNF-α、TGF—β炎症因子表达分析2192-2197

摘要：为了分析骨关节结核患者TNF-α、TGF-β炎症因子的表达及其临床应用价值，本研究以我院2015年1月-2016年9月期间收治的50例骨关节结核患者为研究对象，按骨关节结核病变分为增生性病变组和干酪性病变组，分析两组患者血清TNF-α、TGF-β炎症因子阳性表达差异；以30例健康人群为对照组，分析TNF-α、TGF-β对骨质骨量的影响。结果表明，TNF-α、TGF-β在不同病变骨关节结核组织中呈现高低不同的阳性表达，TNF-α、TGF-β在增生性病变结核组织中的表达水平显著高于干酪性病变结核组织中的表达水平（p〈0．05），TNF-α、TGF-β在增生性病变的坏死性结核组织中和非坏死性结核组织中的表达水平无明显差异性（p〉0．05），但TNF-α、TGF-β在干酪性病变的坏死性结核组织中的表达水平显著高于干酪性病变的非坏死性结核组织中的表达水平（p〈0．05）。增生性病变患者和干酪性病变患者的骨关节结核组织中的成骨细胞数均明显低于正常人（p〈0．05），而破骨细胞数则明显高于正常人（p〈0．05），增生性病变患者骨关节结核组织中的成骨细胞数明显低于干酪性病变患者（p〈0．05），而破骨细胞数则明显高于干酪性病变患者（p〈0．05）。由此可知，骨关节结核患者TNF-α、TGF-β炎症因子在不同病变骨关节结核组织中存在不同程度的表达，对患者病情发展及患者骨质骨量均有着重要的影响。

Msx1重新分布Ezh2和H3K27me3到细胞核核周具有细胞类型特异性2198-2204

摘要：细胞核内部的空间排布并不是随机的，而是高度动态且具细胞特异性的。在发育过程中，序列特异性的转录调控因子和表观遗传修饰因子的协同作用及其核定位与基因的表达调控密切相关。我们前期研究发现，在成肌细胞中，同源异型框蛋白Msx1通过重新分布Ezh2复合物和抑制标记H3K27me3到细胞核核周来调控靶标基因的表达，从而抑制成肌细胞的分化。这种机制是成肌细胞所特有的，还是Msx1在抑制非成肌细胞分化时也会重新分布Ezh2复合物和转录抑制性标记H3K27me3到细胞核核周，目前还不清楚。在发育过程中，Msx1可以抑制乳腺上皮细胞HC11和成骨细胞BMP2T3的分化，因此我们选取了这两种非成肌细胞做进一步探究。我们发现，在这两种非肌肉细胞中，Msx1虽也富集在细胞核核周，却并不能重新分布Ezh2和转录抑制性标记H3K27me3到细胞核核周。我们的研究表明Msx1重新分布Ezh2和抑制性标记H3K27me3到细胞核核周具有细胞类型特异性。提示我们，Msx1可能是通过不同的分子机制来调控不同类型细胞的分化。

Ezh2与G9a在Msx1抑制成肌细胞分化过程中的协同作用2205-2214

摘要：组蛋白H3第27位赖氨酸的三甲基化（H3K27me3）和第9位赖氨酸的二甲基化（H3K9me2）参与很多重要的生物学过程，如与基因转录调控和细胞分化密切相关。H3K27me3和H3K9me2分别由赖氨酸甲基转移酶（KMTs）Ezh2和G9a催化形成。在基因转录调控和细胞分化调控过程中Ezh2和G9a之间是否存在协同，目前还不清楚。我们的前期研究表明，在成肌细胞中，同源异型框蛋白（homeoprotein）Msx1可分别招募Ezh2和G9a到其抑制靶标基因，通过影响其靶标基因的H3K27me3和H3K9me2的状态来抑制靶基因的表达，从而抑制肌肉细胞的分化。为了进一步探宄Ezh2和G9a在Msx1介导的抑制成肌细胞分化过程中是否具有协同作用，我们对比了同时敲低Ezh2和G9a与分别敲低Ezh2或G9a对Msx1抑制成肌细胞分化、结合并抑制靶标基因能力的影响，研究显示双敲的影响更大。我们的研究表明，在Msx1抑制成肌细胞分化的过程中，Ezh2和G9a具有协同作用。另外，我们的研究为基因转录调控和细胞分化提供了新的分子机制。

