基因组学与应用生物学杂志

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基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

Genomics and Applied Biology

  • 45-1369/Q 国内刊号
  • 1674-568X 国际刊号
  • 1.11 影响因子
  • 1-3个月下单 审稿周期
基因组学与应用生物学是广西大学主办的一本学术期刊,主要刊载该领域内的原创性研究论文、综述和评论等。杂志于1982年创刊,目前已被维普收录(中)、CA 化学文摘(美)等知名数据库收录,是广西大学主管的国家重点学术期刊之一。基因组学与应用生物学在学术界享有很高的声誉和影响力,该期刊发表的文章具有较高的学术水平和实践价值,为读者提供更多的实践案例和行业信息,得到了广大读者的广泛关注和引用。
栏目设置:综述与专论、研究论文、研究报告、实验技术。

基因组学与应用生物学 2016年第05期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志分子医学与临床应用
生物信息学分析人DIXDC1基因的结构与功能1002-1007

摘要:DIXDC1(dishevelled-axin domain containing 1)是新近发现的Wnt通路成员,但针对该基因的功能研究报道很少。本研究通过生物信息学方法分析了DIXDC1蛋白的理化性质、亚细胞结构定位、跨膜区和信号肽、二级结构和超二级结构,蛋白相互作用网络,及DIXDC1分子的进化保守性等。结果表明,人DIXDC1蛋白是酸性亲水蛋白,无跨膜区和信号肽,定位于细胞核和细胞质的可能性较大,主要二级结构元件是α螺旋,属于CH和DIX蛋白超家族。本研究分析得知DIXDC1具有利于蛋白间相互作用的结构特点和在多种亚细胞结构的定位特点,表明其具有更为复杂的功能,为深入研究DIXDC1的具体基因功能提供一定的参考。

乳腺癌细胞中PCAF/WSTF/MOF复合物调控H3K9ac和H4K16ac1008-1012

摘要:为了研究WSTF调控Ras相关乳腺癌细胞特性的机制。研究采用Western Blot检测WSTF磷酸化和组蛋白修饰水平;经GST pull-down验证WSTF与PCAF、MOF之间的相互作用,采用乙酰化酶活性实验验证PCAF和MOF酶活性;经Ch IP、Real-time PCR检测基因表达,并采用体内成瘤实验验证细胞成瘤能力。研究发现WSTF与PCAF、MOF之间存在相互作用。Ras通路激活后,WSTF磷酸化水平上调,使其与PCAF的结合增强的同时与MOF的结合减弱。这一变化引起PCAF的乙酰化酶活性上调而MOF的酶活性下调,导致H3K9ac上调和H4K16ac下调。组蛋白修饰的变化引起通路下游肿瘤相关基因表达发生改变,增强细胞成瘤能力。综上,WSTF蛋白通过调节与PCAF和MOF的相互作用,影响下游H3K9ac和H4K16ac水平及肿瘤相关基因表达,调控乳腺癌细胞成瘤能力。

组蛋白乙酰化修饰H4K16ac参与乳腺癌细胞Notch1致瘤信号传递1013-1019

摘要:Notch1信号通路在调节细胞的增殖、分化和凋亡中起重要作用。Notch1信号通路的异常激活可促进乳腺癌的发生、发展,但调控此过程的表观遗传机制尚有待于阐明。本研究发现,与相应的癌旁组织相比,乳腺癌组织中Notch1活性片段NIC1呈高表达,而组蛋白H4第16位赖氨酸残基乙酰化(H4K16ac)水平较低。敲低MCF-7细胞中Notch1可导致H4K16ac水平升高,且MCF-7细胞的增殖和迁移能力下降。本研究结果提示表观遗传修饰H4K16ac参与乳腺癌细胞Notch1致瘤信号传递,为乳腺癌发生、发展的机制研究提供了新思路。

ACEⅠ/D基因多态性与儿童原发性肾病综合征的相关性分析1020-1023

摘要:为探讨血管紧张素Ⅰ转化酶(ACE)基因插入/缺失(Ⅰ/D)多态性与儿童原发性肾病综合征(PNS)的相关性。我们选取PNS组患儿103例,其中激素敏感组54例,激素耐药组49例,正常组为健康儿童114例,采用聚合酶链反应技术(PCR)分析ACE基因Ⅰ/D多态性与在各组中的分布,并进行统计学分析。结果显示PNS组与正常组ACEⅠ/D基因型及等位基因频率分布比较差异无统计学意义,激素敏感组与激素耐药组ACEⅠ/D基因型及等位基因频率分布比较差异也无统计学意义。本研究表明ACEⅠ/D基因多态性与PNS的发生无明确关联;ACEⅠ/D基因多态性与激素治疗效应也无明确关联。

PepO通过上调腹腔巨噬细胞中MircroRNA-155的表达来抑制IL-6的产生1024-1030

摘要:探索microRNA-155在细胞炎症反应调控中的作用机制。采用重组PepO蛋白刺激小鼠腹腔巨噬细胞(PEMs)诱导的microRNA-155(miR-155)及其对IL-6的调节。PepO刺激腹腔巨噬细胞诱导miRNA-155呈剂量和时间依赖性表达;Mimic和inhibitor转染实验显示过表达mi R-155可抑制IL-6及My D88的表达;IL-6及MyD88与PepO也呈剂量依赖性;且IL-6与MyD88存在PepO处理时间的相关性。这些结果提示,PepO刺激腹腔巨噬细胞诱导miRNA-155可能通过靶向myD88通路信号从而抑制IL-6的表达,避免宿主不至于过度炎症反应导致炎症损伤。

眼镜蛇毒NGF通过PI3K/AKT信号通路对肝星状细胞的影响1031-1035

摘要:为探讨PI3K/Akt信号通路在眼镜蛇毒神经生长因子(NGF)诱导肝星状细胞凋亡中的作用,本实验分别采用CCK8和流式细胞术检测NGF对HSC-T6细胞增殖及凋亡作用,从而找出NGF作用HSC-T6细胞的最小有效浓度,同时应用Western Blot法分析NGF对细胞蛋白Akt磷酸化水平的影响。结果发现NGF浓度为4μg/m L时为诱导HSC-T6细胞凋亡的最小有效浓度,并且在作用HSC-T6细胞后,P-Akt的表达水平降低,Akt的表达量却增加。将该浓度NGF与信号通路抑制剂LY294002联合使用则协同作用增强。因此,眼镜蛇毒神经生长因子诱导HSC-T6细胞凋亡作用与PI3K/Akt信号通路有关。

黄精多糖对力竭训练小鼠肝组织损伤的保护作用1036-1041

摘要:通过观察小鼠力竭训练后血ALT、AST,肝组织抗氧化指标、一氧化氮系统及ATP酶生化指标,探讨黄精多糖对小鼠运动性肝组织损伤的保护作用。研究以昆明雄性小鼠30只为研究对象,适应游泳训练后,随机分为3组(每组10只):安静组、运动组、对照组,除安静组外,运动组、运动给药组进行20 d,隔天一次的一次性力竭游泳训练,运动给药组小鼠灌服150 g/kg·d黄精多糖,其他两组小鼠灌服同体积的生理盐水。测定小鼠血清ALT、AST,肝组织MDA、GSH-PX、SOD、CAT、NO、总NOS、iNOS、eNOS、Na+/K+-ATP、Ca(2+)/Mg(2+)-ATP。测定结果显示:运动组与安静组比较,ALT、AST、MDA、NO、总NOS、iNOS升高,GSH-PX、SOD、CAT、Na+/K+-ATP、Ca(2+)/Mg(2+)-ATP降低;运动给药组与运动组相比,ALT、AST、MDA、NO、总NOS、iNOS降低,GSH-PX、SOD、CAT、Na+/K+-ATP、Ca(2+)/Mg(2+)-ATP升高。研究提示:黄精多糖能抑制过度训练引起的肝组织自由基增多,提高抗氧化酶的活性,通过调节i NOS、e NOS的活性,平衡NO的生成量,提高Na+/K+-ATP、Ca(2+)/Mg(2+)-ATP活性,保持较高的能量供给,维持细胞内外Na+、K+、Ca(2+)、Mg(2+)的正常分布与运转,对运动性肝组织伤有一定的保护作用。