S100A8和S100A9通过Wnt／β-catenin通路影响鼻咽癌细胞生物行为的研究2215-2220

摘要：为探讨S100A8和S100A9对鼻咽癌细胞系CNE2的影响及是否通过Wnt／β-catenin通路而发挥作用，以培养基添加1μg／mLS100A8／S100A9培养CNE2为实验组，采用划痕、黏附和平板克隆实验分别检测S100A8／S100A9对CNE2细胞的生物学行为影响，同时运用Westernblotting检测CNE2细胞中β—catenin蛋白的累积。实验结果显示，S100A8／S100A9起促进CNE2细胞迁移（p〈0．05，p〈0．01）、基质黏附（p〈0．01）和平板克隆（p〈0．01）的作用，且添加S100AS／S100A9蛋白后1h，CNE2细胞中β—catenin的累积明显上调。以上结果显示S100A8／S100A9可促进鼻咽癌细胞CNE2侵袭和迁移及细胞干性增强等生物学行为，其机制可能有Wnt／β-catenin通路的参与。

结核病患者外周血液中分子标志物生物信息学分析2221-2229

摘要：结核病（tuberculosis，TB）对人类具有非常大的威胁，感染过结核病的人占世界总人口数的三分之一，而且每年有造成超过一百万人的死亡。为了寻找可用于结核病诊断和治疗的分子标志物，我们从微阵列数据存储中心基因表达综合数据库（gene expression omnibus, GEO）中下载了原始数据，将来源于结核病患者的外周血单核细胞与健康人的基因进行了比较，共分析筛选出310个差异共表达的基因。随后，我们应用DAVID（the database for annotation, visualization and integrated discovery）数据库对这些差异共表达基因进行了GO（gene ontology）功能富集分析和KEGG（kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路分析。通过蛋白互作网络，我们找到了CCL20、JAK2、STAT1和IL-1β4个结核病的关键基因。我们的研究表明，数据挖掘和整合能够成为研究结核病诊断标志物及其发生发展机制的有用工具，并可为结核病的诊断和治疗带来新思路。

Legume Genomics and Genetics （LGG）2229-2229

HAT抑制剂诱导内皮细胞凋亡并抑制体外成管2230-2234

摘要：乙酰化（acetylation）修饰是具有重要生物学意义的蛋白质翻译后修饰方式，由相互拮抗的组蛋白乙酰转移酶（histone acetyltransferase，HAT）和组蛋白去乙酰化酶（histone deacetylase，HDAC）所催化。近期发现HDAC抑制剂可通过抑制内皮细胞增殖等方式调节血管新生（angiogenesis），但HAT抑制剂是否有相反效应尚不明确。本研究观察了HAT抑制剂Garcinol对体外培养的人脐静脉内皮细胞HUVEC增殖、凋亡、迁移及成管的影响。结果发现，Garcinol在2．5～20＆mol／L的范围内可剂量依赖性减少HUVEC的活细胞数目。Garcinol处理对HUVEC的细胞周期无明显影响，但Hochest染色、TUNEL染色及流式细胞术均发现Garcinol处理可显著诱导HUVEC的凋亡。此外，Garcinol处理还可抑制HUVEC的迁移和体外成管。以上结果提示：HAT抑制剂可能通过诱导内皮细胞凋亡而抑制血管新生，这可能是其抗肿瘤效应的新机制。

丙戊酸钠对人胶质瘤干细胞增殖和凋亡的影响2235-2240

摘要：胶质瘤干细胞是胶质瘤起源和化疗抵抗的重要原因，也是胶质瘤治疗的重要靶点。丙戊酸钠是一种去乙酰化酶抑制剂，具有抗肿瘤活性。本研究主要探讨丙戊酸钠对胶质瘤干细胞生长的影响。我们使用无血清培养方法从A172胶质瘤细胞中，分离培养胶质瘤干细胞，免疫荧光染色发现胶质瘤干细胞表达Nestin和CD133。使用不同浓度（0．5～1．5mmol／L）丙戊酸钠连续处理胶质瘤干细胞7d，CCK8检测细胞活力，从第4天起，就可观察到丙戊酸钠处理组细胞OD值显著低于正常组，并且随着丙戊酸钠浓度的增加和处理时间的延长，细胞OD值下降更为明显。检测胶质瘤干细胞克隆形成率，正常组胶质瘤干细胞在干细胞培养基中培养7d后，克隆形成率为（21±2．03）％，给予0．5mmol／L丙戊酸钠处理胶质瘤干细胞，克隆形成率明显下降到（13±3．86）％，继续增加丙戊酸钠浓度至1mmol／L或1．5mmol／L时，克隆形成率分别非常显著下降至（10±4．71）％和（8±3．66）％。此外，丙戊酸钠也可导致胶质瘤干细胞凋亡，并且细胞凋亡率随着丙戊酸钠浓度的增加而增加。本研究证实丙戊酸钠抑制胶质瘤干细胞增殖和凋亡，并且其抑制效应具有浓度依赖性。丙戊酸钠是一种非常有潜力的治疗胶质瘤的药物，本研究的完成将为它的临床运用提供坚实的理论基础。

International Journal of Super Species Research2240-2240