基于转录组测序的马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR内参基因筛选与鉴定1042-1048

摘要:马尔尼菲青霉菌是一种温度依赖性双相型条件致病真菌,可感染免疫缺陷人群,区域流行于东南亚地和我国南方,但其双相转换和致病性分子机制尚不清楚。实时荧光定量PCR是马尔尼菲青霉菌双相转换和致病性分子机制研究的重要手段,但仍缺乏用于马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR标准化分析理想的内参基因。本研究根据转录组测序数据筛选了四个表达最稳定的Pfp、Rp123、FacpA、DigA基因与传统的内参基因18Sr RNA、β-actin(Act1)、β-tubulin(Btu)作为候选内参基因,用Best Keeper和ge Norm软件进行基因表达稳定性分析。结果表明FacpA和DigA基因在马尔尼菲青霉菌双相转换过程中表达最为稳定,可作为用于马尔尼菲青霉菌实时荧光定量PCR标准化分析的内参基因。

螺旋藻激酶对肾上腺素损伤内皮细胞分泌t-PA和PAI-1的影响1049-1053

摘要:研究不同浓度螺旋藻激酶(spirulina kinase,SPK)对肾上腺素(Adr)损伤血管内皮细胞分泌组织型纤溶酶原激活物(t-PA)和纤溶酶原激活物抑制剂(PAI-1)的影响。采用不同浓度SPK处理人脐静脉内皮细胞(HUVEC),MTT法检测不同浓度SPK对HUVEC活力影响;建立Adr损伤模型,酶联免疫吸附法检测细胞培养液中t-PA和PAI-1含量的变化。结果显示SPK浓度在10μg/mL-2 mg/mL范围内,细胞活力明显升高且不影响细胞分泌t-PA和PAI-1的量;SPK作用于Adr损伤模型,各剂量组均可降低Adr损伤下HUVEC分泌PAI-1的量,提高t-PA/PAI-1比值。本研究揭示了SPK可通过降低PAI-1、提高t-PA/PAI-1比值来实现保护Adr损伤的血管内皮细胞。

基于铈元素的荧光侧向液流免疫层析用于降钙素原测定1054-1059

摘要:基于铈元素(Ce)的荧光侧向液流免疫层析(lateral-flow immunoassays,LFIA)技术,开发一种用时短、检测限低的方法,定量测定降钙素原(procalcitonin,PCT),以满足临床检测和诊断的需求。经反向微乳化、氨基修饰、包被Ce,合成Ce微球;其经活化、洗涤,用PCT抗体标记结合和封闭制备微球悬浮剂,固化液相、固定包被和质控抗体、组装和切割等步骤制备PCT试纸条,检测PCT标准品;通过精密度、正确度、回收率、交叉反应和热稳定实验分析该PCT试纸条的临床价值。实验结果显示:用1%含量的Ce微球、100μg标记抗体、Blockmaster TM CE510封闭剂制备的PCT试纸条,采用LFIA法检测PCT,仅需4 min完成检测,大大缩短实验时间;检测限达0.10μg/L;且无边缘和钩状效应、交叉反应;成本低、精密度和准确度高、回收率佳、热稳定性好。因此,本实验基于Ce的LFIA法,成功研发了一种快速、灵敏的PCT床旁定量检测。

荧光定位法快速准确筛选一种GFP重组质粒细胞株1060-1064

摘要:筛选脂质体介导的稳定转染细胞株的方法需要较多重复工作才能完成,尤其是转染效率不高的细胞。本研究报道一种快速准确获取稳定转染细胞株的方法,供同类实验参考。我们构建的真核表达载体带有可用于筛选阳性克隆的绿色荧光基因和Neo基因,采用脂质体将其转染入C2C12细胞,并用G418筛选阳性克隆,荧光显微镜下挑选绿色荧光与目的基因表达的蛋白在细胞内定位一致的细胞株,Western Blot可检测到融合蛋白表达,免疫共聚焦显示目的蛋白表达量增加;荧光散在分布于整个细胞的细胞株,经Western Blot检测没有融合蛋白表达。因此,根据GFP绿色荧光分布的位置可以准确挑选带有目的基因重组质粒的稳定细胞株。

广西眼镜蛇毒神经生长因子分离纯化方法1065-1070

摘要:为了得到更高纯度和活性的广西眼镜蛇毒神经生长因子(never growth factor,NGF),我们对原有的分离纯化方法进行改进。采用DEAE CL-6B离子交换柱、Sephadex G-50凝胶层析柱、Macro-prep High S离子交换柱结合的方法进行分离。在分离纯化过程中,采用PC12细胞检验每一步所得结果中的NGF活性,并测定NGF诱导PC12细胞分化的最小浓度。经DEAE CL-6B离子交换柱、Sephadex G-50凝胶层析柱、Macro-prep High S离子交换柱分离纯化后,得到的第二峰具有NGF活性,并且已达到电泳纯。经PC12细胞验证后,确定NGF诱导PC12细胞分化的最小浓度为0.1μg/m L。

基于互信息分析系统性红斑狼疮与乳腺癌的发病机理1071-1080

摘要:系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一种免疫性性疾病。乳腺癌(breast cancer,BC)即乳腺恶性肿瘤,是女性常见的恶性肿瘤之一。乳腺癌患者体内众多免疫功能低下,其免疫系统无法识别并杀死癌细胞,然而,系统性红斑狼疮患者体内免疫系统反应过度强烈,产生大量抗体攻击自身细胞,可见两种疾病均与免疫系统息息相关但调控结果背道而驰,目前这一机制尚不明确。基于此,本研究从基因之间的关联性考虑,首先,利用互信息(mutual information,MI)方法筛选出1 250个SLE与BC共有显著基因;第二,将这些基因利用David分析,得到37个转录因子及其调控的378个靶基因,最后,采用快速网络成分分析算法(fast network component analysis,Fast NCA)分别预测SLE和BC发病过程中转录因子活性以及对靶基因调控强度的变化,并构建调控网络。经过两种疾病调控网络对比,发现AKT2、CCAR1、MTF2、RUFY2等基因在这两种疾病中活性变化明显相反,并且通过分子生物学分析,它们在有丝分裂,细胞凋亡,免疫反应以及炎症反应过程中的变化对SLE与BC的致病具有重要作用。

沐舒坦不同用药途径对新生儿肺炎的白细胞、降钙素原及超敏C反应蛋白的影响分析1081-1087

摘要:为研究沐舒坦不同用药途径对新生儿肺炎的白细胞、降钙素原及超敏C反应蛋白的影响,本研究选择2013年3月至2015年3月期间我院收治的74例新生儿肺炎患儿,按照随机数表法将74例患儿分为观察组(37例)和对照组(37例)。对照组为30 m L的生理盐水与7.5 mg的沐舒坦相吸收后予以静脉滴注。观察组患儿在对照组的基础上将生理盐水4 m L与沐舒坦15 mg制成雾化液后进行雾化吸入。观察两组患儿治疗前后外周血白细胞(white blood cell,WBC)、降钙素原(procalcitonin,PCT)及超敏C反应蛋白(highsensitivity C-reactive protein,Hs-CRP)、血气指标变化,比较两组患儿的临床疗效及住院时间与临床症状消失时间。治疗后,观察组患儿总的有效率94.59%(35/37)明显高于对照组78.38%(29/37)(p〈0.05);观察组患儿的WBC(10.24±2.03)×109/L、PCT(0.82±0.14)μg/L、及Hs-CRP(1.02±0.25)mg/L水平要比对照组低(p〈0.05);观察组患儿的Pa CO2(4.52±0.76)k Pa低于对照组(5.71±0.89)k Pa,Pa O2(13.07±2.54)高于对照组(10.86±1.69)k Pa(p〈0.05);观察组患儿的住院时间(6.03±1.02)d明显短于对照组(9.24±2.33)d,临床症状消失时间也短于对照组(p〈0.05)。由此得出结论,静脉滴注与雾化吸入沐舒坦相结合的方式治疗新生儿肺炎,能明显降低患儿的WBC、PCT、及Hs-CRP水平,可改善患儿的血气指标,其疗效良好,不良反应少,安全性高,为新生儿肺炎治疗提供新的治疗思路。

转录因子FOXM1在肝细胞肝癌中的表达及与临床预后的关系分析1088-1096

摘要:叉头框M1(forkhead box M1,FOXM1)是一种与细胞增殖相关的转录因子,对各种恶性肿瘤的发生以及发展起促进作用。有相关研究表明FOXM1在肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中高表达,但其与患者临床病理特征的关系以及对患者预后的影响并未报道。我们采用免疫组织化学染色方法检测FOXM1在HCC组织(38例)及配对癌旁组织(10例)中的表达情况,结果显示FOXM1高表达于癌组织中而不表达于癌旁组织中,同时更明显表达于低分化癌组织中。采用Fisher确切概率法分析HCC组织中FOXM1表达与患者肝功能指标及临床病理参数的关系,结果表明FOXM1仅与癌组织的分化程度相关,而与HCC患者肝功能指标及其他病理特征不相关。同时,我们还采用Kaplan-Meier生存曲线及Cox多因素比例风险回归模型分析FOXM1与HCC患者预后的相关性,结果表明FOXM1对HCC患者预后并无影响。我们还发现抑制FOXM1表达能够下调肝癌细胞株分泌AFP水平。这些结果提示我们,FOXM1可以作为一种鉴定HCC组织分化程度的生物学标志物,并且抑制FOXM1表达能够下调HCC患者AFP的分泌水平,然而并不能作为评估患者预后的指标。

DNA条形码技术在鉴定血液样品来源中的应用1097-1100

摘要:本研究以42份未知来源的家畜动物血液(实验组)和4份已知来源的家畜动物血液(对照组)为检测对象,提取基因组DNA,采用PCR技术扩增线粒体COⅠ基因片段,并进行测序和相关分析。结果显示,46份血液样品均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带。经序列分析,实验组中15份血液样品来源于黄牛(Bos taurus),3份来源于瘤牛(Bos indicus),其余24份来源于牦牛(Bos grunniens),对照组的DNA条形码鉴定结果与形态学登记结果一致。表明DNA条形码可以快速有效地鉴定家畜动物血液样品的来源物种。

膳食因素与消化道肿瘤关系的研究进展1101-1107

摘要:消化道肿瘤主要包括食管癌、胃癌及结直肠癌,是亚太地区常见的高发肿瘤。流行病学调查研究发现消化道肿瘤的发生与膳食因素、遗传因素、地理因素及环境因素等有关。本综述针对膳食因素与消化道肿瘤的关系进行系统地归纳总结,依照营养素类别分别阐述膳食因素中的蛋白质、碳水化合物、脂肪、维生素、微量元素以及其他因素,如酒精及咖啡等的摄入与消化道肿瘤的关系,旨在为今后的流行病学研究以及公众预防消化道肿瘤提供科学的指导建议。

蛋白质组学对于阿尔茨海默症诊断标记物筛选的研究进展1108-1114

摘要:阿尔茨海默症,简称AD(Alzheimer's Disease),是一类神经退行性疾病,主要发作于65岁以上老年人群中,患者会出现认知障碍、记忆缺失、言语障碍、抑郁、焦躁等症状,逐渐失去生活自理能力,目前已经成为严重的社会卫生问题。疾病中晚期实施的药物干预与治疗难以逆转病情,效果甚微,由于病理机制不明以及缺乏早期诊断标准,难以在疾病早期进行干预和治疗。好的生物标记物(biomarker)可在分子水平上为疾病提供敏感而稳定的诊断手段,蛋白质组学可高通量地识别样本中的蛋白质并对其含量进行分析,所以近些年来很多研究者们使用蛋白质组学手段进行了疾病诊断标记物的筛选。本文就利用蛋白质组学手段进行阿尔茨海默症诊断标记物筛选的研究进展做一论述。